fmri_afni
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zdlu
这个作者很懒,什么都没留下…
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组内相关系数在脑功能磁共振(fMRI)的应用
组内相关系数(The Intraclass Correlation Coefficient)是测量实验可重复性的指标。例如某项实验有n个测量目标值,重复测量了k次。举个例子有一个nk的矩阵。BMS表示测量目标(row)之间的组间均方差(mean square)。WMS表示测量目标的组内均方差。JMS表示重复测量(column)之间的组间均方差。EMS表示残差的均方差。以下是常用的三种ICC的计算方式:假设有一个64的矩阵,根据公式计算可得,因此,有:下面贴出ICC的计算matlab脚本。原创 2021-07-21 10:56:11 · 755 阅读 · 0 评论 -
afni如何将3dMEMA组分析的结果做多重比较校正-Cluster correction(3dClustSim)
afni在组水平进行混合效应建模分析,3dMEMA一般适用于个体水平3dREMLfit的结果进行组分析。但是无法像3dttest一样在组分析的同时进行Cluster correction。1 将个体水平的残差文件进行组平均。2 AFNI的聚类校正方法要求用户估计数据的平滑度,然后使用这些平滑度估计来确定显著聚类的阈值。要做到这一点,您首先需要在被试的errts文件上运行3dFWHMx,该文件包含所有未建模的残差—噪声。3dFWHMx -mask mask_group+tlrc -input errt原创 2021-06-06 18:44:52 · 780 阅读 · 0 评论 -
脑功能影像分析之多体素模式识别(MVPA)(一)
来源于网站 carney institute for brain science脑功能影像分析之多体素模式识别一 数据集介绍数据集下载此文件夹包含以下内容:raw data for the 8 runs (run#.nii)pre-processed data for the 8 runs (run#.preproc.nii)stimulus timing files (stimuli.block.onsets.1D)ROI mask (final.mask.nii)training da原创 2021-03-20 10:50:19 · 1800 阅读 · 0 评论 -
afni的3dTshift报错:WARNING: dataset is already aligned in time!output dataset is just a copy of input!
3dTshift处理数据时,如果该数据里不包含每一层图像采集的时间信息,那么将无法进行层间时间校正,即出现以下警告:++ 3dTshift: AFNI version=AFNI_2011_12_21_1014 (Apr 22 2015) [64-bit] *+ WARNING: dataset is already aligned in time! *+ WARNING: ==>> output dataset is just a copy of input dataset解决办法:原创 2020-11-11 16:12:21 · 255 阅读 · 0 评论 -
afni 3dDeconvolve 因为系统运行内存不够而killed
可以尝试利用以下选项来节省内存,这样会使得该程序将运行较慢。-virtvec为了节省内存,将输入数据集写入成一个临时文件,然后仅根据需要从中读取数据向量。仅当-jobs 大于1时才会生效还可以通过删除该选项,节省20-30%的RAM-fitts ...原创 2020-07-13 22:03:05 · 190 阅读 · 0 评论 -
fmri分析教程:组分析Group Analysis
Overview 我们分析神经影像数据集的目的是将个体水平的结果推广到抽样的总体。换句话说,如果我们在样本中看到大脑活动的变化,我们能说在人群中也可能看到这些变化吗? 为了测试这一点,我们将运行一个组级分析(也称为a second-level analysis)。在AFNI中,这意味着我们计算标准误差和对比估计的平均值,然后测试平均值的估计是否具有统计意义。我们将以两种方式进行组分析:...原创 2020-02-29 12:07:45 · 3151 阅读 · 0 评论 -
AFNI program:3dREMLfit
首先运行3dDeconvolve生成input matrix (.xmat.1D) file;3dDeconvolve also prints out a cognate command line for running3dREMLfit, which should get you going with relative ease原创 2019-12-28 17:05:52 · 331 阅读 · 0 评论 -
功能核磁共振成像资料分享汇总
一本书Functional Magnetic Resonance ImagingAuthor(s): Scott A. Huettel; Allen W. Song; Gregory McCarthyPublisher: Sinauer, Year: 2014ISBN: 0878936270,9780878936274并且该书有一个配套的网址:Functional Magnetic R...原创 2019-12-27 19:45:52 · 1281 阅读 · 0 评论 -
afni界面没有Plugin,导致无法画ROI
如何在afni界面添加Plugin首先;明确的你的shell编程环境,运行以下命令echo $SHELL如果得到的反馈是 /bin/csh or /bin/tcsh;然后执行以下命令setenv AFNI_PLUGINPATH=/home/neurohyper/abin如果得到的反馈是/bin/bash;然后执行以下命令export AFNI_PLUGINPATH=/home/ne...原创 2019-12-14 19:29:04 · 203 阅读 · 0 评论 -
AFNI program: 3drefit
Usage: 3drefit [options] dataset …Changes some of the information inside a 3D dataset’s header,To see the current values stored in a .HEAD file, use the command‘3dinfo dataset’. Using 3dinfo both ...原创 2019-11-27 20:22:38 · 422 阅读 · 0 评论 -
设置afni环境变量—打开afni加载默认的大脑模板
打开afni的默认安装目录~/abin,里面有个对afni环境变量描述的文件README.environment。根据该文件对环境变量的功能描述,可以设置各种环境变量使得afni的操作简洁。举个例子;Variable: AFNI_GLOBAL_SESSION-----------------------------This variable, if it exists, is the na...原创 2019-11-10 16:14:18 · 516 阅读 · 0 评论