Aubedawn-CSDN博客

原创暑期学习之植入（l,d)模体发现PMSP性能优化（五）

上周比着论文里的PMSP算法，自己用c++实现了（9,2）模体的代码，一开始还挺高兴，跑20秒，但是老师说只需要0.5秒，打击还是挺大的，周一周二自己改了改，改到1.7秒，把改的过程贴一下吧。PMSP 0.0（9,2）：20sPMSP 1.0改进方式：在大C里循环查找模体时，一旦某一行不存在与初始模体小于d的子串，则退出该模体的循环，直接跳到下一模体的循环效果：（9，...

2018-08-02 18:43:09 519 1

原创暑期学习之植入（l,d)模体发现PMSPc++（四）

再写了穷举之后，这两天思考着把PMSP写了，但是写的适配性不好，还只是局限于模体（9,2），以后还得改进适配性（黑脸）。算法写的比较杂先把伪代码贴一下：伪代码算法来自：霍红卫, 林帅, 于强,等. 基于MapReduce的模体发现算法[J]. 中国科技论文, 2012(7):487-494.贴一下代码：#include <iostream>#includ...

2018-07-24 17:18:44 554

原创暑期学习之植入（l,d)模体发现穷举法c++（三）

昨天用c++写了一个穷举法，来粘一下。首先，数据是20*600的序列，植入模体为（9,2），因为是穷举法，太高的话效率太慢了。#include <iostream>#include <string>#include <stdlib.h>#include <fstream>using namespace std;int H_le...

2018-07-22 16:38:14 392

原创暑期学习之生物序列模体发现算法研究基础（二）

本文的主要任务主要是把上篇遗留的问题给解决n(*≧▽≦*)n 模体发现的难度评测2d邻居概率 E(l, d)值先说2d邻居概率，它是这么一个意思，表示任意的两个l-mer的海明距离小于等于2d的概率，用表示。越大，说明背景序列对模体发现的干扰性越大。(l, d)模体的性质：任意的两个模体实例的海明距离小于等于2d 。公式如下：首先求和的部分，总概率是把海明距离从0到2...

2018-07-21 17:00:36 396

原创暑期学习之生物序列模体发现算法研究基础（一）

从2018年7月16号早上开始到2018年7月18号傍晚19点左右，也就是在周一到周三差不多三天的时间里，学习了实验室要求的基础知识，趁着今天晚上有空小总结一下。植入模体发现(Planted (l, d) motif search, PMS) 输入：给定一个字母表∑上的t条长为n的序列集合D = {s1, s2, …, st}，以及满足0 ≤ d < l < n的非负整数l和d...

2018-07-18 20:20:18 993 3

原创 c++封装之对象成员指针

#include using namespace std;class Coordinate{public:Coordinate(int x,int y);~Coordinate();int getX();int getY();private:int m_iX;int m_iY;};class Line{public:Line(

2016-04-05 17:17:00 227

原创 c++封装之对象成员基础

基础对象成员

2016-04-05 16:39:02 133

原创 c++之函数特性重载内联函数默认值

函数默认值￥void fun (int i, int a=10,int j=20) 默认值必须在最右边！！！￥函数声明的时候写默认值，定义的时候最好不要！！￥主函数传参时可以覆盖其默认值！！函数重载$根据参数类型和个数判断需要哪个函数int fun(int i,int j,int k);double fun(double i,double j);int

2016-04-03 14:46:20 164

原创 c++之初步学习

namespace 的学习防止不同程序间的名称冲突实例：namesapce A;{int a,b;void test()}namesapce B;{void test();}引用： B::test(); 或者 A::a A::b ;A::test();

2016-04-03 14:23:59 199

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