Aubedawn

从2018年7月16号早上开始到2018年7月18号傍晚19点左右，也就是在周一到周三差不多三天的时间里，学习了实验室要求的基础知识，趁着今天晚上有空小总结一下。植入模体发现(Planted (l, d) motif search, PMS) 输入：给定一个字母表∑上的t条长为n的序列集合D = {s1, s2, …, st}，以及满足0 ≤ d < l < n的非负整数l和d...

再写了穷举之后，这两天思考着把PMSP写了，但是写的适配性不好，还只是局限于模体（9,2），以后还得改进适配性（黑脸）。算法写的比较杂 先把伪代码 贴一下：伪代码算法来自：霍红卫, 林帅, 于强,等. 基于MapReduce的模体发现算法[J]. 中国科技论文, 2012(7):487-494.贴一下代码：#include <iostream>#includ...

昨天用c++写了一个穷举法，来粘一下。首先，数据是20*600的序列，植入模体为（9,2），因为是穷举法，太高的话效率太慢了。#include <iostream>#include <string>#include <stdlib.h>#include <fstream>using namespace std;int H_le...

上周比着论文里的PMSP算法，自己用c++实现了（9,2）模体的代码，一开始还挺高兴，跑20秒，但是老师说只需要0.5秒，打击还是挺大的，周一周二自己改了改，改到1.7秒，把改的过程贴一下吧。PMSP 0.0（9,2）：20sPMSP 1.0改进方式：在大C里循环查找模体时，一旦某一行不存在与初始模体小于d的子串，则退出该模体的循环，直接跳到下一模体的循环 效果：（9，...