PMSP
Aubedawn
难念的经。
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暑期学习之植入(l,d)模体发现PMSPc++(四)
再写了穷举之后,这两天思考着把PMSP写了,但是写的适配性不好,还只是局限于模体(9,2),以后还得改进适配性(黑脸)。算法写的比较杂 先把伪代码 贴一下:伪代码算法来自:霍红卫, 林帅, 于强,等. 基于MapReduce的模体发现算法[J]. 中国科技论文, 2012(7):487-494.贴一下代码:#include <iostream>#includ...原创 2018-07-24 17:18:44 · 568 阅读 · 0 评论 -
暑期学习之植入(l,d)模体发现PMSP性能优化(五)
上周比着论文里的PMSP算法,自己用c++实现了(9,2)模体的代码,一开始还挺高兴,跑20秒,但是老师说只需要0.5秒,打击还是挺大的,周一周二自己改了改,改到1.7秒,把改的过程贴一下吧。PMSP 0.0(9,2):20sPMSP 1.0改进方式:在大C里循环查找模体时,一旦某一行不存在与初始模体小于d的子串,则退出该模体的循环,直接跳到下一模体的循环 效果:(9,...原创 2018-08-02 18:43:09 · 533 阅读 · 1 评论