Bedtools中的基因组坐标

Bedtools 是一个功能强大的工具集，用于在基因组范围内执行各种操作，例如重叠检测、合并、分割、过滤等。bedtools 会按照 0-based 的半开区间（half-open interval）表示基因组坐标，这与许多其他工具（如 bowtie2、BWA 等）的表示方式不同，后者通常使用 1-based 的闭区间（closed interval）。

BED 格式是一种常见的用于描述基因组特征的文本格式，它通常由四个列组成：

1. 染色体名称（chromosome name）
2. 起始位置（start position）
3. 结束位置（end position）
4. 可选的额外信息，如基因名称、得分等（optional additional information, such as gene name, score, etc.）

bedtools处理的bed文件（0-based 的半开区间）转换成 samtools等处理的基因组索引坐标，只需要起始坐标加1即可。 
 

# $2 为起始位置

awk '{print $1,$2+1,$3,$4}' bedtools_treated.bed > samtools_treated.bed

awk '{print $1,$2-1,$3,$4}' samtools_treated.bed > bedtools_treated.bed