ProteinMPNN中进入解码器的信息分析

 ProteinMPNN的神经网络模型，主要用于处理蛋白质相关的数据。模型包括特征提取部分（ProteinFeatures）、编码器层（EncLayer）和译码器层（DecLayer）

 ProteinMPNN forward函数的部分代码：

# Concatenate sequence embeddings for autoregressive decoder
h_S = self.W_s(S)
h_ES = cat_neighbors_nodes(h_S, h_E, E_idx)

# Build encoder embeddings
h_EX_encoder = cat_neighbors_nodes(torch.zeros_like(h_S), h_E, E_idx)
h_EXV_encoder = cat_neighbors_nodes(h_V, h_EX_encoder, E_idx)

# ...

h_EXV_encoder_fw = mask_fw * h_EXV_encoder
for layer in self.decoder_layers:
    h_ESV = cat_neighbors_nodes(h_V, h_ES, E_idx)
    h_ESV = mask_bw * h_ESV + h_EXV_encoder_fw
    h_V = torch.utils.checkpoint.checkpoint(layer, h_V, h_ESV, mask)

1. 代码解读：

2. h_EXV_encoder 没有序列信息：

   • 没错，h_EXV_encoder 是从编码器得到的图结构的上下文信息，反映的是整个蛋白质结构的空间关系，但它不包含具体的序列信息（即氨基酸序列）。在解码过程中，这个信息可以帮助模型理解空间位置之间的相互作用。

3. mask_fw * h_EXV_encoder 得到当前位置以后的信息，但没有序列信息：

   • mask_fw 用于选择前向的（未来的）位置。mask_fw * h_EXV_encoder 只包含当前位置及以后的结构信息（不含有序列信息）。这确保模型不会提前看到还未预测的序列，但可以利用结构上的上下文。

4. mask_bw * h_ESV 是当前位置及以前的信息，包括序列信息：

   • mask_bw 作用于 h_ESV，这其中的 h_ESV 包含了序列嵌入（h_S）和邻域信息（h_E）。mask_bw * h_ESV 会屏蔽未来位置，但保留当前和过去的序列信息。所以，这一部分反映了模型已经看到的序列内容及其相应的结构信息。

5. mask_bw * h_ESV + h_EXV_encoder_fw 屏蔽了当前位置以后的序列信息，但含有所有位置的其它信息：

   • 通过 mask_bw * h_ESV，我们确保仅使用过去和当前的序列信息，而 h_EXV_encoder_fw 提供了编码器输出的结构信息（但没有序列），这样就能够屏蔽未来的序列信息（保持自回归的要求），同时结合所有位置的结构信息来进行预测。

总结来说，这种做法确保在每个解码步骤中，模型不会泄露未来的序列信息，但仍然可以利用整个蛋白质结构的空间上下文，这对蛋白质序列预测非常重要。