RFDiffusion 氨基酸原子表示和原子编号

氨基酸中原子的表示和编号系统在生物信息学、结构生物学及化学中具有重要意义。为了准确描述氨基酸的结构特征和化学性质，不同的标准系统对其原子进行了详细标注。这些编号和命名规则由国际蛋白质数据银行（PDB）标准、IUPAC 命名法及其他相关规范定义。

源代码：

# full sc atom representation (Nx14)
aa2long=[
    (" N  "," CA "," C  "," O  "," CB ",  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None," H  "," HA ","1HB ","2HB ","3HB ",  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None), # ala
    (" N  "," CA "," C  "," O  "," CB "," CG "," CD "," NE "," CZ "," NH1"," NH2",  None,  None,  None," H  "," HA ","1HB ","2HB ","1HG ","2HG ","1HD ","2HD "," HE ","1HH1","2HH1","1HH2","2HH2"), # arg
    (" N  "," CA "," C  "," O  "," CB "," CG "," OD1"," ND2",  None,  None,  None,  None,  None,  None," H  "," HA ","1HB ","2HB ","1HD2","2HD2",  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None), # asn
    (" N  "," CA "," C  "," O  "," CB "," CG "," OD1"," OD2",  None,  None,  None,  None,  None,  None," H  "," HA ","1HB ","2HB ",  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None), # asp
    (" N  "," CA "," C  "," O  "," CB "," SG ",  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None," H  "," HA ","1HB ","2HB "," HG ",  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None), # cys
    (" N  "," CA "," C  "," O  "," CB "," CG "," CD "," OE1"," NE2",  None,  None,  None,  None,  None," H  "," HA ","1HB ","2HB ","1HG ","2HG ","1HE2","2HE2",  None,  None,  None,  None,  None), # gln
    (" N  "," CA "," C  "," O  "," CB "," CG "," CD "," OE1"," OE2",  None,  None,  None,  None,  None," H  "," HA ","1HB ","2HB ","1HG ","2HG ",  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None), # glu
    (" N  "," CA "," C  "," O  ",  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None," H  ","1HA ","2HA ",  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None), # gly
    (" N  "," CA "," C  "," O  "," CB "," CG "," ND1"," CD2"," CE1"," NE2",  None,  None,  None,  None," H  "," HA ","1HB ","2HB "," HD2"," HE1"," HE2",  None,  None,  None,  None,  None,  None), # his
    (" N  "," CA "," C  "," O  "," CB "," CG1"," CG2"," CD1",  None,  None,  None,  None,  None,  None," H  "," HA "," HB ","1HG2","2HG2","3HG2","1HG1","2HG1","1HD1","2HD1","3HD1",  None,  None), # ile
    (" N  "," CA "," C  "," O  "," CB "," CG "," CD1"," CD2",  None,  None,  None,  None,  None,  None," H  "," HA ","1HB ","2HB "," HG ","1HD1","2HD1","3HD1","1HD2","2HD2","3HD2",  None,  None), # leu
    (" N  "," CA "," C  "," O  "," CB "," CG "," CD "," CE "," NZ ",  None,  None,  None,  None,  None," H  "," HA ","1HB ","2HB ","1HG ","2HG ","1HD ","2HD ","1HE ","2HE ","1HZ ","2HZ ","3HZ "), # lys
    (" N  "," CA "," C  "," O  "," CB "," CG "," SD "," CE ",  None,  None,  None,  None,  None,  None," H  "," HA ","1HB ","2HB ","1HG ","2HG ","1HE ","2HE ","3HE ",  None,  None,  None,  None), # met
    (" N  "," CA "," C  "," O  "," CB "," CG "," CD1"," CD2"," CE1"," CE2"," CZ ",  None,  None,  None," H  "," HA ","1HB ","2HB "," HD1"," HD2"," HE1"," HE2"," HZ ",  None,  None,  None,  None), # phe
    (" N  "," CA "," C  "," O  "," CB "," CG "," CD ",  None,  None,  None,  None,  None,  None,  None," HA ","1HB ","2HB ","1HG ","2HG ","1HD ","2HD ",  None,  None,  None,  None,  None,  None), # pro
    (" N  "," CA "," C  "," O  ",