Foldseek在线蛋白质结构搜索

Foldseek 是由韩国首尔大学 Martin Steinegger 团队开发的蛋白质结构相似性搜索工具，其核心技术基于 3Di（三维相互作用字母表） 和 MMseqs2 框架，实现了速度与灵敏度的突破。以下是其关键特性：

1. 快速结构比对
   Foldseek 将蛋白质结构离散化为 20 种 3Di 状态字母表，结合序列和结构信息进行比对，速度比传统工具（如 Dali、TM-align）快 4-5 个数量级。例如，在单张 GPU 上，搜索 100 万个结构仅需数秒，而传统方法需数小时至数天。
2. 低序列相似性识别
   即使序列同一性低于 15%，Foldseek 仍能通过结构相似性检测同源蛋白。例如，在黄病毒科研究中，它成功识别了序列同源性仅 10-15% 的庚肝病毒与瘟病毒 E1 糖蛋白的结构同源性。
3. 多场景支持
   • 数据库搜索：支持 AlphaFoldDB、PDB、CATH 等 7 大数据库，覆盖超 6 亿个结构（截至 2025 年）。
   • 复合物比对：2025 年推出的 Foldseek-Multimer 模块可快速比对蛋白质复合物，速度比 US-align 快 100 倍以上，适用于宏基因组数据分析和药物靶点筛选。
   • 聚类与注释：通过结构聚类（如 easy-cluster 模块）生成代表性序列，辅助功能注释和进化分析。