分析流程
wangyunpeng_bio
这个作者很懒,什么都没留下…
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BRAF蛋白V600E突变的影响
BRAF蛋白V600E突变的影响目的:使用Cosmic、Clinvar、dbsnp等多种数据库,注释错义突变对蛋白质功能、稳定性和相互作用的影响。步骤: 1. 查找突变数据:选择癌症相关基因BARF,从COSMIC数据库下载BARF错义突变数据。 2. 查找结构数据:进入PDB,搜索BRAF,下载BRAF蛋白质单体的结构pdb文件、以及BRAF与其他蛋白结合的复合物pdb文件。 ...原创 2018-06-05 20:08:05 · 8150 阅读 · 0 评论 -
真核生物基因组的基因分析和预测
真核生物基因组的基因分析和预测 #一、摘要加深基因预测基本原理的理解(如密码子的偏好性、内含子外显子剪切识别序列等);了解同源基因预测的意义所在;熟悉已有的基因预测的使用(如GenScan、GeneWise等);二、材料和方法1、硬件平台处理器:Intel(R) Core(TM)i7-4710MQ CPU @ 2.50GHz 安装内存(RAM):16.0...原创 2018-06-05 16:15:44 · 14440 阅读 · 5 评论 -
启动子的分析和预测
启动子的分析和预测一、摘要加深对基因启动子的理解和认知;学会如何获取已知基因的启动子序列数据;熟悉不同启动子分析软件的使用及其适用范围;学会设计启动子克隆引物。熟悉EPD和TransFac数据库的使用;学会使用已知的启动子和转录因子TransFac的HMM模型,并能够独立编程,利用该HMM模型来计算鉴别未知启动子二、材料和方法1、硬件平台处理器:Int...原创 2018-06-05 16:50:56 · 112176 阅读 · 4 评论 -
Gromacs动力学模拟
动力学模拟实验要求:实验对象:选取目标体系,可自行选择一个蛋白质体系,也可以用Modeller 建模最佳模型结构.pdb进行操作。 软件: Gromacs-5.1.2 www.gromacs.org (manual/ tutorial)实验步骤:加力场。 gmx pdb2gmx –h 打开帮助菜单。 选力场的时候选择 Amber99sb…,溶剂类型选Tip3p。加...原创 2018-06-05 11:26:37 · 14425 阅读 · 15 评论 -
AutoDock分子对接
分子对接 #一、题目要求自己寻找一个受体+药物分子复合物体系(不同配体结合3-4个),然后拿复合物结构作为起始,做对接实验。 软件自选,Dock, AutoDock…二、操作过程记录及结果1、软件下载与安装AutoDock下载安装进入AutoDock官网下载安装http://autodock.scripps.edu/downloads/autodock-r...原创 2018-06-04 20:07:27 · 32869 阅读 · 8 评论 -
蛋白质的翻译后修饰
蛋白质的翻译后修饰一、题目要求请找出“人类connexin43”蛋白质上面的所有可能磷酸化位点,并注释其磷酸酶的家族 请找出“人类血红蛋白”上面的糖基化位点,注释结果 请从现有的工具中分别列举出三种磷酸化和糖基化位点预测的序列特征二、操作过程记录及结果磷酸化位点在uniprot中搜索人类的connexin43蛋白质,一共找到了16个磷酸化位点,13个丝氨酸磷...原创 2018-06-04 19:47:33 · 18182 阅读 · 4 评论 -
蛋白质结构预测
蛋白质结构预测一、 题目要求分别三种不同的方法(如采用基于信息论的GOR IV方法,Jpred,PSIPRED,SOPMA和神经网络方法PHD/Jnet(具体软件自己选))对给定蛋白序列做结构预测,结果输出并注释。重点说明不同方法预测结果有哪些不一样?为什么? 序列文件:model_sequence.fasta gi|19924159|ref|NP_003787.2| ...原创 2018-06-04 19:35:28 · 48261 阅读 · 3 评论 -
RRBS甲基化分析流程
RRBS甲基化流程分析流程和普通的测序分析一致,首先fastqc质量检测,接着对序列进行修剪,修剪后再质量检测;如果质量检测通过,则进行序列回帖,然后去除重复,计算甲基化程度,以及一些后续分析,本次后续分析使用R包methlykit以及edmr,还有其他一些甲基化分析软件可以参见附录。 流程命令比对流程首先进行fastqc质量鉴定,如果需要的话,再去除接头,PS:...原创 2018-06-02 20:33:44 · 24347 阅读 · 47 评论 -
GSEA介绍--鹏鹏原创,必是精品
引入:Functional annotation enrichment analysis的缺点:1、sampling issue2、cut off bias 人为决定p值3、lost mild changes 丢掉了改变小的那些基因而GSEA避免了以上的缺点。GSEA结果生成原理:Phit就是只当前黑线对应的基因,处于你富集分析的gene set中,Pmiss就是只当前黑线对应的基因,不处于你富集...原创 2016-10-28 14:32:51 · 18757 阅读 · 1 评论 -
基因芯片数据分析
前言...2实验概述...2实验流程...2数据下载...2数据输入...3质量控制...4背景校正、标准化和汇总...6提取表达矩阵...7选取差异表达基因...7聚类分析及可视化...7差异表达基因GO注释...10K邻近分类器...10SVM分类...12留一法检验-K邻近分类器...14留一法检验-svm..15SVM-RFE.1...原创 2017-07-02 16:17:34 · 44571 阅读 · 19 评论 -
甲基化特异性区域的计算鉴别
多形性成胶质细胞瘤(GBM)甲基化区域的计算鉴别目的:找出胶质细胞瘤特异性甲基化区域,为临床诊断提供理论依据步骤:1、查找数据:下载TCGA中GBM的RNA-seq和甲基化数据2、甲基化数据分析,正常肿瘤对比,进行差异甲基化分析,找出肿瘤样本中高甲基化区域3、对RNA-seq数据进行分析,正常肿瘤对比,差异表达基因的筛选,找出肿瘤样本中低表达基因。4原创 2017-12-15 19:45:44 · 15938 阅读 · 29 评论 -
Chip-seq流程报告
实验旨在了解Chip-seq的基本原理。通过模仿文献《Targeting superenhancerassociated oncogenes in oesophageal squamous cell carcinoma》的流程,学会利用NCBI和EBI数据库下载数据,熟悉Linux下的基本操作,并使用R语言画图,用Python或者shell写脚本进行基本的数据处理,通过FastQC原创 2017-02-01 21:17:01 · 32862 阅读 · 46 评论 -
RNA-seq与miRNA-seq联合分析
对于RNA-seq和miRNA-seq数据,使用DESeq2的负二项分布模型,筛选差异表达基因和miRNA,由于数据来源样本一致,进而使用MAGIA在线平台进行联合分析。原创 2017-07-02 16:54:54 · 20328 阅读 · 10 评论 -
PRO-seq数据分析
大多数RNA-seq都是研究不同条件下细胞内mRNA变化。除了基因的编码区(CDS)可以转录成mRNA,基因组上的其他区域也能不同程度地转录,Enhancer可以产生短的且不稳定的RNA来调控转录,而这种调控的错误会引发多种疾病,传统RNA-seq技术在检测这种不稳定的RNA方面效率很低。而PRO-seq技术就是对传统RNA-seq技术在这方面的改进,它可以富集并且测出刚刚被RNA聚合酶转录出来的新生RNA原创 2017-07-02 17:16:39 · 7297 阅读 · 3 评论 -
Chip-seq数据寻找Indel
背景介绍:癌症病人基因组内有许许多多的Indel,这些Indel与发病机制有着密切关系,而通常的做法是对癌症病人进行基因组测序或者外显子测序,找出相关Indel。而Chip-seq数据可以找出Enhancer,对Chip-seq数据进行处理,可以将Indel与Enhancer进行结合分析方法介绍:简单地说,就是follow最近的高分文章《Small genomic insertio原创 2017-07-26 20:48:01 · 1917 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq流程报告
实验旨在了解RNA-seq的基本原理。通过模仿文献《Targeting super enhancer associated oncogenes in oesophageal squamous cell carcinoma》的流程,学会利用NCBI和EBI数据库下载数据,熟悉Linux下的基本操作,并使用R语言画图,用Python或者shell写脚本进行基本的数据处理,使用FastQC,Histat2,Stringtie,Ballgown流程原创 2017-02-01 21:41:29 · 39904 阅读 · 28 评论