Matlab批量将.nii文件保存为.mat文件

批量处理需要用到 for 循环，那就有个基本的要求：文件名起码得统一。

参考：用 MATLAB 批量修改文件名

首先我有 19 个 .nii 文件，需要转成 .mat 文件进行输出查看。

基本思路是使用 for 循环处理，将每个 .nii 文件保存为 .mat 文件然后绘制在画布上，最终的效果是输出 19 张图像。

MATLAB 代码：

clc;
clear all;

% 读取所有.nii文件
file = dir('*.nii');
% 获取文件个数
len = length(file);

for i = 1:len
    % 获取nii文件名
    nii_file = file(i).name;
    % 加载nii文件
    nii = load_nii(nii_file);
    % 存储img部分
    img = nii.img;
    % 定义mat文件名
    mat_name = strcat('img_', int2str(i), '.mat');
    % 存储mat文件
    save(mat_name);
    % 加载mat文件
    load(mat_name);
    
    figure(1)
    subplot(4,5,i), imshow(img(:,:,1),[]), title(i)
end

• load_nii() 函数可以加载 .nii 文件，将其保存在变量 nii 中
• 用 img 存储 nii 文件的 image 部分
• save() 和 load() 函数分别是保存为 .mat 文件和读取 .mat 文件
• subplot(4,5,i) 在一张画布上绘制子图，表示 4 行 5 列，i 是子图序号，从左到右、从上到下依次递增，这个可以自己实验看看
• imshow() 显示图像
• img(:,:,1) 是因为我的数据结构是 160*120*1 的，第三维是图像切片，前两维是图像的宽高，所以输出时前两维都需要输出，第三维选择一个图像切片进行输出，所以这个参数需要根据自己数据结构的实际情况进行修改
• title() 设置每个子图的标题

运行一下就 OK 啦~

这里就是读取 .mat 文件输出的 19 个图像，如果需要对图像进行其他处理就另外再讲。

2020/3/9 更新：

.nii 文件读取后如果有多个变量，若直接 save 为 .mat 格式，则会把变量区的所有变量都保存在 mat 文件。如果只需要保存 nii 文件中的 img 变量，只需要在 save 时指定一下：

% 加载nii文件
nii = load_nii(file);

% 存储img部分
img = nii.img;

% 定义mat文件名
mat_name = strcat('img_', int2str(i), '.mat');

% 存储mat文件
save(mat_name, 'img');

需要特别注意的是，save 函数是根据字符串查找变量的，所以 save 第二个输入参数必须是 'img' 而非 img。如果使用 save(mat_name, img) 就会出现如下错误：

错误使用 save
必须为字符串标量或字符向量。