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原创 Julia语言简介及编程环境搭建
Julia语言简介及编程环境搭建（该图来自于网上资源）一、Julia语言简介1.如果你在网上关键词搜“Julia”，会搜到一个女人。但是我们本次的话题与女人无关，我们是在谈一门计算机语言新秀：Julia（我不关心为啥起这个名字）。2.Julia可以说一个集人类的欲望和贪婪的性格的一门语言，有点夸张了，它身负众望，在设计之初就打靶多种语言：如C、Python、Perl...
2019-12-04 15:29:30
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原创 R包crayon格式化输出信息
生活需要色彩，工作也一样，而且我最近迷上了生信分析流程中的各种颜色的代码。上期，我分享的让我们的脚本带点色儿 - 知乎 (zhihu.com)，是面向CLI(Command-Line Interface)的用户的，今天分享的内容，CLI和GUI(Graphical User Interface)都适用。R语言现在已经不是小众语言了，学校教育和各行各业的工作中都可以使用R语言中便捷的统计学函数和强悍的图形可视化能力，人们对于数据可视化有着执念式的追求。当然，做生信分析工作也离不开R语言，下面我将展示一
2021-07-22 16:20:13
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原创 让我们的脚本带点色儿
我们通常在Linux中用echo就是用来打印字符串或者变量的，类似于其他语言中的print()函数。用法如下：（1）echo “Hello World!”# 示例代码：myname="liunxuser; # 创建变量";echo “Hello World!”; echo “$myname“;echo “${myname}“# 双引号会解释$、\和`这三种特殊字符echo 后面可以跟双引号围绕的字符串或者变量（2）echo 'Hello World!'# 单引号将所有字符都看成普通字符
2021-06-26 12:39:20
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原创 Julia遍历文件夹操作
今天继续分享Julia文件和文件夹操作的一个小技巧：遍历目标目录，判断是文件还是文件夹首先我们的目标目录中的文件和文件夹如下所示：有5个文件和3个文件夹，其中文件夹：newdir01中还有一个文件./newdir01:number_symlink.txtmydir = readdir("./Users/juliauser/Functions_Scripts_Codes_Pipelines/Julia_Codes/File_Directory_and_Path/")for f in
2021-06-23 11:07:31
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原创 Julia文件和文件夹相关基础函数02
早，各位简友，今天分享julia语言的文件和文件夹相关基础函数剩余部分：参考资料：主页 · Julia中文文档 (juliacn.com)## 修改文件名：mv()mv("mydata.xls", "number.data")readdir()# 6-element Array{String,1}:# "Julia关于文件目录和路径的相关函数.jl"# "hello.txt"# "newdir01"# "newdir02"# "newdir03"# "...
2021-06-22 08:27:06
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原创 Julia文件和文件夹相关基础函数01
## 查看当前工作路径：pwd()pwd()# "/Users/juliauser"## 切换工作路径cd("/Users/juliauser/Functions_Scripts_Codes_Pipelines/Julia_Codes/File_Directory_and_Path")# 再次查看是否切换到该路径下pwd()# "/Users/juliauser/Functions_Scripts_Codes_Pipelines/Julia_Codes/File_Director
2021-06-20 15:41:31
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原创 R函数工厂
函数工厂顾名思义就是生产函数的工厂，你想不想拥有可以批量生产满足自己需求的函数工厂呢？下面我将举个简单的例子来说明函数工厂的威力，其实也可以理解为函数闭包。## 创建函数工厂：powerpower <- function(exponent) { function(x) { x ^ exponent }}## 创建平方函数square <- power(2)square(2)# [1] 4square(4)# [1] 16square(...
2021-06-20 14:22:46
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原创 实用awk一行流01
废话没有，直接上实用代码，当你着急忙慌的时候，希望它能帮到你测试数据：WorldCupGroup.data（9行X6列）cat WorldCupGroup.data分组第一档第二档第三档第四档第五档A组 中国 叙利亚 菲律宾 马尔代夫 关岛*B组 澳大利亚 约旦 台湾地区 科威特 尼泊尔C组 伊朗 伊拉克 巴林 中国香港 柬埔寨*D组 沙特阿拉伯 乌兹别克斯坦 巴勒斯坦 也门 新加坡E组 卡塔尔 阿曼 印度 阿富汗 孟加拉国*F组 日本 吉尔吉斯斯坦 塔吉克斯坦 缅甸 蒙
2021-06-16 13:24:34
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原创 分享一款生物信息数据高亮工具biosyntax
先上图，见下：喜欢颜色的生信汉子和妹子们，今天分享一款“很有颜色“的生物信息学数据高亮工具给你们，记得三连：收藏，点赞加关注，当然也可以刷火箭，老铁！biosyntax工具的官网在这儿里：https://biosyntax.org/，它可以高亮生物学数据，例如fasta，fastq, gff，gtf, vcf, sam, bed, pdb, cwl等等，支持多种工具：less, vim, gedit, sublime and VScode。提前声明：首先我们要感谢biosyntax的研发团队
2021-06-11 23:50:38
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原创 build一本ggplot2-book到自己的本地电脑上
ggplot2是R语言中数据可视化的大杀器，对于学生、上班族和科研人员来说学会它，迟早会用的着。下面推荐一本讲解ggplot2语法和用法的电子书，你可以按照下面的步骤在自己的电脑上生成一本方便查看的电子书：ggplot2-book。资源网址：hadley/ggplot2-book: ggplot2: elegant graphics for data analysis (github.com)第一步：启动Rstudio，在自己的电脑上新建一个文件夹，名称自己起，例如叫：ggplot2-book
2021-06-08 15:29:19
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原创 长宽数据变换_reshape2包_2021-02-28
我们用一个R内置的测试数据airquality举例什么是：head(airquality) ozone solar.r wind temp month day1 41 190 7.4 67 5 12 36 118 8.0 72 5 23 12 149 12.6 74 5 34 18 313 11.5 62 5 45 NA NA 14.3 ...
2021-02-28 18:45:02
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原创 生存分析及生存曲线_2021-01-30
生存分析（英文：Survival Analysis），是生物信息学分析中常用到的一种重要方法，主要分析场景如：不同组癌症病人在一种或者一种以上的变量作用下其生存概率随着记录时间发展而发生的变化或者走势。这条曲线（或多条曲线）往往是呈现从高到低（由左到右）的发展趋势，往往最后以病人的死亡事件（death event）而结束，当然这里的事件也可以是肿瘤转移、复发、病人出院、重新入院等任何可以明确识别的事件。生存分析要解决的核心问题就是各组样品数据在一个或者多个变量作用下它们生存概率随着观测时间如何发展（变化
2021-01-30 17:18:23
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原创 pkgsearch搜索和查询CRAN R包_2021-01-26
# pkgsearch包功能测试_20210126### 1.设置当前目录setwd("pkgsearch/")## 2.安装和导入R包# install.packages("pkgsearch")library(pkgsearch)## 3.R包简要信息help(package="pkgsearch")# Package: pkgsearch# Title: Search and Query CRAN R Packages# Version: 3.0.3#
2021-01-26 15:11:56
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原创 R包管理神器batata包_2021-01-23
## 1.设置当前工作setwd("./batata")## 2.安装和导入R包# install.packages("batata")## You can install the development version of batata from Github# install.packages("remotes")# remotes::install_github("feddelegrand7/batata")library(batata)## 3.R包功能测试
2021-01-23 22:19:20
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原创 Julia处理字符串常用的函数_2020-11-30
1.截取字符串函数：SubString(string, start, end)，用法见下：julia> mystr = "jingxinxing""jingxinxing"julia> SubString(mystr, 1, 4)"jing"2.获取字符串长度函数：length(string)，用法见下：julia> length(mystr)113.获取字符串中元素的索引值函数：firstindex(string)和lastindex(string)
2020-11-30 23:18:05
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原创 使用mailR群发邮件_2020-11-20
不得不说这是一个很牛的R包，非常实用！mailR包依赖Java环境，所有需要提前在Window10电脑上安装Java，配置JAVA_HOME变量，然后安装rJava，再安装mailR。再执行下面的代码：## 1.导入R包library(mailR)library(rJava)## 2.获取附件文件的路径信息# 获取当前日期信息date <- Sys.Date()# [1] "2020-11-20"date_time <- format(Sys.time(),fo.
2020-11-20 15:32:10
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原创 自己编写Linux-Shell脚本下载序列数据库_2020-11-17
搞生物的、搞生信的离不开下载基因或蛋白序列，如果你有一个物种、一个基因、一个蛋白、一个RNA还好说，我就点点下载呗，但是如果你要下载的物种、基因或蛋白很多很多，是个长列表，那就不适合一个一个的费力的下载了，这个时候就需要用编程的思想解决问题，让机器不知疲倦的帮我们完成机械式的任务！下面是一个现实任务：需要下载31个物种的蛋白质组FASTA序列数据库，我们使用Linux shell编程去解决，这个方法和思路可以延伸和扩展，大家根据自己的实际问题进行修改代码，我的代码如下：#!/usr/bin/bash
2020-11-17 16:58:02
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原创 使用R绘制花瓣图_2020-11-10
上篇博客，我们讲到了使用R包绘制不超过五组数据集的维恩图，末尾留了个尾巴：就是数据集超过五组数据集怎么绘制呢，当然可以选择绘制花瓣图进行数据的分析和可视化。下面我就带了大家使用R绘制花瓣图！废话不多说，直接上R绘图代码：测试数据文件内容长这样！需要的请在该博文下面留言联系我！## 1.导入R包（R包如果没有安装，导入前需要安装，使用install.packages("R包名称")进行安装）library(rio)library(plotrix)## 2.读取数据venn_da
2020-11-10 17:41:55
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原创 使用R进行VENN_维恩图或韦恩图_的绘制_2020-11-08
## 1.导入R包 library("VennDiagram") library("rio")## 2.设置当前工作目录 if (length(path) != 0) { setwd(path) } else { setwd("./") }## 3.读取提前准备好的数据 venn_data_index <- list.files(path = "./", pattern = "^venn_data") venn_data <-...
2020-11-08 22:28:54
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原创 使用Julia的Gadfly包绘制精美图形_2020-07-12Sunday
## 开始测试using Gadfly, RDatasets, RCalliris = dataset("datasets", "iris")typeof(iris)# DataFrame#@ 查看数据的前六行内容print(first(iris, 6))# 6×5 DataFrame# │ Row │ SepalLength │ SepalWidth │ PetalLength │ PetalWidth │ Species │# │ │ Float64 │ Float6
2020-07-12 23:05:36
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原创 使用R包volcano3D绘制3D火山图-2020-07-06Mon
火山图通常在生信分析中会经常绘制的一种图形，通常用来展示比较组的差异基因、蛋白或代谢物的，也通常是绘制为2D形式。但是，如果我们给2D火山图增加一个维度，变成3D火山图呢？本文将介绍一个绘制3D火山图的R包：volcano3D。volcano3D允许绘制三组之间的差异基因、蛋白或代谢物，设计之初的目的也是为了探究差异基因表达情况，可以绘制成三维的，而且可以转换为交互式动态格式的网页文件。本文例子中也惯用volcano3D包中的测试数据，该数据是类风湿关节炎实验数据the PEAC rheumatoi
2020-07-06 21:44:20
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原创 使用R包barplot3d绘制3D条形图-2020-07-04Sat
## 1.设置当前工作目录setwd("./barplot3d/")## 2.安装和导入R包# install.packages("barplot3d")library(barplot3d)## 3.R包简介### 3.1 Descriptionhelp(package="barplot3d")# Package: barplot3d# Type: Package# Title: Create 3D Barplots# Version: 1.0.1# Auth
2020-07-04 11:49:52
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原创 利用R包ggmsa进行多序列比对_2020-05-31
## 1.设置当前工作目录setwd("./ggmsa")## 2.安装和导入R包# install.packages("ggmsa")library(ggmsa)library(ggplot2)## 3.R包简要信息help(package = "ggmsa")# Package: ggmsa# Title: Plot Multiple Sequence Alignment using 'ggplot2'# Version: 0.0.4# Authors@R:
2020-05-31 09:16:44
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原创 Julia循环结构_for循环_2020-04-23
# Julia循环结构_for循环_2020-04-23Thursday#@ for循环是一种迭代循环机制，迭代即重复相同的逻辑操作，每次操作都是基于上一次的结果进行的，而while循环是条件循环。#@ for循环可以遍历任何类型的序列，如、range序列、数组、字符串等#@ 基本语法如下：for 迭代变量 in 可迭代对象 函数、公式、命令语句end## 1.实例1：遍...
2020-04-23 10:20:21
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原创 使用R包ComplexHeatmap绘制复杂热图_2020-04-07
## 1.设置当前工作目录setwd("./ComplexHeatmap")## 2.安装和导入R包：ComplexHeatmap### 2.1 Bioconductor安装if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::in...
2020-04-07 23:12:22
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原创 RCircos包绘制染色体模式图_2020-04-01
## 1.设置当前工作目录setwd("./RCircos")## 2.安装和导入R包：RCircos# install.packages("RCircos")library("RCircos")## 3.RCircos包简要信息### 3.1 DESCRIPTION# Package: RCircos# Type: Package# Title: Circos...
2020-04-01 22:47:15
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原创 Julia循环结构_while循环_2020-03-29Sunday
# Julia循环结构_while循环_2020-03-29Sunday#@ 再看while循环的一个例子：求s = i + ii + iii + iii...ii，要求输入i和i的个数。代码如下：print("请输入i的值：")myi = readline()i = parse(Int, myi)print("请输入i的循环次数n：")myn = readline()...
2020-03-29 20:31:33
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原创 Julia循环结构_while循环_2020-03-24
# Julia循环结构_while循环_2020-03-24Tu#@ while循环结构的一般格式如下：while 表达式或循环条件 执行语句end#@ while循环结构运行时首先计算表达式的值，当值为真时，执行语句；执行完语句，再次计算循环条件，即表达式，然后再执行语句，直到循环条件不为真，循环停止，跳出循环。#@ 下面举三个例子，慢慢体会while循环之美#...
2020-03-24 23:24:52
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原创 Julia语言PyPlot包绘图_2020-03-17Tu
1. 安装PyPlot包using PkgPkg.add("PyPlot")2.绘制折线图usingPyPlotx=1:50xlabel("x")y=rand(50)ylabel("y")title("base plot")grid("on")plot(x,y)3.绘制手绘风格的曲线图x=1:10xlabel("x")y=one...
2020-03-17 23:23:32
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原创 Julia语言实现K-means聚类_2020-03-12Th
1.启动Julia的REPL窗口：$julia即可2.安装和导入K-means聚类所需要的Julia包julia> using Clusteringjulia> using RDatasetsjulia> using Gadfly3.导入测试数据iris数据集4.获取前4列数据信息，并通过convert转换为数组julia>...
2020-03-12 22:35:09
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原创 Julia实现线性回归_2020-03-07Sa
1.启动Julia的REPL窗口：$julia即可2.导入构建回归模型所需的Julia包julia> # Julia语言实现线性回归julia> using DataFramesjulia> using RDatasetsjulia> using GLM3.导入测试数据julia> data = dataset("datasets", "i...
2020-03-07 11:09:47
1082
原创 Julia语言实现随机森林_2020-03-04W
1.进入Julia的REPL窗口的Julia模式2.导入DecisionTree和RDatasets包julia> using DecisionTree, RDatasets3.导入iris数据，创建测试数据julia> mydata = dataset("datasets", "iris")150×5 DataFrame│ Row │ SepalL...
2020-03-05 00:26:09
423
原创 R批量处理xlsx文件时文件名排序问题_2020-03-04W
如果你经常需要处理有规律可循的表格文件时，就建议你学学R语言、Python或者Julia语言，用编程的方法处理表格文件吧，你的学习会有丰厚的回报！回到正题，我手上有一堆实验得到的表格文件，它们是有规律的，给大家看一下（见下图）：我需要对它们进行批量处理，我的一个方法是用dir()函数或者list.files()函数填加pattern参数来获取文件名列表：先来处理pep表格pep...
2020-03-05 00:08:30
838
原创 Julia语言实现决策树_2020-03-03Th
1.进入Julia的REPL窗口的Julia模式中，并且导入Pkg包管理器；导入DecisionTree决策树包和RDatasets数据包，代码如下所示：julia> using Pkgjulia> using DecisionTree[ Info: Precompiling DecisionTree [7806a523-6efd-50cb-b5f6-3fa6f1930d...
2020-03-03 23:11:50
1054
原创 Gadfly包绘图测试3_2020-02-28F
## 1.Plotting a Geometric figureusing Gadflyset_default_plot_size(23cm, 15cm)Gadfly.plot(x = [0, 1, 1, 2, 2, 3, 3, 2, 2, 1, 1, 0, 4, 5, 5, 4],y = [0, 0, 1, 1, 0, 0, 3, 3, 2, 2, 3, 3, 0, 0, 3, 3...
2020-02-29 00:45:40
249
原创 Gadfly包绘图测试2_2020-02-26W
#@ 继续绘图，测试各个参数，点线图：Geom.hairusing Gadflyusing RDatasetsset_default_plot_size(20cm, 20cm)a = 1:10b = [-1,-1,1,1,-1,-1,1,1,-1,-1]p1 = plot(x=a, y=a.^2, Geom.hair, Geom.point)p2 = plot(x=b.*(a.^...
2020-02-26 20:30:36
188
原创 Julia的绘图包Gadfly测试1_2020-02-25Th
Julia的Gadfly是专门用来绘图（数据可视化）的第三方包，与R的ggplot2包很相似，都是基于“图形语法（Grammer of Graphics）”进行数据可视化的。图形是由一层一层的元素构建的，包括Data，Geom和Layer和Theme等等元素组成。下面我们就来测试一下Gadfly包的绘图功能和特点1.安装Gadfly包using PkgPkg.add(“Gadfl...
2020-02-26 00:58:27
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原创 ggplot2包再学习第二天_2020-02-20Th
# ggplot2包再学习第二天_2020-02-20Th## 1.调整x轴坐标标签的角度## 2.修改x轴和y轴的标题的字体和大小，以及调整点的颜色
2020-02-21 00:05:24
147
原创 Julia数据处理常用包_DataFrames包测试3_2020-02-20Th
# Julia数据处理常用包_DataFrames包测试3_2020-02-20Th#@ 前面我们学习和测试了DataFrames包的特征和函数功能，下面我们接着本次的测试：利用DataFrames包读取.csv文件中的数据。## 1.创建一个.csv文件using DataFramesusing DelimitedFilesusing CSVmycsv1 = open("my...
2020-02-20 11:59:05
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原创 Julia数据处理常用包_DataFrames包测试2_2020-02-19W
# Julia数据处理常用包_DataFrames包测试2_2020-02-19W#@ 前面我们学习了如安装Julia第三方包：DataFrames、如何构建DataFrame对象和一些表格数据的操作，那今天我们继续DataFrames的学习和测试## 1.重新构建DataFrame对象using DataFramesmya1 = ["王冕","张峰","李磊","周迅","赵云"...
2020-02-20 00:56:40
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