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知无牙
盛年不重来,一日难再晨。及时当勉励,岁月不待人。
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R函数工厂
函数工厂顾名思义就是生产函数的工厂,你想不想拥有可以批量生产满足自己需求的函数工厂呢?下面我将举个简单的例子来说明函数工厂的威力,其实也可以理解为函数闭包。## 创建函数工厂:powerpower <- function(exponent) { function(x) { x ^ exponent }}## 创建平方函数square <- power(2)square(2)# [1] 4square(4)# [1] 16square(...原创 2021-06-20 14:22:46 · 984 阅读 · 0 评论 -
长宽数据变换_reshape2包_2021-02-28
我们用一个R内置的测试数据airquality举例什么是:head(airquality) ozone solar.r wind temp month day1 41 190 7.4 67 5 12 36 118 8.0 72 5 23 12 149 12.6 74 5 34 18 313 11.5 62 5 45 NA NA 14.3 ...原创 2021-02-28 18:45:02 · 259 阅读 · 0 评论 -
生存分析及生存曲线_2021-01-30
生存分析(英文:Survival Analysis),是生物信息学分析中常用到的一种重要方法,主要分析场景如:不同组癌症病人在一种或者一种以上的变量作用下其生存概率随着记录时间发展而发生的变化或者走势。这条曲线(或多条曲线)往往是呈现从高到低(由左到右)的发展趋势,往往最后以病人的死亡事件(death event)而结束,当然这里的事件也可以是肿瘤转移、复发、病人出院、重新入院等任何可以明确识别的事件。生存分析要解决的核心问题就是各组样品数据在一个或者多个变量作用下它们生存概率随着观测时间如何发展(变化原创 2021-01-30 17:18:23 · 5893 阅读 · 0 评论 -
pkgsearch搜索和查询CRAN R包_2021-01-26
# pkgsearch包功能测试_20210126### 1.设置当前目录setwd("pkgsearch/")## 2.安装和导入R包# install.packages("pkgsearch")library(pkgsearch)## 3.R包简要信息help(package="pkgsearch")# Package: pkgsearch# Title: Search and Query CRAN R Packages# Version: 3.0.3#原创 2021-01-26 15:11:56 · 942 阅读 · 0 评论 -
R包管理神器batata包_2021-01-23
## 1.设置当前工作setwd("./batata")## 2.安装和导入R包# install.packages("batata")## You can install the development version of batata from Github# install.packages("remotes")# remotes::install_github("feddelegrand7/batata")library(batata)## 3.R包功能测试原创 2021-01-23 22:19:20 · 344 阅读 · 0 评论 -
使用mailR群发邮件_2020-11-20
不得不说这是一个很牛的R包,非常实用!mailR包依赖Java环境,所有需要提前在Window10电脑上安装Java,配置JAVA_HOME变量,然后安装rJava,再安装mailR。再执行下面的代码:## 1.导入R包library(mailR)library(rJava)## 2.获取附件文件的路径信息# 获取当前日期信息date <- Sys.Date()# [1] "2020-11-20"date_time <- format(Sys.time(),fo.原创 2020-11-20 15:32:10 · 655 阅读 · 0 评论 -
使用R绘制花瓣图_2020-11-10
上篇博客,我们讲到了使用R包绘制不超过五组数据集的维恩图,末尾留了个尾巴:就是数据集超过五组数据集怎么绘制呢,当然可以选择绘制花瓣图进行数据的分析和可视化。下面我就带了大家使用R绘制花瓣图!废话不多说,直接上R绘图代码:测试数据文件内容长这样!需要的请在该博文下面留言联系我!## 1.导入R包(R包如果没有安装,导入前需要安装,使用install.packages("R包名称")进行安装)library(rio)library(plotrix)## 2.读取数据venn_da原创 2020-11-10 17:41:55 · 5532 阅读 · 7 评论 -
使用R进行VENN_维恩图或韦恩图_的绘制_2020-11-08
## 1.导入R包 library("VennDiagram") library("rio")## 2.设置当前工作目录 if (length(path) != 0) { setwd(path) } else { setwd("./") }## 3.读取提前准备好的数据 venn_data_index <- list.files(path = "./", pattern = "^venn_data") venn_data <-...原创 2020-11-08 22:28:54 · 1468 阅读 · 1 评论 -
使用R包volcano3D绘制3D火山图-2020-07-06Mon
火山图通常在生信分析中会经常绘制的一种图形,通常用来展示比较组的差异基因、蛋白或代谢物的,也通常是绘制为2D形式。但是,如果我们给2D火山图增加一个维度,变成3D火山图呢?本文将介绍一个绘制3D火山图的R包:volcano3D。volcano3D允许绘制三组之间的差异基因、蛋白或代谢物,设计之初的目的也是为了探究差异基因表达情况,可以绘制成三维的,而且可以转换为交互式动态格式的网页文件。本文例子中也惯用volcano3D包中的测试数据,该数据是类风湿关节炎实验数据the PEAC rheumatoi原创 2020-07-06 21:44:20 · 1859 阅读 · 1 评论 -
使用R包barplot3d绘制3D条形图-2020-07-04Sat
## 1.设置当前工作目录setwd("./barplot3d/")## 2.安装和导入R包# install.packages("barplot3d")library(barplot3d)## 3.R包简介### 3.1 Descriptionhelp(package="barplot3d")# Package: barplot3d# Type: Package# Title: Create 3D Barplots# Version: 1.0.1# Auth原创 2020-07-04 11:49:52 · 2408 阅读 · 0 评论 -
利用R包ggmsa进行多序列比对_2020-05-31
## 1.设置当前工作目录setwd("./ggmsa")## 2.安装和导入R包# install.packages("ggmsa")library(ggmsa)library(ggplot2)## 3.R包简要信息help(package = "ggmsa")# Package: ggmsa# Title: Plot Multiple Sequence Alignment using 'ggplot2'# Version: 0.0.4# Authors@R:原创 2020-05-31 09:16:44 · 4698 阅读 · 0 评论 -
使用R包ComplexHeatmap绘制复杂热图_2020-04-07
## 1.设置当前工作目录setwd("./ComplexHeatmap")## 2.安装和导入R包:ComplexHeatmap### 2.1 Bioconductor安装if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::in...原创 2020-04-07 23:12:22 · 4956 阅读 · 0 评论 -
RCircos包绘制染色体模式图_2020-04-01
## 1.设置当前工作目录setwd("./RCircos")## 2.安装和导入R包:RCircos# install.packages("RCircos")library("RCircos")## 3.RCircos包简要信息### 3.1 DESCRIPTION# Package: RCircos# Type: Package# Title: Circos...原创 2020-04-01 22:47:15 · 5153 阅读 · 2 评论 -
R批量处理xlsx文件时文件名排序问题_2020-03-04W
如果你经常需要处理有规律可循的表格文件时,就建议你学学R语言、Python或者Julia语言,用编程的方法处理表格文件吧,你的学习会有丰厚的回报!回到正题,我手上有一堆实验得到的表格文件,它们是有规律的,给大家看一下(见下图):我需要对它们进行批量处理,我的一个方法是用dir()函数或者list.files()函数填加pattern参数来获取文件名列表:先来处理pep表格pep...原创 2020-03-05 00:08:30 · 757 阅读 · 0 评论 -
ggplot2包再学习第二天_2020-02-20Th
# ggplot2包再学习第二天_2020-02-20Th## 1.调整x轴坐标标签的角度## 2.修改x轴和y轴的标题的字体和大小,以及调整点的颜色原创 2020-02-21 00:05:24 · 121 阅读 · 0 评论 -
ggplo2包再学习第一天_2020-02-19W
#ggplo2包再学习第一天_2020-02-19W## 1.设置工作目录setwd("./2020-02-19W/")## 2.安装和导入(首次使用ggplot2时需要安装)# install.packages("ggplot2") # 我已经安装过了,所以这里注释掉即可library(ggplot2)## 3.开始我们第一天的学习内容### 3.1 什么是图形...原创 2020-02-19 23:58:23 · 314 阅读 · 0 评论 -
继续绘制个性化热图_2020-02-18
## 1.设置当前工作目录setwd("./pheatmap/")## 2.导入pheatmap包library(pheatmap)## 3.继续更改参数绘制个性化热图### 3.1 构建测试数据test = matrix(rnorm(200), 20, 10)test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)]...原创 2020-02-18 18:29:46 · 337 阅读 · 0 评论 -
绘制注释行名和列名的热图_2020-02-17
## 1.设置当前工作目录setwd("./pheatmap/")## 2.导入pheatmap包library(pheatmap)## 3.继续更改参数绘制热图### 3.1 构建热图数据test = matrix(rnorm(200), 20, 10)test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)...原创 2020-02-17 20:08:22 · 4805 阅读 · 0 评论 -
pheatmap包更改参数绘制热图_2020-02-16
## 1.设置当前工作目录setwd("./pheatmap/")## 2.导入R包library(pheatmap)## 3.更改参数,绘制不一样的热图### 3.1 构建测试数据test = matrix(rnorm(200), 20, 10)test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3...原创 2020-02-16 18:40:09 · 5483 阅读 · 2 评论 -
修改参数绘制不一样的热图_2020-02-15
## 1.设置当前工作目录setwd("./pheatmap/")## 2.导入R包library(pheatmap)## 3.增加参数,绘制不一样的热图### 3.1 pheatmap函数的结构str(pheatmap)function (mat, color = colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, ...原创 2020-02-15 21:54:08 · 896 阅读 · 0 评论 -
pheatmap包绘制简单热图_2020-02-14
## 1.设置当前工作目录setwd("./pheatmap/")## 2.安装和导入R包install.packages("pheatmap")library(pheatmap)## 3.R包:pheatmap简要信息# Package: pheatmap# Type: Package# Title: Pretty Heatmaps# Version: 1.0....原创 2020-02-14 15:48:17 · 1283 阅读 · 0 评论 -
绘制美观的小提琴图_公式方式进行数据分组和排序问题_2020-02-13
## 1.设置当前工作目录setwd("./vioplot/")## 2.导入vioplot包library(vioplot)## 3.测试### 3.1 数据分组:公式方法的应用#@ 导入R内置数据集data(iris)#@ 查看前10行和后10行内容head(iris, n = 10)# Sepal.Length Sepal.Width Petal...原创 2020-02-13 12:31:57 · 1137 阅读 · 0 评论 -
R数据框实用操作方法总结
一、开场R语言中的数据框data.frame被定义为由不同变量值(列)和不同观察值(行)所组成的二维数据结构,每一列存储的数据类型必须相同,不同数据列的数据类型可以相同,也可以不同,但是每列的行数(长度)必须相同。其实R数据框就是标准的Excel表格数据,对,你可以这样理解……数据框是R语言进行数据处理和分析常用的数据结构类型,这也为什么R的内置数据集有占46%的是数据框。通常用R基础函数...原创 2019-12-22 16:26:59 · 4941 阅读 · 0 评论 -
R语言对文件和文件夹(目录)操作的方法积累一
R语言的强项是对数据的处理分析及可视化,很多人并不认为R是一门编程语言,但是它的确可以处理很多事情,而且简单易学易用易上手。别再傻傻的用Excel表格进行表格文件操作了,快点学习些编程知识,用程序去处理文件等等各种事情吧,这样可以延年益寿哦!R语言中已经开发出来很多功能丰富的函数和工具包,一般可以解决大部分问题,如果现成的工具解决不了你的问题的话,建议自己构建工具!内容目录:#####...原创 2019-07-15 01:00:50 · 3124 阅读 · 0 评论