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python
张筱竼
吾生也有涯,而知也无涯
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卷积网络可视化
https://www.ctolib.com/topics-130872.htmlhttps://blog.csdn.net/MrR1ght/article/details/92799591https://www.jb51.net/article/179111.htmhttps://www.jb51.net/article/179111.htmhttps://www.pyimagesearch.com/2020/03/09/grad-cam-visualize-class-activatio原创 2020-05-10 23:13:31 · 237 阅读 · 0 评论 -
SimpleITK 医学图像归一化
import SimpleITK as sitk#将图像的灰度值归一化到0-255image = sitk.ReadImage('./***.nii.gz')resacleFilter = sitk.RescaleIntensityImageFilter()resacleFilter.SetOutputMaximum(255)resacleFilter.SetOutputMinimu...原创 2019-12-13 11:28:37 · 3704 阅读 · 3 评论 -
MRI图像偏置场矫正(bias field correction)
MR scans often display intensity non-uniformities due to variations in the magnetic field. So, one part of an image might appear lighter or darker when visualized, solely because of variations in the ...原创 2019-03-04 11:25:32 · 11760 阅读 · 5 评论 -
安装keras-contrib库(详细过程)
1. 从https://git-scm.com/downloads下载最新版git. 然后采用默认设置一路next进行安装。2. 找到git的安装路径,并将该路径添加到系统的环境变量。3. 打开命令行窗口,输入pip install git+https://www.github.com/keras-team/keras-contrib.git...原创 2019-10-28 23:39:47 · 12429 阅读 · 5 评论 -
将numpy array保存为nii格式的图像
import nibabel as nib import numpy as np new_image = nib.Nifti1Image(my_arr, np.eye(4)) new_image.set_data_dtype(np.my_dtype) nib.save(new_image, 'my_arr.nii.gz')原创 2019-10-28 15:36:05 · 5685 阅读 · 5 评论 -
GAN完整理论推导与实现
转自:https://www.jiqizhixin.com/articles/2017-10-1-1本文是机器之心第二个 GitHub 实现项目,上一个 GitHub 实现项目为从头开始构建卷积神经网络。在本文中,我们将从原论文出发,借助 Goodfellow 在 NIPS 2016 的演讲和台大李宏毅的解释,而完成原 GAN 的推导与证明。本文主要分四部分,第一部分是描述 GAN 的直观概...转载 2019-10-25 22:38:26 · 555 阅读 · 0 评论 -
ubuntu 安装imutils模块踩过的坑
imutils模块就不具体介绍了,既然安装了就说明需要用到这个模块,并且有一定的了解,这里主要说下在ubuntu下安装该模块遇到的问题及解决方案。下图为安装时报的错误; 尝试了很多办法,无果 。最后发现是setuptools版本太旧的问题,找到了问题解决起来就很方便了。1.pip install --upgrade setuptools2.pip3 insta...原创 2019-05-22 11:11:25 · 7130 阅读 · 1 评论 -
在ubuntu系统中,python依赖存放的路径
/usr/local/lib/python3.5/dist-packages原创 2019-05-22 10:28:17 · 2857 阅读 · 0 评论 -
pydicom手册
https://pydicom.github.io/pydicom/stable/pydicom_user_guide.html原创 2019-04-10 15:39:59 · 808 阅读 · 0 评论 -
使用SimpleITK读取和保存NIfTI文件
## using simpleITK to load and save data.import SimpleITK as sitkitk_img = sitk.ReadImage('./***.nii.gz')img = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)print("img shape:",img.shape)## save out = sitk.Ge...原创 2019-03-07 12:09:57 · 3098 阅读 · 3 评论 -
常见医疗扫描图像处理步骤
一 数据格式1.1 dicomDICOM是医学图像中标准文件,这些文件包含了诸多的元数据信息(比如像素尺寸,每个维度的一像素代表真实世界里的长度)。此处以kaggle Data Science Bowl数据集为例。data-science-bowl-2017。数据列表如下:后缀为.dcm。每个病人的一次扫描CT(scan)可能有几十到一百多个dcm数据文件(slices...转载 2019-03-06 12:29:50 · 1628 阅读 · 0 评论 -
python计算两个数组的相关系数
目的:计算两个数组的相关系数函数:scipy库中的pearsonr实例:>>> import scipy.stats as stats>>> a = [1.3, 2, 5.4, 2.1]>>> b = [3.2, 1.4, 6.2, 4.5]>>> stats.pearsonr(a, b)(0.76768...原创 2018-11-21 09:19:56 · 17628 阅读 · 1 评论 -
os.path 模块的常用方法
os.path 中的常用方法:1.os.path.abspath(path) 返回path规范化的绝对路径。 >>> os.path.abspath('test.csv') 'C:\\Python35\\test.csv' >>> os.path.abspath('c:\\test.csv') 'c:\\test.csv' >&...原创 2018-11-18 13:44:52 · 194 阅读 · 0 评论 -
Opencv + Python 图像标注矩形框
import cv2fname = 'D:\**\**\***.jpg''img = cv2.imread(fname)# 画矩形框pt1 = (257,200)pt2 = (291,222)cv2.rectangle(img, pt1, pt2, (255,0,0), 2)cv2.imwrite('***.jpg', img)注:1. pt1, pt2 分别为矩形框左上...原创 2018-12-20 21:40:07 · 2473 阅读 · 0 评论 -
批量修改文件夹JPEGImages中图片的名字 为voc2007数据集要求的格式
#-*-coding:utf-8-*-import os path_0 = "./**"i=1for item in os.listdir(path_0): old_name = os.path.join(path_0,item) new_name = os.path.join(path_0,(str(i).zfill(6)+'.jpg')) os.rena...原创 2018-12-26 12:40:33 · 1994 阅读 · 1 评论 -
pypi 清华源镜像使用方法
pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple some-package注:some-package是要安装的工具包的名字。临时使用: 可以在使用pip的时候在后面加上-i参数,指定pip源 eg: pip install scrapy -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/sim...原创 2019-03-01 11:01:49 · 6602 阅读 · 0 评论 -
python读写.nii格式图像
import nibabel as nibimg1 = nib.load('my_file.nii')img2 = nib.load('other_file.nii.gz')img3 = nib.load('spm_file.img')data = img1.get_data()affine = img1.affineprint(img1)nib.save(img1, 'm...原创 2019-03-01 17:22:31 · 9841 阅读 · 0 评论 -
python nii图像扩充
import osimport nibabel as nibimport numpy as npimport math src_us_folder = 'F:/src/ori'src_seg_folder = 'G:/src/seg' aug_us_folder = 'G:/aug/ori'aug_seg_folder = 'G:/aug/seg' img_n= 10...原创 2019-03-01 17:27:36 · 1691 阅读 · 0 评论 -
nii格式图像存为npy格式
import nibabel as nibimport osimport numpy as npimg_path = '/home/lei/train/img/'seg_path = '/home/lei/train/seg/'saveimg_path = '/home/lei/train/npy_img/'saveseg_path = '/home/lei/train/npy_s...原创 2019-03-01 17:30:30 · 4984 阅读 · 0 评论 -
[WinError 10061] 由于目标计算机积极拒绝,无法连接。剑走偏锋的解决办法!
如果你曾经遇到过这种问题,而且尝试遍了能Google到的所有解决办法,仍然不能解决问题。那么,真相只剩下一个,是网速拖了后腿。断开连接,连接一个网速好的网络,就可以喽。这一个小错误让我折腾了好一会儿,最后发现竟然是网速!网速!网速!...原创 2018-11-20 14:48:10 · 23196 阅读 · 13 评论