[10]simpleITK读取dcm格式维度变化

Johnnay_Song

于 2021-08-13 20:15:50 发布

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分类专栏：医学图像处理

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本文介绍了如何使用SimpleITK库读取Dcm格式图像，原始数据存储为xyz形式，通过GetArrayFromImage方法转换后变为zyx。详细展示了获取图像大小和数组形状的操作，并解释了轴向变化的原因。

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simpleitk在读取dcm格式时存储是xyz形式的，转换为数组后则为zyx.

Simpleitk中图像形式：

使用GetSize()的输出为：(Width, Height, Depth)，也即原始SimpleITK数据的存储形式

转换为数组的形式：

使用GetArrayFromImage()方法后，X轴与Z轴发生了对调，输出形状为：(Depth, Height, Width)

Width: 宽度，X轴，矢状面（Sagittal）
Height: 高度，Y轴，冠状面（Coronal）
Depth: 深度， Z轴，横断面（Axial）

代码

import SimpleITK as sitk
path="F:\\mediacldata\\dcmimage\\series-000001"
reader = sitk.ImageSeriesReader()
dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(path)
reader.SetFileNames(dicom_names)
image = reader.Execute()
size = image.GetSize()
print(size)
dcm_numpy=sitk.GetArrayFromImage(image)
print(dcm_numpy.shape)

结果展示：