【6】SimpleITK 与imageJ的联合使用

SimpleITK需要一个外部图像查看器来显示图像（ImageJ，3DSlicer，ITK-Snap等）

此处以ImageJ为例

【1】背景

SimpleITK 用于完成医学图像处理，imageJ显示图像处理的结果。

【2】安装

SimpleITK 直接在python中安装，imageJ则是一个第三方的软件，需要安装好设置环境变量。

【3】下载imageJ以及相关资源

参考stack overflow别人给的意见https://stackoverflow.com/questions/43215774/can-not-linksimpleitkshow-with-fiji

ImageJ安装

1. 前往https://imagej.nih.gov/ij/download.html
2. 确保下载bundled with 64-bit Java 1.8.0_112版本

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ImageJ设置

1. 前往https://imagej.nih.gov/ij/plugins/nifti.html
2. 下载 nifti_io.jar
3. 去 C:\blah\blah\ImageJ\plugins\Input-Output（imagej的安装路径）
4. nifti_io.jar从文件夹中删除现有文件
5. 将下载的nifti_io.jar文件复制到文件夹中
6. 重新启动ImageJ并检查是否File -> Import -> NIfTI-Analyze存在
7. 如果存在，则表明插件已成功安装

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SimpleITK设置

1. 查找ImageJ.exe文件所在的路径
2. 打开 cmd
3. 输入 setx SITK_SHOW_COMMAND "C:\blah\blah\ImageJ\ImageJ.exe"（imagej的应用程序路径）
4. 你应该得到消息 SUCCESS: Specified value was saved

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检查是否一切正常

1. 重新启动您的文本编辑器或IDE（如果已打开）
2. 运行你的代码

过程展示

 

 

【4】结果展示

【5】其他三维软件的配置流程应该类似