R与matlab入门教程以及其在生物方面研究应用---浅谈

R与matlab入门教程以及其在生物方面研究应用—浅谈

0. 说明。

• 本文主要作为组内新生培训使用的基础教程
• 文中内容都为个人看法总结，真实性和适应性请自行抉择
• 转载或疑问都可私聊或注明出处。1602480875@qq.com

1. 什么类型软件/网站值得我们掌握？

• 科学/工程研究过程中我们经常需要用到许多的工具来辅助我们认识了解我们的研究对象并从中挖掘出有价值的规则。
• 我们首先需要根据自己的研究方向的文献或问题整理需要解决的关键问题。总结可能需要的现成软件表。
  例如：研究方向为代谢工程/合成生物学 那么你就需要考虑寻找
  1）辅助代谢通路设计的网站 （后续更新）
  2）代谢通路过程中关键酶动力汇总数据库
  3）转录调控功能预测软件
  4）基因线路调控分析软件
  5）蛋白与促进溶标签结合效率的预测网站
  6）底盘细胞选择分析软件
  7）代谢组学统计分析软件
  8）全基因组代谢规模构建软件
  9）分子序列比对软件
  例如：研究方向为传统酿造 那么你就需要考虑寻找
  1）统计分析软件
  2）组学分析软件
  3）星座与运势预测网站
  4) 心理健康辅导网站
• 面对 如此多的软件如何选择学习的内容和应用？我自己总结下来主要是三个字
  学 。。。。整。。。。 活

学 ：向文献学习借鉴
首先你需要整理出文献中最常用的软件列表和最新的版本。关键在于需要分析这个软件是否还被其他人认可或是任然处于更新状态。一个持续更新的工具意味着更少的问题更多的可用性和价值。关键：1. 普遍认可 2.持续更新 3.获取容易

整：整合多工具箱
软件工具较为多样有些软件相互独立或者不兼容。因此核心需要注意的就是在一个主要的研究平台上整合不同工具的使用。
（见博客内其他文章）关键：1. 扩展性较强的平台 2. 简单入手且开源的平台
例如：pymol和酶动力学预测，都可以在python环境中整合起来使用，提高效率。

活：灵活使用
没有一个软件是完全能够匹配解决研究的内容，通常需要灵活掌握不同软件的之间的协作。比如：用MD跑完的轨迹文件，可以通过python中的文本处理提取出相关性矩阵进行动力学二次分析，再利用绘图软件的接口实现批量制图（）。

2. 为什么需要掌握这些软件工具？

• 当要解决的问题或者研究用简单工具不能满足要求时候，需要深入构建模型时。掌握一个通用的软件是必备可少的。
• 软件的作用在于更好的辅助于实验数据的计算与深层次挖掘信息。对于简单但繁琐的内容也适合于采用软件搞定。
• 不适合考虑软件的情况：1. 相关软件的可解释性不足 2. 实验数据的复杂度较大且数量不多 3. 学习成本过高，计算资源需求较大

3. 教程推荐与网站

3.1 R 慕课网 入门

3.2 需要掌握的内容（进化与酿造组）：

1） 包的下载
2）包的导入
3）调用相关函数，赋值语句
4）简单的函数定义
5）文本的导入与保存
6）数据的可视化

3.3 python 入门

3.4 需要掌握的内容（酶组重点）：

1）包的下载、建立代码仓库
2）包的导入
3）调用相关函数，赋值语句
4）简单的函数定义
5）文本的导入与保存
6）数据的可视化
7）熟练掌握常用计算包与框架

4 关于R入门

4.1 教程ppt

与董说

董：做人要诚心正义
尚：那我这真是  沉形震椅 真沉