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系统生物学
文章平均质量分 82
热力学负一定理
感兴趣代谢进化、系统生物学、深度学习、数字图像处理。致力将生物与多学科交叉应用。
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代谢网络模型学习笔记(序章)
本系列内容都是个人/朋友根据自身认识水平整理汇总而来,仅仅作为学术交流讨论使用不具有任何直接的指导或参考意义。且目前暂且不涉及具体的建模过程和建模方法。原创 2024-04-25 00:23:25 · 794 阅读 · 0 评论 -
基于MetaNetX网站的在线代谢敲除模拟与自动建模
本系列内容说明: 本系列是针对生物研究中的模型种类进行分析介绍,作为**微生物群落相互建模系列的组成一部分。分阶段的介绍代谢网络模型从入门的环境的搭建,到指导湿实验过程全流程分享。探讨基于生物模型对群落中相互作用方式进行,探究挖掘不同生物间的进化关系。系列的目录文章地址:https://blog.csdn.net/qq_33980829/article/details/1189584631)名字需要替换成特定规则,针对于构建酶约束代谢网络模型是关键。2)上下限范围需要调整,根据实验结果修改...原创 2022-07-09 22:10:28 · 734 阅读 · 0 评论 -
steadycom-基于群落代谢网络建模-代码详解
本系列内容说明: 本系列是针对生物研究中的模型种类进行分析介绍,作为**微生物群落相互建模系列的组成一部分。分阶段的介绍代谢网络模型从入门的环境的搭建,到指导湿实验过程全流程分享。探讨基于生物模型对群落中相互作用方式进行,探究挖掘不同生物间的进化关系。系列的目录文章地址:https://blog.csdn.net/qq_33980829/article/details/118958463...原创 2022-07-09 21:49:46 · 927 阅读 · 0 评论 -
CellModeller模拟细胞空间中生长的相互作用-----个体模型学习 笔记
CellModeller是由HaseloffLab实验室开发的一款仿真模拟空间中细胞相互作用与群落生成的软件,该软件基于python开发,可以在linux合win两个平台进行运行。可以作物个体模型建模的基础软件。原创 2021-12-06 13:25:16 · 1759 阅读 · 10 评论 -
文献--Bacterial coexistence driven by motility and spatial competition-模型代码
Bacterial coexistence driven by motility and spatial competition-模型代码一、说明本文主要对文献《Bacterial coexistence driven by motility and spatial competition》使用的代码模型进行注释分享。- [1] Gude S , Pine E , Taute K M , et al. Bacterial coexistence driven by motility and sp原创 2021-10-03 19:23:38 · 245 阅读 · 0 评论 -
pymol中编写和运行python脚本
pymol中编写和运行python脚本0.说明简单介绍pymol中调用python脚本,后续把详细的图片更新。(2021年9月13日)后续相关更新会直接粘贴到文件中。1. 编写功能批量读取本地夹中pdb文件并去除蛋白质中的水。将批量去水后的pdb文件保存到本地。2. 代码# 导入pymolimport pymolfrom pymol import *import osdef file_name(file_dir): L = [] for root, dirs,原创 2021-09-13 14:31:13 · 4884 阅读 · 1 评论 -
基因组代谢网络(GEMS)与全基因组模型从入门到实践系列-----(2)文献案例详细讲解
0 前言说明 本系列内容说明: 本系列是针对生物研究中的模型种类进行分析介绍,作为**微生物群落相互建模系列的组成一部分。分阶段的介绍代谢网络模型从入门的环境的搭建,到指导实际实验过程全流程分享。探讨基于现有生物模型对群落中的相互作用方式进行探究挖掘不同微生物间的进化**关系。系列的目录文章地址:https://blog.csdn.net/qq_33980829/article/details/118958463系列目的: 前期学习中网上缺少相关文章、文献、资料对生物模型的应用从基础到实践的进行总结。原创 2021-07-27 17:19:09 · 3048 阅读 · 6 评论