在ubuntu 18上进行NPB和mpiP的整合

1 NPB介绍和安装

NPB介绍和安装详见本人的另外一篇博客，NPB（NAS Parallel Benchmarks）使用、安装和配置。

本文使用的NPB版本是NPB-3.3。

2 mpiP介绍和安装

2.1 mpiP介绍

mpiP是一个用于MPI应用程序的轻量级、伸缩性良好的MPI profiling库。由于mpiP只收集关于MPI函数的统计信息，因此与跟踪工具相比，它生成的开销和数据要少得多。mpiP捕获的所有信息都是任务本地的。它只在报告生成期间(通常在实验结束时)使用通信来将所有任务的结果合并到一个输出文件中。

可以从http://sourceforge.net/projects/mpip下载mpiP的当前版本。本文使用的mpiP版本是3.1.2。

2.2 mpiP安装

mpiP配置安装命令如下

cd mpiP-3.1.2
sudo ./configure
sudo make

3 NPB和mpiP整合

使用mpiP非常简单。因为它通过MPI分析层收集MPI信息，所以mpiP是一个链接时库。也就是说，不必重新编译应用程序来使用mpiP。将NPB和mpiP进行整合，需要将mpiP的链接库链接到NPB的配置文件中。所以在NPB的配置文件中修改FMPI_LIB和CMPI_LIB的内容：

cd NPB3.3-MPI
cd config
vim make.def

链接的格式为：

-L${mpiP_root}/lib -lmpiP -lm -lbfd -liberty -lunwind

其中${mpiP_root}就是mpiP所在地址相对于 NPB3.3-MPI的相对路径。

在我的系统具体的修改内容如下：

39行：FMPI_LIB ＝ -L../../../mpiP-3.1.2/ -lmpiP -lbfd -liberty -lm -lunwind
87行：CMPI_LIB = -L../../../mpiP-3.1.2/ -lmpiP -lbfd -liberty -lm -lunwind

4 验证NPB和mpiP的整合结果

cd NPB-3.3/NPB-3.3-MPI
make ft NPROCS=4 CLASS=A
运行结果如下：
   =========================================
   =      NAS Parallel Benchmarks 3.3      =
   =      MPI/F77/C                        =
   =========================================

cd FT; make NPROCS=4 CLASS=A
make[1]: Entering directory '/home/dadan/Downloads/NPB3.3/NPB3.3-MPI/FT'
make[2]: Entering directory '/home/dadan/Downloads/NPB3.3/NPB3.3-MPI/sys'
cc -g  -o setparams setparams.c
make[2]: Leaving directory '/home/dadan/Downloads/NPB3.3/NPB3.3-MPI/sys'
../sys/setparams ft 4 A 
make.def modified. Rebuilding npbparams.h just in case
rm -f npbparams.h
../sys/setparams ft 4 A 
mpif77 -c -I/usr/local/mpich/include -O ft.f
mpif77 -O -o ../bin/ft.A.4 ft.o ../common/randi8.o ../common/print_results.o ../common/timers.o -L../../../mpiP-3.1.2/ -lmpiP -lbfd -liberty -lm -lunwind
make[1]: Leaving directory '/home/dadan/Downloads/NPB3.3/NPB3.3-MPI/FT'

mpirun -np 4 bin/ft.A.4
运行结果为：
mpiP: 
mpiP: 
mpiP: mpiP V3.1.2 (Build Jan  8 2020/10:22:40)
mpiP: Direct questions and errors to mpip-help@lists.sourceforge.net
mpiP: 


 NAS Parallel Benchmarks 3.3 -- FT Benchmark

 No input file inputft.data. Using compiled defaults
 Size                :  256x 256x 128
 Iterations          :              6
 Number of processes :              4
 Processor array     :         1x   4
 Layout type         :             1D
 T =    1     Checksum =    5.046735008193D+02    5.114047905510D+02
 T =    2     Checksum =    5.059412319734D+02    5.098809666433D+02
 T =    3     Checksum =    5.069376896287D+02    5.098144042213D+02
 T =    4     Checksum =    5.077892868474D+02    5.101336130759D+02
 T =    5     Checksum =    5.085233095391D+02    5.104914655194D+02
 T =    6     Checksum =    5.091487099959D+02    5.107917842803D+02
 Result verification successful
 class = A


 FT Benchmark Completed.
 Class           =                        A
 Size            =            256x 256x 128
 Iterations      =                        6
 Time in seconds =                     1.08
 Total processes =                        4
 Compiled procs  =                        4
 Mop/s total     =                  6605.74
 Mop/s/process   =                  1651.44
 Operation type  =           floating point
 Verification    =               SUCCESSFUL
 Version         =                      3.3
 Compile date    =              08 Jan 2020

 Compile options:
    MPIF77       = mpif77
    FLINK        = $(MPIF77)
    FMPI_LIB     = -L../../../mpiP-3.1.2/ -lmpiP -lbfd -libert...
    FMPI_INC     = -I/usr/local/mpich/include
    FFLAGS       = -O
    FLINKFLAGS   = -O
    RAND         = randi8


 Please send the results of this run to:

 NPB Development Team 
 Internet: npb@nas.nasa.gov
 
 If email is not available, send this to:

 MS T27A-1
 NASA Ames Research Center
 Moffett Field, CA  94035-1000

 Fax: 650-604-3957


mpiP: 
mpiP: Storing mpiP output in [./ft.A.4.4.18246.1.mpiP].
mpiP: 

检测在NPB3.3目录下生成的ft.A.4.4.18246.1.mpiP文件