HeuDiConv用法

最新推荐文章于 2024-11-13 17:26:18 发布
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HeuDiConv用法
(其他的都不重要，只要记住这个网站就行了
http://reproducibility.stanford.edu/bids-tutorial-series-part-2a/）
从Dicom转换为Nii文件，而且数据文件以BIDS格式组织。
在这里插入图片描述
1.首先弄到扫描信息文件，这在后续转换需要用到
heudiconv -d /dicom_data/SUB_{subject}/* -o /output/ -f convertall -s sub_ID -c none --overwrite
结果文件会保存在/output/.heudiconv/sub_ID/info的文件夹里，扫描信息文件名为dicominfo.tsv
2.正式转换
heudiconv -d /dicom_data/SUB_{subject}/* -o/output/ -f /scripts/dicom_heuristic.py -s sub_ID -c dcm2niix -b --overwrite

37.7834
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如何用手机打开dcm格式图片_实现原始Dicom自动转换BIDS格式 ——Heudiconv
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基于Docker使用HeuDiConv整理MRI数据（BIDS）
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基于Docker使用HeuDiConv整理MRI数据（BIDS） 基于Docker使用HeuDiConv整理MRI数据（BIDS） 1.在Win10pro安装Docker，参考Docker在Win10中的安装及相关配置 2.组织好待整理的数据： -project -Dicom -sub-01 -T1 -Func -sub-02 -... 2.打开Linux终端：打开Windows Powershell，输入bash运行 3.获取HeuDiConv镜像：docker pull ni
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上一篇我们完成了对原始DICOM的数据整理，将其整理为了BIDS目录结构。作为从从DICOM到NIFTI的最后一篇，当然是介绍如何批量将DICOM格式转NIFTI格式啦！从DICOM到NIFTI系列就完成啦！撒花★,°.°★。从核磁机器把数据拷回来——到整理成BIDS格式——到批量转格式；我们fMRI数据处理的第一步就算是正式迈出去啦！接下来的内容，敬请期待吧~
[记录]ModuleNotFoundError: No module named ***
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背景：用pypy运行***.py文件时，***.py引用了一与其在同一个文件夹中的文件，但是报错（用python运行时并没有报错），如下图： 解决方法：文件所处路径不能包含中文。（应该是包含了不合法符号导致的） ...
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05-22 6169
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fMRIPrep是融合了FSL, AFNI, freesurfer，ants的pipeline。DPABISurf就是调用了fMRIPrep的workflow，基本可以这么说，DPABISurf的预处理都是fMRIPrep工作的。 fMRIPrep的安装，可以看官网，https://fmriprep.org/en/stable/index.html 也可以看看下面博主写的内容： https://zhuanlan.zhihu.com/p/148115966 作者：QKmeans fMRIPrep的好处在于
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然后，BIDScoin依靠复杂或模棱两可的程序逻辑来识别成像模态，而是使用映射方法来识别原始源数据并将其转换为BIDS数据。通过从MRI头文件（DICOM或PAR / REC；例如ProtocolName ）中读取信息来识别源数据的不同运行，...
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