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原创 GROMACS删除磷脂膜内的水

在 GROMACS 中向磷脂膜体系中添加水分子后,可能需要删除膜中间的水分子以避免不合理的体系构建。(这表示除了水分子组以外的所有组)来输出到新的文件。在交互式提示符下,选择。

2024-03-14 22:40:02 346

原创 gromacs 域分解问题 There is no domain decomposition for 1 ranks that is compatible with thegiven box and

请注意,调整域分解的选项可能会对模拟的性能和计算结果产生影响,因此在进行更改之前,请确保充分测试和验证模拟系统。)用于设置域分解的大小。域分解的大小决定了每个域中包含的模拟系统的大小。较大的域分解大小可以提高并行计算的效率,但可能会增加内存的使用量。在遇到的错误消息中,建议更改域分解的选项或更改计算资源的数量(例如,更改使用的处理器核心数),以解决域分解不兼容的问题。例如,使用较小的值可以提高域分解的精度,但可能会增加计算开销。选项允许您调整域分解的参数,以便在给定的模拟系统和计算资源下获得更好的性能。

2023-05-15 15:54:40 729

原创 PBS集群/share挂载问题

自用

2022-10-26 14:31:06 466 1

原创 LBM学习记录5 Python实现IB二维圆柱绕流 1.0

浸润边界(IB)下二维圆柱绕流,bug1.0版######### def ######################### def ################# def ########LBM

2022-06-09 09:38:04 976 2

原创 LBM学习记录4 Python实现D3Q19圆柱绕流

基于上篇D2Q9实现D3Q19。

2022-05-06 17:28:53 2217 1

原创 LBM学习记录3 Python实现D2Q9圆柱绕流

在https://blog.csdn.net/weixin_58913471/article/details/117561995?spm=1001.2101.3001.6650.1&utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7ECTRLIST%7Edefault-1.no_search_link&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%

2022-04-29 22:18:27 1719 1

原创 PBS集群上手管理手册

Linux常用指令文件与目录操作cd /home   进入 ‘/home’ 目录cd ..   返回上一级目录cd ../..   返回上两级目录cp file1 file2   将file1复制为file2cp -r dir1 dir2   复制一个文件夹cp -r /tmp/dir1 .   复制一个目录到当前工作目录(.代表当前目录)ls   查看目录中的文件ls -a   显示隐藏文件ls -l   显示详细信息pwd   显示工作路径mkdir dir1.

2022-04-29 14:09:59 3159

原创 LBM学习记录2 Lattice Gas Models

LBM学习记录2 Lattice Gas Models

2022-04-26 19:41:58 354

原创 LBM学习记录1 Introduction

Lattice Boltzmann Modeling An Introduction for Geoscientists and Engineers学习记录

2022-04-25 20:32:36 966

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