gromacs 域分解问题 There is no domain decomposition for 1 ranks that is compatible with thegiven box and

遇到以下问题,调-ntmpi -ntomp整了一圈,没有解决,研究一下-rdd -dds
在这里插入图片描述
-rdd选项(或-rdd <value>)用于设置域分解的精度。域分解是将模拟系统划分为多个域以进行并行计算的过程。-rdd选项允许您调整域分解的参数,以便在给定的模拟系统和计算资源下获得更好的性能。默认情况下,-rdd的值为1.0,表示使用默认的域分解精度。通过增加或减小-rdd的值,可以调整域分解的细致程度。例如,使用较小的值可以提高域分解的精度,但可能会增加计算开销。

-dds选项(或-dds <value>)用于设置域分解的大小。域分解的大小决定了每个域中包含的模拟系统的大小。较大的域分解大小可以提高并行计算的效率,但可能会增加内存的使用量。-dds的默认值为0,表示自动选择域分解的大小。可以通过设置较大或较小的值来手动调整域分解的大小。

在遇到的错误消息中,建议更改域分解的选项或更改计算资源的数量(例如,更改使用的处理器核心数),以解决域分解不兼容的问题。可以尝试使用不同的-rdd值或使用-dds选项来手动设置域分解的参数。此外,错误消息还建议查看日志文件以获取更多关于域分解问题的详细信息。检查日志文件可能会提供有关域分解失败原因的更多信息,以帮助找到解决方案。

请注意,调整域分解的选项可能会对模拟的性能和计算结果产生影响,因此在进行更改之前,请确保充分测试和验证模拟系统。如果问题仍然存在,可能需要进一步检查的输入文件、模拟参数和计算资源的设置,以确定其他潜在的问题来源。

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