GROMACS删除磷脂膜内的水

在 GROMACS 中向磷脂膜体系中添加水分子后，可能需要删除膜中间的水分子以避免不合理的体系构建。以下是一个常用的方法来实现这个目标：

1. 生成水分子的索引文件：使用 gmx make_ndx 命令生成一个索引文件，其中包含水分子的索引。这通常是在运行 gmx solvate 命令后进行的。命令如下：

gmx make_ndx -f your_system.gro -o index.ndx

2. 选择膜中间的水分子：使用 gmx select 命令选择位于磷脂膜中间的水分子。你需要根据你的体系的具体情况来定义选择表达式。例如，如果磷脂膜位于 z 轴的一定范围内，你可以使用如下命令，其中，lower_bound 和 upper_bound 是你定义的膜中间区域的 z 轴坐标范围。这个命令会生成一个包含膜中间水分子索引的文件 water_in_membrane.ndx：

gmx select -s your_system.tpr -f your_system.xtc -select 'resname SOL and same residue as (within Z of (resname DMPC and name C))' -on water_in_membrane.ndx

resname SOL 表示选择所有名为 SOL 的残基，通常对应于水分子。
within Z of (resname DMPC and name C) 表示选择所有与名为 C 的 DMPC 残基内的原子在 Z 基于的距离内的原子。这里的 Z 是一个数值，表示距离的阈值（以纳米为单位）。
same residue as 是一个条件，表示选择与满足后面条件的原子在同一残基内的所有原子。
选择语句的意思是：选择所有属于水分子（SOL）的原子，且这些水分子的任何原子与 DMPC 残基中名为 C 的原子的距离小于 Z 纳米。

3. 删除膜中间的水分子：使用 gmx trjconv 命令结合索引文件来删除选定的水分子。命令如下：

gmx trjconv -s your_system.tpr -f your_system.gro -n water_in_membrane.ndx -o your_system_solvated.gro

在交互式提示符下，选择 !水分子组（这表示除了水分子组以外的所有组）来输出到新的文件 your_system_solvated.gro。