Python中3D+Temporal 可视化

接我的第一篇博客，python中需要安装Mayavi和Moviepy两个第三方库。其中Mayavi，直接用pip 首先安装VTK、traits和PyQt，我是用的是PyQt5.python下安装东西，实在没太多技术含量，在以后的博客里，只会对那些较为难的问题会做详细记录，简单问题会整合在同一篇文章中。

Mayaci官网链接: http://docs.enthought.com/mayavi/mayavi/
Moviepy官网链接: http://zulko.github.io/moviepy/

利用Mayavi动画修饰器——Animat

不同于我第一篇博客中，使用体绘制的方法，这里使用到的是面绘制的方法，作为代码示例。废话不多说直接上代码。

vol = volumes_data[:, :, :, 0]           # 我自己的4D数据，请自己设置
# 面绘制的函数，详细解释在后面
volume_1_scene = mlab.contour3d(vol, contours = 10, opacity=0.8, colormap='jet',color = (0,1,0), figure = fig2)
volume_2_scene = mlab.contour3d(vol, contours = 10, opacity=0.8, colormap='jet',color = (1,0,0), figure = fig2)


# 使用Mayavi的自带的动画显示效果                             
@mlab.animate(delay=500)
def anim():
    f = mlab.gcf()
    for scene_cnt in range(0, samples-1):
        print('Updating scene...  the number is ', scene_cnt)
        vol_former = volumes_data[:,:,:,scene_cnt]
        vol_latter = volumes_data[:,:,:,scene_cnt]+1
        volume_1_scene.mlab_source.set(scalars = vol_former)
        volume_2_scene.mlab_source.set(scalars = np.abs(vol_latter-vol_former))      
        yield


anim()
mlab.show()

容我对上面的代码一一解释

mlab.contour3d(vol, contours = 10, opacity=0.8, colormap='jet',color = (0,1,0), figure = fig2)

其中，vol是一个三维np.array类型的数组。opacity控制的是透明度。colormap选择图像显示颜色类型，类似于用RGB还是Gray，这里是jet。color是显示这幅图像的颜色。figure选择显示的figure。除了前两个参数，其他全都是由缺省值的。

最重要的是动画修饰器。
类似于上面的代码，你需要自己定义这样一个动画修饰器。最重要的一点是，set功能，用这样一个mlab_source.set()函数，就可以在不关闭这个Scene的前提下，更新显示的值，scalars代表的是标量属性。另外当，更新的数组的size改变时，需要使用resize替代set。

还有很重要的一点是，Mayavi是默认hold on功能的。 当不使用新的figure或者scene时，Mayavi会把所有要显示的东西显示在同一个场景中的。

利用Mayavi和Moviepy动态显示，并生成gif

代码如下：

import moviepy.editor as mpy
duration = 19         # duration of the animation in seconds (it will loop)

# MAKE A FIGURE WITH MAYAVI

vol = mlab.contour3d(volumes_data[:,:,:,0], contours = 10, opacity=0.8, colormap='jet', figure = fig3)

def make_frame(t):
    x = volumes_data[:, :, :, int(t * 100/5/2)]
    vol.mlab_source.set(scalars=x)
    print(int(t * 100 /5/2))
    return mlab.screenshot(antialiased=True)


animation = mpy.VideoClip(make_frame, duration=duration).resize(0.5)  # 一定要resize，否则会出错
animation.write_gif("4Dfmri.gif",fps=10)  # 需要通过控制duration和fps的大小来，操控显示

这个问题其实没有全部解决。-_-||
首先，我遇到个很神奇的问题，使用Mayavi的screenshot函数，会触发一个很神奇的问题。这个问题的解决十分暴力，打开报错的figure.py文件把报错的位置注释掉。(注释掉会有什么问题，我也不清楚，后续还会去看下)

ValueError: cannot reshape array of size 12 into shape (0,0,3)

解释下，以上的代码，首先需要设置这个获取帧的函数，即make_frame这个函数。这个t在每次循环中，都会增长0.05，其实这里是以秒为单位的，因为moviepy中默认以real-time进行显示。提示下，t的类型是float64.

resize(0.5),其实改变的是每一帧的分辨率，理论上不去设置，不会改变每帧的分辨率。但在具体的实验过程中，不加reszie会报错，具体原因还在排查。

另外，还有问题。在最后一行代码中，Moviepy官网和stack overflow上都说，这个函数会把生成的gif，保存到Python的默认环境下，但我找遍了整个银盘都未找到，这个问题急需解决。