华为OJ——DNA序列

题目描述

　　一个DNA序列由A/C/G/T四个字母的排列组合组成。G和C的比例（定义为GC-Ratio）是序列中G和C两个字母的总的出现次数除以总的字母数目（也就是序列长度）。在基因工程中，这个比例非常重要。因为高的GC-Ratio可能是基因的起始点。
　　给定一个很长的DNA序列，以及要求的最小子序列长度，研究人员经常会需要在其中找出GC-Ratio最高的子序列。

• 输入描述:

  输入一个string型基因序列，和int型子串的长度

• 输出描述:

  找出GC比例最高的子串,如果有多个输出第一个的子串

• 示例1

  输入

  　　AACTGTGCACGACCTGA
  　　5
  输出

  　　GCACG

实现代码

package cn.c_shuang.demo60;

import java.util.Scanner;

/**
 * DNA序列
 * @author Cshuang
 * 题意：找出固定长度中GC比例最高的子串
 */
public class Main {

    public static void main(String[] args) {
        Scanner in = new Scanner(System.in);
        while (in.hasNextLine()){
            String s = in.nextLine();
            int subLen=in.nextInt();
            int max = 0;
            int begin = 0;
            for (int i = 0; i <= s.length()-subLen; i++){
                int count = 0;
                for (int j = i; j < i + subLen; j++){
                    if (s.charAt(j) =='G'||s.charAt(j) =='C'){
                        count++;
                    }
                }
                if (count > max){
                    max = count;
                    begin = i;
                }
            }
            System.out.println(s.substring(begin, begin+subLen));
        }
        in.close();
    }
}