DNA序列（找G:C比例最大的子序列）

题目描述：

一个DNA序列由A/C/G/T四个字母的排列组合组成。G和C的比例（定义为GC-Ratio）是序列中G和C两个字母的总的出现次数除以总的字母数目（也就是序列长度）。在基因工程中，这个比例非常重要。因为高的GC-Ratio可能是基因的起始点。

给定一个很长的DNA序列，以及要求的最小子序列长度，研究人员经常会需要在其中找出GC-Ratio最高的子序列。

输入描述：

输入一个string型基因序列，和int型子串的长度。

输出描述：

找出GC比例最高的子串，如果有多个输出第一个的子串。

示例：输入AACTGTGCGACCTGA 5，输出GCACG

思路：

由题可知，A+C+G+T=n。因此，求G:C最高，即求在长度为n的字符串里出现G和C次数最多的子串。从输入字符串下标为0的位置开始，依次遍历n个字符，记录出现C或G的次数，如果高于之前记录的最大值，则更新最大出现次数和最大子串开始的下标(i)。

import java.util.*;
public class Main{
    public static void main(String[] args){
        Scanner sc=new Scanner(System.in);
        String str=sc.next();
        int n=sc.nextInt();
        int max=0;
        int maxIndex=0;
        //String res="";
        for(int i=0;i<=str.length()-n;i++){
            //String sub=str.substring(i,i+n);//截取子串
            int count=0;
            for(int j=i;j<i+n;j++){
                 if(str.charAt(j)=='C'||str.charAt(j)=='G'){
                       count++;
                 }
                 if(count>max){
                      max=count;
                      maxIndex=i;
                 }
             }
       }
            System.out.println(str.substring(maxIndex,maxIndex+n));
    }
}