2021年04月_Type真是太帅了

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原创借助工具绘制完整circos图（五）重排序

本以为ok了，但是发现一个问题：三个贡献圈的宽度并不是从大到小的，因为我是直接在data1的后边直接加入了data2，两个相对有序的数据前后拼在一起就不有序了：例如黑框左边的数据越来越窄，到了黑框后突然又变宽了，这个地方就是data2的开始。所以解决方法就是对生成的row、col和all.txt进行重新从大到小的排序。思路比较简单，重排序是对同一个label的三个贡献圈进行排序，所以先用字典存储每个label的所有行，即一个字典-列表的形式，然后对某个label在字典中的映射列表进行排序。

2021-04-19 22:17:52 533

原创借助工具绘制完整circos图（四）颜色修改

图像生成好了，但是颜色不喜欢怎么办？没错可以修改，最简单的，单个xy或者otu的颜色不喜欢，直接手动在E:\circos-0.69-9\test\etc\data\colors.conf将其对应颜色变量的三原色值修改了，如果需要统一修改，例如对XY进行分组，同一个分组的颜色值相同，那手动改起来就有点费劲了，而且每个新的表都要改。于是加了几个txt：分别储存每个xy的对应分组、每个分组的颜色、每个OTU的颜色（因为OTU就十个，并且不需要分组）读取分组和分组颜色，格式分别为：1\sXY00

2021-04-19 21:51:15 1176 1

原创借助工具绘制完整circos图（三）生成图像与显示不全等问题

得到拼接后的数据后，我们使用perl本地生成图像，详情安装配置等见https://blog.csdn.net/zhu_si_tao/article/details/53504334（记得下载各种包）我们随便找一个在（一）下载的压缩包，把他解压的文件夹复制到某目录下，在这我复制到了E:\circos-0.69-9下，并重命名为test（随便起）。把刚刚存放生成拼接文件的文件夹out放入E:\circos-0.69-9\etc下，重命名为data。修改配置文件E:\circos-0.69-9\e

2021-04-19 21:25:56 848

原创借助工具绘制完整circos图（二）数据拼接

在（一）中，对每个数据（文件）的含义明确后，之后就是对每个文件的内容进行拼接。（本代码以label名的前缀为区分，要求列名开始为XY，行名可任意，只要开始不为XY即可。可根据需要自行修改，在这里为了统一描述，行名用OTU表示，但是实际并未匹配）（下文的“写入”和“放入”一般指的是list.append() ）定义读取文件函数和保存文件函数：def readfile(filepath): with open(filepath, "r") as f: data = f.r.

2021-04-19 21:01:07 583

原创借助工具绘制完整circos图（一）数据准备与数据理解

在使用circos online(http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/)绘制circos图时，由于我们的输入的行或者列超过100行时，系统会自动对数据进行截断，只取前100行100列，导致绘制的circos图像缺失了后边我们的数据，如何能绘制完整的图像呢？通过多次测试，我在这通过数据拼接的形式实现，先贴上官网的结果图以及数据拼接后的结果图：...

2021-04-19 19:52:37 4596

原创番外篇：研究生心得：研二篇（二）

春暖花开，三月……四月……年后回实验室快两个月了，同届的许多同学开始准备春招、准备实习，甚至都不管小论文了，于是我也随波逐流，投了一些大厂，诸如美团、字节等，由于没有做好对自己职位的界定，亦或者说报着试一试的心态吗，C++后台开发也报，算法岗也报，每次面试前都会根据岗位的需求和工作内容进行“动态调整”，然而事与愿违的是，当我和面试官侃侃而谈甚至有几次聊了快两个小时，自己对进二面有非常充足的信心时，一封“谢谢惠顾”的邮件不到半个小时就收到了。千篇一律的自我介绍的开头，从最开始的自信满满，到最后的应付，因为

2021-04-15 23:06:44 439 7

原创 Matlab逆滤波的空间域表示

我们都知道，在不考虑噪声的情况下，图像模糊模型为：。b表示模糊图像，f表示原始清晰图像，h表示模糊核，*表示卷积。根据空域-频域转换定理，空域的卷积等于频域的乘，空域的加减等于频域su的加减。所以，其频域表示为：,大写字母对应小写字母的频域。如果已知模糊核h和模糊图像b，怎么求得原始图像s呢，答案是逆卷积。我们可以在频域进行等价变换：，并将h的频域得逆记作Φ,即其空域为φ，可以视作复原滤波器，使得f≈b*φ。而如何得到这个复原滤波器φ呢？看似可以直...

2021-04-07 23:06:06 595