Oracle 的开源化学搜索引擎:OrChem

关系数据库中化学结构的注册、索引和搜索是化学信息学的核心领域之一。Oracle 将实现一个开源化学库，这是商业世界中事实上的数据库标准。

OrChem 是 Oracle 11G 数据库的扩展，它添加了化学结构的注册和索引以支持快速子结构和相似性搜索。化学信息学功能由化学开发工具包（Chemistry Development Kit (CDK)）。OrChem 支持相似性搜索，响应时间为数百万种化合物的数据库，具体取决于提供的相似性截止值。对于子结构搜索，OrChem 可以利用当今强大的数据库服务器上的多个处理器内核，在同样大的数据集上提供快速的响应时间。

OrChem 是在数据库内执行的 PL/SQL 和 Java 的混合体。用户通过调用 PL/SQL 和 Java 存储过程与 OrChem 交互。从 Oracle 11g 开始，有一个适用于 Oracle JVM 环境的即时 (JIT) 编译器，这使得 Java 在数据库中的运行速度比以前快得多。

OrChem 建立在化学开发工具包 (CDK) 之上，并以多种方式依赖于这个 Java 库。例如，化合物在内部表示为 CDK 分子对象，CDK 的 I/O 包用于检索化合物数据，其子图同构算法用于子结构验证。OrChem 在 CDK 之上添加了自己的 Java 层，以实现快速的数据库存储和检索。将 CDK 加载到 Oracle 中后，PL/SQL 就可以轻松使用大型化学信息学库。开发人员可以毫不费力地围绕 CDK 构建数据库功能，从而快速实现 Oracle 的化学扩展。