CMAQ5.3安装

最新推荐文章于 2024-05-08 14:49:46 发布
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分类专栏： CMAQ 文章标签： 软件安装
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版权

安装CMAQ-5.3软件

详细步骤

（一）、gcc-7.1.0

支持版本号：6.1.0 及以上

源码包位置：

/home/export/parastor/users/yinhh/gcc-install

已经安装好的版本链接位置：

/home/export/parastor/users/yinhh/local/gcc/gcc-7.1.0

安装步骤：

涉及到的源码安装包：

gmp-6.1.0.tar.gz；

mpfr-3.1.4.tar.gz；

mpc-1.1.0.tar.gz；

gcc-7.1.0.tar.gz

 

  1. 编译安装gmp-6.1.0
# 解压缩  
tar -zxvf gmp-6.1.0.tar.gz    
# 进入解压缩后的文件夹  
cd gmp-6.1.0    
# 安装路径设置  
./configure --prefix=/home/export/parastor/users/yinhh/local/gcc/gmp-6.1.0    
# 编译  
Make    
# 安装  
Make install 

 

2、添加gmp-6.1.0环境变量

# 添加环境变量  
vim ~/.bashrc  
# gmp gcc的依赖  
export GMP_HOME=/home/export/parastor/users/yinhh/local/gcc/gmp-6.1.0  
export PATH=$GMP_HOME/bin:$PATH  
export LD_LIBRARY_PATH=$GMP_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH  
export INCLUDE=$GMP_HOME/include:$INCLUDE  

 

3、环境变量生效

# 环境变量生效  
source ~/.bashrc  

 

4、编译安装mpfr

# 解压缩  
tar -zxvf mpfr-3.1.4.tar.gz  
# 进入解压缩后的文件  
cd mpfr-3.1.4  
# 设置安装路径及依赖路径  
./configure --prefix=/home/export/parastor/users/yinhh/local/gcc/mpfr-3.1.4 --with-gmp=$GMP_HOME  
# 编译  
make  
# 编译安装  
make install  

 

5、环境变量配置

# 配置环境变量  
vim ~/.bashrc  
  
# mpfr gcc的依赖  
export MPFR_HOME=/home/export/parastor/users/yinhh/local/gcc/mpfr-3.1.4  
export PATH=$MPFR_HOME/bin:$PATH  
export LD_LIBRARY_PATH=$MPFR_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH  
export INCLUDE=$MPFR_HOME/include:$INCLUDE 

 

6、环境变量生效

# 使环境变量生效  
source ~/.bashrc  

7、编译安装mpc

# 解压缩  
tar -zxvf mpc-1.1.0.tar.gz  
# 进入文件夹  
cd mpc-1.1.0  
# 设置安装路径、依赖路径  
./configure --prefix=/home/export/parastor/users/yinhh/local/gcc/mpc-1.1.0 --with-gmp=$GMP_HOME --with-mpfr=$MPFR_HOME  
# 编译  
make  
# 安装  
make install  

 

8、配置环境变量

# 添加环境依赖  
vim ~/.bashrc  
  
# mpc gcc的依赖  
export MPC_HOME=/home/export/parastor/users/yinhh/local/gcc/mpc-1.1.0  
export PATH=$MPC_HOME/bin:$PATH  
export LD_LIBRARY_PATH=$MPC_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH  
export INCLUDE=$MPC_HOME/include:$INCLUDE 

 

9、环境变量生效

source ~/.bashrc  

 

10、安装gcc-7.1.0

# 解压缩  
tar -zxvf gcc-7.1.0.tar.gz  
# 进入文件夹  
cd gcc-7.1.0  
# 设置安装路径，及依赖  
./configure --prefix=/home/export/parastor/users/yinhh/local/gcc/gcc-7.1.0 --with-gmp=$GMP_HOME --with-mpfr=$MPFR_HOME --with-mpc=$MPC_HOME  
# 编译  
make  
# 安装  
make install  

 

11、配置环境变量

# 配置环境变量  
Vim ~/.bashrc  
  
# gcc-7.1.0 版本  
export GCC_HOME=/home/export/parastor/users/yinhh/local/gcc/gcc-7.1.0  
export PATH=$GCC_HOME/bin:$PATH  
export LD_LIBRARY_PATH=$GCC_HOME/lib:$GCC_HOME/lib64:$LD_LIBRARY_PATH  
export INCLUDE=$GCC_HOME/include:$INCLUDE  

 

 

12、环境变量生效

source ~/.bashrc  

 

（二）mpich-3.3.1

支持版本号：3.3.1

源码包位置：

/home/export/parastor/users/yinhh/instrument/mpich-3.3.1.tar.gz

已经安装好的版本链接位置：

/home/export/parastor/users/yinhh/local/mpich-3.3.1

安装步骤：

 

# 解压  
tar -zxvf mpich-3.3.1.tar.gz  
# 进入解压后的文件目录  
cd mpich-3.3.1  
# 设置安装参数  
./configure --prefix=/home/export/parastor/users/yinhh/local/mpich-3.3.1  
# 编译  
make  
# 安装  
make install 

 

添加环境变量

vim ~/.bashrc  
# mpich-3.3.1  
export MPI_HOME=/home/export/parastor/users/yinhh/local/mpich-3.3.1  
export PATH=$MPI_HOME/bin:$PATH  
export LD_LIBRARY_PATH=$MPI_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH  
export INCLUDE=$MPI_HOME/include:$INCLUDE 

 

更新系统环境变量

source ~/.bashrc  

 

成功判断条件：

[yinhh@sn21 ~]$ which mpicc  
~/local/mpich-3.3.1/bin/mpicc  

 

（三）hdf5-1.10.5

支持版本号：1.10.5

源码包位置：

/home/export/parastor/users/yinhh/instrument/hdf5-1.10.5.tar.gz

已经安装好的版本链接位置：

/home/export/parastor/users/yinhh/local/netcdf

安装步骤：

 

# 解压  
tar -zxvf hdf5-1.10.5.tar.gz  
# 进入解压后的文件目录  
cd hdf5-1.10.5  
# 设置安装参数  
./configure --prefix=/home/export/parastor/users/yinhh/local/netcdf --enable-fortran --enable-parallel CC=mpicc FC=mpif90 CXX=mpicxx  
# 编译  
make  
# 安装  
make install  

 

添加环境变量

vim ~/.bashrc  
  
# hdf5环境变量  
export HDF5_HOME=/home/export/parastor/users/yinhh/local/netcdf  
export PATH=$HDF5_HOME/bin:$PATH  
export LD_LIBRARY_PATH=$HDF5_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH  
export INCLUDE=$HDF5_HOME/include:$INCLUDE  

 

更新系统环境变量

source ~/.bashrc  

 

（四）netcdf-c-4.7.1

支持版本号：4.7.1

源码包位置：

/home/export/parastor/users/yinhh/instrument/netcdf-c-4.7.1.tar.gz

已经安装好的版本链接位置：

/home/export/parastor/users/yinhh/local/netcdf

安装步骤：

# 解压缩  
tar -zxvf netcdf-c-4.7.1.tar.gz  
# 进入压缩后的文件夹  
cd netcdf-c-4.7.1  
# 设置路径  
./configure --prefix=/home/export/parastor/users/yinhh/local/netcdf LDFLAGS="-L$HDF5_HOME/lib" CPPFLAGS="-I$HDF5_HOME/include" CC=mpicc --disable-dap  
# 编译  
make  
# 安装  
make install  

 

添加环境变量

vim ~/.bashrc  
# netcdf  
export NETCDF_HOME=/home/export/parastor/users/yinhh/local/netcdf  
export PATH=$NETCDF_HOME/bin:$PATH  
export LD_LIBRARY_PATH=$NETCDF_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH  
export CPPFLAGS='-I/home/export/parastor/users/yinhh/local/netcdf/include'  
export LDFLAGS='-L/home/export/parastor/users/yinhh/local/netcdf/lib'  

 

更新系统环境变量

source ~/.bashrc  

 

（五）netcdf-fortran-4.5.2

支持版本号：4.5.2

源码包位置：

/home/export/parastor/users/yinhh/instrument/netcdf-fortran-4.5.2.tar.gz

已经安装好的版本链接位置：

/home/export/parastor/users/yinhh/local/netcdf

安装步骤：

 

# 解压缩  
tar -zxvf netcdf-fortran-4.5.2.tar.gz  
# 进入解压后的文件夹  
cd netcdf-fortran-4.5.2  
# 设置安装路径和参数  
./configure --prefix=/home/export/parastor/users/yinhh/local/netcdf CPPFLAGS="-I$HDF5_HOME/include -I$NETCDF_HOME/include" LDFLAGS="-L$HDF5_HOME/lib -L$NETCDF_HOME/lib" CC=mpicc FC=mpif90 F77=mpif90  
# 编译  
make  
# 安装  
make install  

 

检查是否成功

  1. nc-config --all  

 

 

 

  1. nf-config --all  

 

 

（六）ioapi-3.2

支持版本号：3.2

源码包位置：

/home/export/parastor/users/yinhh/local/ioapi-3.2.tar.gz

已经安装好的版本链接位置：

/home/export/parastor/users/yinhh/local/ioapi-3.2

安装步骤：

 

# 新建文件夹  
mkdir ioapi-3.2  
# 解压缩  
tar -zxvf ioapi-3.2.tar.gz -C ioapi-3.2  
# 进入解压缩后的文件  
cd ioapi-3.2  
  
# 复制配置文件  
cp ioapi/Makefile.nocpl ioapi/Makefile  
cp m3tools/Makefile.nocpl m3tools/Makefile  
cp Makefile.template Makefile  
  
# 修改配置文件属性  
vim Makefile  
# 修改BIN、INSTALL、NCFLIBS  
BIN = Linux2_x86_64gfort  
INSTALL = /home/export/parastor/users/yinhh/local/ioapi-3.2  
NCFLIBS   = -L$NETCDF_HOME/lib -lnetcdff -lnetcdf -L$NETCDF_HOME/lib -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  
# 去除IOAPIDEFS的注释，并确认其值，如：  
IOAPIDEFS = "-DIOAPI_NCF4"  
# 保存并退出vim  
  
vim ioapi/Makeinclude.Linux2_x86_64gfort  
# 注释  
OMPFLAGS  = #-fopenmp  
OMPLIBS   = #-fopenmp  
# 保存并退出  
  
# 更新安装配置  
make configure  
# 编译  
Make BIN=Linux2_x86_64gfort  
# 文件拷贝  
cp ioapi/fixed_src/* Linux2_x86_64gfort/  

 

成功判断条件：

在Linux2_x86_64gfort下输入

[yinhh@sn21 ioapi-3.2]$ cd Linux2_x86_64gfort/  
[yinhh@sn21 Linux2_x86_64gfort]$ ls  

确定有没有相关文件，有的话恭喜基本过这关了

 

（七）CMAQ-5.3

支持版本号：5.3

源码包位置：

/home/export/parastor/users/yinhh/local/CMAQ-master.zip 

已经安装好的版本链接位置：

/home/export/parastor/users/yinhh/program/CMAQ_Project

安装步骤：

 

# 解压缩  
unzip CMAQ-master.zip  
# 文件夹重命名  
mv CMAQ-master CMAQ_REPO  
# 配置文件初始化路径  
vim bldit_project.csh  
# 变更CMAQ_HOME的值，明确工作目录  
set CMAQ_HOME = /home/export/parastor/users/yinhh/program/CMAQ_Project  
# 保存，并退出vim  
  
# 初始化  
./bldit_project.csh  
  
# 进入工作目录  
cd /home/export/parastor/users/yinhh/program/CMAQ_Project  
# 编辑配置文件  
vim config_cmaq.csh  

 

# 链接各种依赖库（编译器，编译器版本）  
./config_cmaq.csg gcc 7.1.0  
# 进入编译目录  
cd CCTM/scripts  
# 编译主程序  
./bldit_cctm.csh gcc 7.1.0  

 

完成检测

编译完成后，会生成BLD_CCTM_v53_gcc7.1.0目录，里面有CMAQ可执行文件，

 

 

跑测试数据

（一）、修改文件路径、属性

打开/home/export/parastor/users/yinhh/program/CMAQ_Project/CCTM/scripts目录

 

修改run_cctm_Bench_2016_12SE1.csh ，编译器为gcc，版本为当前机器的版本7.1.0，如图1-2

vim run_cctm_Bench_2016_12SE1.csh  

 

 

 

修改数据目录（数据需要从官网下载）

 

 

修改MPI配置如

 

对于单处理器计算，需要修改PROC为串行

 

 

（二）、执行

提交命令

./run_cctm_Bench_2016_12SE1.csh |& tee cctm.log   

运行中如图2-1，所生成的文件

 

 

 

浮沉_y
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