生物信息学
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如意的小家
这个作者很懒,什么都没留下…
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病理图像wsi
一、病理图像(Whole-slide image)的处理https://zhuanlan.zhihu.com/p/254761464原创 2022-02-08 10:56:41 · 2736 阅读 · 0 评论 -
TCGA中的癌症名称、简写和中文名称
| Cohort | 英文名称 | 中文名称 || ACC | Adrenocortical carcinoma | 肾上腺皮质癌 || BLCA | Bladder Urothelial Carcinoma | 膀胱尿路上皮癌 || BRCA | Breast invasive carcinoma | 乳腺浸润癌 || CESC | Cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma | 宫颈鳞癌和腺癌 || CHOL原创 2021-05-29 18:18:06 · 6297 阅读 · 1 评论 -
SAM/BAM相关的进阶知识
1. samtools和picard的排序问题samtools和picard都有对SAM/BAM文件进行排序的功能,一般都是基于坐标排序(还提供了-n选项来设定用reads名进行排序),先是对chromosome或contig进行排序,再在chromosome/contig内部基于start site从小到大排序,对start site排序很好理解,可是对chromosome/contig排序的时候是基于什么标准呢?基于你提供的ref.fa文件中的chromosome/contig的顺序。当你使用比对工转载 2020-12-08 17:22:23 · 1196 阅读 · 0 评论 -
WGS完整流程介绍(原始数据质控、数据预处理、变异检测、数据注释)
111原创 2020-03-10 15:49:20 · 12164 阅读 · 4 评论