医学影像分析
关注
分享
扫一扫
fmri图像处理spm，fsl等相关软件总结
我的Coder小屋
本科阶段：延安大学（2015-2019），摸鱼四年。
研究生阶段：西北大学（2019-2022），还未结束，主编程语言Java
展开
-
nii格式和mat格式转化（只针对功能磁共振成像）
mat格式与nii格式的ROI转化问题描述：具体方法：nii转matmat转nii问题描述：我是在对壳核分割的时候出现的这个问题，因为我要用分割出来的壳核或者是从wfupickatlas中定义的ROI来和自己设置的ROI来进行combine取交集。这时就出现了一个问题，前面定义的出来的格式是nii格式的，而用MarsBar定义的ROI是mat格式的，并且MarsBar只能识别mat格式的roi...原创 2020-01-15 17:16:21 · 4244 阅读 · 6 评论 -
定义ROI的几种方法
定义ROI的几种方法一、使用spm中的wfupickatlas工具使用方法：二、使用fsl对单个被试分割三、使用MarsBar进行定义ROI一、使用spm中的wfupickatlas工具该工具里有很多脑模板，选取ROI可以在里面选择后保存为mask。这个方法是在标准模板（MNI）下直接标记而做的，这里把wfupickatlas工具包【提取码：a6bi】放进来吧。使用方法：将压缩包解压后放入...原创 2020-01-15 16:43:26 · 5399 阅读 · 2 评论 -
DPARSF处理数据总结
DPARSF总结数据处理流程预处理使用Dparsf进行预处理和指标计算选项功能介绍数据处理流程预处理——>计算指标——>统计分析——>看图/作图预处理后通过计算一些指标（FC、ReHo等）来对两组之间进行统计分析，比较它们之间显著的差异，得到的显著的结果使用Results View来看结果然后作图。将结果整理成表格或图放到文章里面去。流程的预处理和计算指标可以在Dpar...原创 2019-12-19 10:28:48 · 13510 阅读 · 6 评论 -
MarsBar组合ROI问题
问题描述目的：使用自己定义的roi（box）与其他roi进行&操作取交集的时候MATLAB控制台出现如下警告：警告: No volume resulted for ROIIn marsbar at 629In marsbar at 1826In marsbar at 498In spm at 1031原因之所以出现这个警告，是因为这两个ROI并没有交集，此时可以将自定义...原创 2019-12-07 08:45:45 · 1365 阅读 · 0 评论 -
关于医学影像中的轴位面（横断面）、冠状面、矢状面的解释（转载）
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声...转载 2019-12-06 20:35:22 · 7310 阅读 · 0 评论 -
MNI模板和Talairach模板的区别
Talairach模板早于MNI模板，其是以AC-PC线的中点作为原点来定义坐标的，而MNI模板与Talairach模板不同，其原点在AC-PC线下的4mm处。有MNI坐标的Talairach坐标的转化函数，可以再网上找到，但不精确。我的课题是要将MNI模板下的ROI区域进行划分，需要用到基于SPM的工具包MarsBar来定义ROI。在这里就有了一个疑问，MarsBar定义的ROI到底是基于MN...原创 2019-12-06 20:27:24 · 3434 阅读 · 1 评论 -
MarsBar教程
MarsBar教程工具包及示例数据下载安装MarsBar数据集描述数据处理和分析定义功能性ROI开始处理一、预处理二、Define ROIs三、ROI analysis工具包及示例数据下载本文是按照MarsBar0.44官方文档的教程来对MarsBar工具包来进行学习的，感兴趣的同学可以直接参考MarsBar官方文档（tutorial）来进行学习（百度网盘 提取码:0clb）。教程中所使用...原创 2019-12-06 11:15:21 · 10572 阅读 · 15 评论