中原基因杨明磊-CSDN博客

原创如何给jupyter notebook 添加多个python kernel

给已安装好的python 添加ipykernel 包：pip3 install ipykernelpython3 -m ipykernel install --name node02python3 --user运行jupyter-notebookjupyter-notebook

2019-06-24 11:36:05 855

原创 jupyter-notebook 无法调用命令行下已经安装的module

python3 已经安装了keras 但是jupyter-notebook 在交互模式下时无法调用问题解决如下：需要重新安装ipykernelpython3 -m pip install ipykernelpython3 -m ipykernel install --user...

2019-03-16 15:29:33 1947 1

翻译 ENA 上传的原始测序fastq文件文件有没有barcode和引物呢？

作为一个生物信息学二代测序方面的科研工作者，经常会用到ENA ，SRA等数据库的原始测序数据fastq，但是一直疑问是否该测序数据中包含barcode和引物，仔细阅读了ENA上传数据的要求在fastq 提交的格式要求为不允许有技术性的测序序列如接头，引物，barcodes标签。...

2019-02-23 18:06:53 2944 1

原创 /lib64/libcairo.so.2: undefined symbol: FT_Get_Var_Design_Coordinates R语言作图时报错

经网上查找本来以为是cairo 这个库有问题，就重新卸载安装了一遍yum remove cairo-devel ##卸载现有的库yum install cairo-devel ##重新安装这个库但是测试R 作图时还是报错，报错内容如下：重新查找发现可能需要安装freetype-freeworld-2.6.5-6.el7.nux.src.rpm下载并安装了：wget...

2019-02-22 23:28:17 7473 1

翻译 aspera 下载ENA 数据报错Error: Client unable to connect to server (check UDP port and firewall

在使用aspera下载ENA数据时报错opt/.aspera/connect/bin/ascp -QT -l 300m -P33001 -i opt/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR151/000/ERR1513640/ERR1513640.fast...

2019-02-18 23:31:16 6726 4

原创 NCCN指南下载以后无法复制，粘贴原因及PDF密码破解

下载NCCN指南后无法复制，最后经网络查找发现：PDF文件是受保护的状态，也就是加密的PDF文档如何破解加密的PDF呢？有一个简单的方法：1 首先将该PDF文档拖到google chrome 浏览器中： 2 点击右上角打印按钮：3 然后点击保存，保存之后的文档再用PDF阅读器打开如下图：红线标注的部分已经没有显示（secured），此时就可以复制粘贴了...

2019-01-13 20:38:00 3062 1

原创遗传病变异注释预测工具安装系列之------Exomiser 安装及bug处理

Exomiser是一个Java程序，它从全外显子组或全基因组测序数据中发现潜在的致病变异。Java 版本必须为1.8以上。Exomiser 最新版本下载wget -c https://github.com/exomiser/Exomiser/releases/download/11.0.0/exomiser-cli-11.0.0-distribution.zipunzip ...

2018-12-21 11:20:44 1324

原创 git clone 命令报错fatal: unable to access '.....'error setting certificate verify

git clone 下载github 源文件报错解决：执行如下命令行即可：git config --global http.sslverify "false" #### 让git 不在验证安全证书

2018-12-18 16:36:35 967

原创 linux 所有服务都无法开启，查看log Fatal server error (EE) Could not create lock file in /tmp/.tX0-lock

多方查找发现是因为系统盘为readonly 的状态，因此导致无法写入临时文件，而无法开启服务mount -o remount rw /最后经过多方面查看，发现是/etc/fstab 发生了修改，原先挂载的系统盘的UUID发生了错误的挂载...

2018-09-15 20:56:41 2424 3

原创 gluster 分布式文件系统NFS挂载

通过gluster 对两台存储节点架构分布式文件系统，形成一个卷两台存储其 node01 IP 为10.1.1.21，node02 IP为10.1.1.22命令行直接挂载#：mount -t nfs -o vers=3 10.1.1.21:/fs01 /mnt/通过修改fstab 自动挂载： ...

2018-09-14 21:11:43 3123

翻译 root 用户可以通过X11转播打开firefox 普通用户不可以问题解决

将root用户cp /root/.Xauthority /home/username/cd /home/usernamechown username .Xauthority即可以

2018-09-14 20:49:11 2043

原创 blast2go centos mysql 5.7++ 安装报错ERROR 1819 (HY000) at line 4

1）解决导入数据mysql -uroot -p passwd <b2gdb.sql 报错ERROR 1819 (HY000) at line 4: Your password does not satisfy the current policy requirementsmysql -uroot -p passwd 登陆mysqlmysql> set global valida...

2018-09-05 22:19:24 395

原创 GLPK: No such file or directory error when trying to install R package Centos R 安装Rglpk报错

R 安装Rglpk 报依赖 glpk 的librarysudo yum install glpk* -y然后打开R交互环境install.packages（‘Rglpk’）

2018-09-04 16:11:34 1300

原创 rjags R 安装报错automatic detection of JAGS failed. Please use pkg-config to locate the JAGS library

首先：centos 下安装jags 下载http://download.opensuse.org/repositories/home:/cornell_vrdc/CentOS_7/x86_64/jags4-4.3.0-67.1.x86_64.rpmsudo rpm -i jags4-4.3.0-67.1.x86_64.rpm下载http://download.opensuse.org/...

2018-09-04 15:56:44 5237

翻译解决aspera 下载ENA 数据报错Session Stop (Error: Client unable to connect to server (check UDP port and fire

需要在root权限下设置udp端口使用iptable设置如下：iptables -I INPUT -p udp --dport 33001 -j ACCEPTiptables -I OUTPUT -p udp --dport 33001 -j ACCEPT

2018-07-18 21:52:15 10643 1

原创解决打开firefox 报错Error: GDK_BACKEND does not match available displays

vim /etc/ssh/sshd_config X11Forwarding yesyum install xorg-x11-xauth xorg-x11-fonts-* xorg-x11-font-utils xorg-x11-fonts-Type1

2018-07-11 15:56:28 7524 3

原创配置了SSH 任然无法实现无密码登陆的问题

1)修改.ssh 目录权限chmod 700 .ssh ，同时修改chmod 600 ~/.ssh/authorized_keys如果任然无法登陆2)查看/etc/selinux/config 配置设置 SELINUX=disabled

2018-06-28 09:05:06 408

原创使用iptable端口映射，实现X11 在内网linux 服务器打开GUI界面

现在有两台linux服务器A,B。A有公网IP(202.116.xxx.xx) 同时有内网IP（198.162.10.1），B有内网IP（198.162.10.2）. A服务器能使用xshell 等工具通过公网IP 登陆，并通过X11转发打开A的GUI。访问B，需通过A SSH登陆，但是无法打开GUI界面，为了实现B打开GUI界面，又不影响通过A访问B，通过iptable 进行端口映射（此操作在A...

2018-05-20 11:01:04 2136

qq_37329349的博客