NPSE(Nucleotide pair spectrum encoding)

NPSE

NPSE 策略计算窗口内所有可能的 k 间隔核苷酸对的出现次数。

特征表示:
f k N P S E = { { A T } 0 , { A A } 0 , . . . , { A A } k , . . . , { C C } k } f^{NPSE}_k=\{\{AT\}_0,\{AA\}_0,...,\{AA\}_k,...,\{CC\}_k\} fkNPSE={{AT}0,{AA}0,...,{AA}k,...,{CC}k}
变量说明:

k k k:表示窗口大小

{ A A } k \{AA\}_k {AA}k:表示k间隔核苷酸对

特征维度: 16 × ( k + 1 ) 16\times(k+1) 16×(k+1) (表示从无间隔到k间隔拼接)

**k间隔核苷酸对:**在序列“AXXXTXC”中,“AT”是一个三间隔的核苷酸对,“TC”是一个间隔的核苷酸对。

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