BMC bioinformatics research

BMC bioinformatics

官网提交指南

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  • research-article【aim】
• prepare-supporting-information【pre】
• conditions-of-publication
• editorial-policies

preparing-your-manuscript

一般格式要求

图片要求

• 按序编号和上传，Multi-panel figures 以一个单独的组合文件上传

• 上传时，figures的方向要正确

• Figure titles (max 15 words) and legends (max 300 words) should be provided in the main manuscript, not in the graphic file.

  • legends：图例，图片下方对图片的描述，使得读者在不阅读正文的情况下也能看懂图片含义

• Figure keys 应该在图中标明，而不是在图例中

• 图仔细裁减，少留白

• 每个独立图的文件不超过10MB

• 文件类型：

  • EPS (suitable for diagrams and/or images)
  • PDF (suitable for diagrams and/or images)
  • Microsoft Word (suitable for diagrams and/or images, figures must be a single page)
  • PowerPoint (suitable for diagrams and/or images, figures must be a single page)
  • TIFF (suitable for images)
  • JPEG (suitable for photographic images, less suitable for graphical images)
  • PNG (suitable for images)
  • BMP (suitable for images)
  • CDX (ChemDraw - suitable for molecular structures)

author academy具体看这个，有demo，包含了：

• illustrations and figures

  • 图的文件格式

    各种格式的描述和要求

  • 图的大小和分辨率

    [外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-qIp1HdvS-1648688067786)(images/image-20220321100726075.png)]

  • 图例

    • 方案编号（按顺序，使用阿拉伯数字 - 即方案 1、2、3 等）
    • 方案的短标题，在句子的情况下（最多 15 个字 - 必需）
    • 详细的图例（最多 300 个字 - 可选）
    • E.g. Fig. 3 Liver smear from a 6-week-old embryo (CR length 12 mm). A remarkable cluster of macrophages is seen among primitive erythroblasts (see also Fig. 4). A granuloblast is present at the upper right. H & E, ×1,150. (Scott 1974).

  • 图的电子处理

  • 图格式转换的软件

  

图的裁剪

裁剪在 PowerPoint 中创建或保存的图

从视图下拉菜单中，确保选择了标尺选项，然后测量图像的尺寸。选择幻灯片中的所有元素 (ctrl+a)，然后剪切这些元素 (ctrl+x)。从文件下拉菜单中，选择页面设置并更改幻灯片的尺寸以匹配图像的尺寸。将元素粘贴回幻灯片 (ctrl+v)。

裁剪保存在 Word 中的图

从视图下拉菜单中，选择打印布局。接下来单击文件下拉菜单上的页面设置并将页边距（边距选项卡）减小为零，然后更改页面尺寸（单击纸张大小选项卡）以匹配图像的尺寸。

位图图像

质量取决于分辨率，因此，调整图像大小可能会导致质量下降。

常见的位图格式包括BMP（位图）、TIFF（标记图像文件格式）、PNG（便携式网络图形）和JPEG。

可以使用 MS Paint、Corel Photo Paint、Adobe Photoshop 和 Jasc Paintshop Pro 等图像编辑程序创建和操作位图图像文件。

矢量图

与分辨率无关，因此图像质量不随图像大小改变。

可以使用多种程序创建和操作矢量图像。例如 Adobe Illustrator、CorelDRAW 和 Macromedia Freehand。

常见的矢量格式有 PDF（便携式文档格式）和 EPS（封装后记）。

裁剪PDF文件

从文档菜单中选择裁剪页面。将出现裁剪页面对话框。使用每个页边距（左、右、上、下）的向上和向下箭头键更改页边距。

或者，可以通过从工具栏中选择裁剪工具来完成裁剪。在这里，通过选择裁剪矩形一角的手柄并将其拖动到正确的大小来设置裁剪边界。

图的压缩

• 矢量图应尽可能以 PDF 文件形式提交，PDF 文件通常比 EPS 文件更紧凑。
• TIFF 文件应使用 LZW 压缩保存，这是无损的（减小文件大小而不降低质量），以最大限度地减少上传时间。
• JPEG 文件应以最高质量保存。
• 文件类型（尤其是 JPEG 等有损格式）之间的图像转换应保持在最低限度，以避免质量下降。

手稿要求

快速要点

• 使用双倍行距
• 包括行号和页码
• 使用 SI 单位：请确保使用的所有特殊字符都嵌入到文本中，否则在转换为 PDF 时会丢失
• 不要在手稿中使用分页符

文件格式

主要手稿文档可接受以下文字处理器文件格式：

• 微软字（DOC、DOCX）
• 富文本格式 (RTF)
• TeX/LaTeX（使用 BioMed Central 的 TeX 模板）
  • 格式模板

在处理的就不要PDF，便于稿件的修改和可编辑

Availability of data and materials’ section

基本格式：

The dataset(s) supporting the conclusions of this article is(are) available in the [repository name] repository, [unique persistent identifier and hyperlink to dataset(s) in http:// format].

当数据作为附加文件包含时，需要以下格式：

The dataset(s) supporting the conclusions of this article is(are) included within the article (and its additional file(s))

引用

使用文献管理工具

表格

• 表在正文中应使用阿拉伯数字依次编号和引用
  • 如，Table 1, Table 2
• 长度小于一页 A4 或信纸的表格可以放置在稿件中的适当位置。
• 长度大于一页 A4 或 Letter 的表格可以放在文档文本文件的末尾。请在文本文件的相关位置引用并指出表格应出现的位置，以便在制作过程中将表格添加到正确的位置。
• 较大的数据集，或者对于 A4 或 Letter 横向页面来说太宽的表格可以作为附加文件上传。请参阅[下文]了解更多信息。
• 作为附加文件提供的表格数据可以作为 Excel 电子表格 (.xls) 或逗号分隔值 (.csv) 上传。请使用标准文件扩展名。
• 表格标题（最多 15 个字）应包含在表格上方，图例[legends]（最多 300 个字）应包含在表格下方。
• 表格不应作为图形或电子表格文件嵌入，而应使用文字处理程序中的“表格对象”功能进行格式化。
• 不得使用颜色和阴影。表格的某些部分可以使用上标、编号、字母、符号或粗体文本突出显示，其含义应在表格图例中说明。
• 不应使用逗号来表示数值。

附加文件

附加文件的最大文件大小为每个 20 MB，文件将在提交时进行病毒扫描。每个附加文件应在正文中按顺序引用。

If additional material is provided, please list the following information in a separate section of the manuscript text:

• File name (e.g. Additional file 1)
• File format including the correct file extension for example .pdf, .xls, .txt, .pptx (including name and a URL of an appropriate viewer if format is unusual)
• Title of data
• Description of data

Additional files should be named “Additional file 1” and so on and should be referenced explicitly by file name within the body of the article, e.g. ‘An additional movie file shows this in more detail [see Additional file 1]’.

更多的关于附加文件的描述

research-article

研究文章的要求

必须包含下面每一个section

Title page

• 标题
• 所有作者的全名和单位地址
• 注明通讯作者

Abstract

（不超过350个单词；尽量减少缩写；不要有引用）

• Background：研究的背景(context)和目的

• Results：主要的发现

• Conclusions：简要总结和潜在影响

• Keywords：3-10个用于代表文章主要内容

Background

解释说明：研究背景、目的、现有文献综述（a summary of the existing literature即各种方法）、该研究的必要性

Results

（研究的结果，包括图表、内容分析等）

这应该包括研究的结果，如果合适的话，还包括统计分析的结果，这些结果必须包含在正文中或表格和图表中。

Discussion

• For research articles

  （研究结果对现有研究的影响，并强调研究的局限性）

• For study protocols and methodology manuscripts

  （研究涉及的任何实际或操作问题以及其他部分未涵盖的任何问题）

Conclusions

（清楚地陈述主要结论，并解释对该领域研究的重要性和相关性。）

Methods

• 研究的目的、设计和设置
• 参与者的特征或材料的描述
• 对所有过程、干预和比较的清晰描述。通常应使用通用名称。在研究中使用专有品牌时，将品牌名称包括在括号中
• 使用的统计分析类型，包括适当的功效计算

List of abbreviations

（如果文中使用了缩略语，则应在首次使用时在文中定义，并提供缩略语列表。）

Declarations

必须包含如下部分（7个必要1个可选）：

• Ethics approval and consent to participate
• Consent for publication
• Availability of data and materials
• Competing interests
• Funding
• Authors’ contributions
• Acknowledgements
• Authors’ information (optional)

（如果任何部分与您的稿件无关，请包括标题并为该部分写入“不适用”。）

• Ethics approval and consent to participate

  • 涉及人体参与者，人类数据或人类组织的研究：
    • 包括关于伦理批准和同意的声明(即使在免除批准的情况下)
    • 包括批准研究的伦理委员会的名称和委员会的参考编号(如果合适)
  • 涉及动物的研究：
    • 关于伦理认可和实验的声明
  • 对于涉及客户拥有的动物的研究：
    • 作者还必须包括客户或所有者的知情同意声明。
  • 不涉及上述：
    • please state “Not applicable” in this section.

• Consent for publication

  • 如果您的手稿包含任何形式的个人数据(包括任何个人详细信息、图像或视频)，必须征得此人或儿童的父母或法定监护人的同意才能发表。所有案例报告的陈述必须征得发表的同意。
  • 如果您愿意，您可以使用您的机构同意书或我们的同意书。您不应在提交时将表格发送给我们，但我们可以在任何阶段(包括发布后)要求查看副本。
  • 有关同意发表的更多信息，请参阅我们的编辑政策。
  • 如果您的手稿不包含任何个人的数据，请在此部分注明“不适用”。

• Availability of data and materials

  所有的手稿都必须包括“数据和材料的可用性”的说明。数据可得性说明应包括在哪里可以找到支持该条所报告结果的数据的信息，如适用，还应包括在研究期间分析或生成的公开存档数据集的超链接。我们所说的数据是指解释、复制和构建文章中报告的发现所需的最小数据集。我们认识到，公开共享研究数据并不总是可能的，例如，当个人隐私可能受到损害时，在这种情况下，数据的可用性仍然应该在手稿中连同任何访问条件一起说明。

  可以采用如下格式：更多的模板，里面有不同情况下的模板

  • The datasets generated and/or analysed during the current study are available in the [NAME] repository, [PERSISTENT WEB LINK TO DATASETS]
  • The datasets used and/or analysed during the current study are available from the corresponding author on reasonable request.
  • All data generated or analysed during this study are included in this published article [and its supplementary information files].
  • The datasets generated and/or analysed during the current study are not publicly available due [REASON WHY DATA ARE NOT PUBLIC] but are available from the corresponding author on reasonable request.
  • Data sharing is not applicable to this article as no datasets were generated or analysed during the current study.
  • The data that support the findings of this study are available from [third party name] but restrictions apply to the availability of these data, which were used under license for the current study, and so are not publicly available. Data are however available from the authors upon reasonable request and with permission of [third party name].
  • Not applicable. If your manuscript does not contain any data, please state ‘Not applicable’ in this section.

  BioMed Central还要求作者引用论文结论所依据的任何公开数据。数据引用应该包括一个持久的标识符(如DOI)，理想情况下应该包括在引用列表中。数据集的引用，当它们出现在参考列表中时，应该包括DataCite推荐的最少信息，并遵循期刊风格。包括DOI在内的数据集标识符应该表示为完整的URL。例如：

• Competing interests

• Funding

• Authors’ contributions

• Acknowledgements

• Authors’ information (可选)

• Footnotes

  脚注可用于提供附加信息，其中可能包括引用列表中包含的参考文献的引用。它们不应仅包含参考引文，也不应包含参考文献的书目细节。它们也不应包含任何图形或表格。

  正文的脚注是连续编号的；表格中的那些应该用上标小写字母（或显着性值和其他统计数据的星号）表示。文章标题或作者的脚注没有给出参考符号。

  始终使用脚注而不是尾注。

• References

网页中有具体格式示例

prepare-supporting-information

• Author information
  • Full names and email addresses of all co-authors
• Cover letter（投稿信）
  • 为什么你的手稿应该发表在BMC生物信息学上
  • 解释与期刊政策相关的任何问题
  • 解释任何潜在的竞争利益的声明
  • 确认所有作者都已经批准了手稿的提交
  • 确认手稿的内容尚未发表，或提交到其他地方出版(参见我们的重复出版政策)
  • 如果你是为特定的特刊提交手稿，请在你的投稿信中提到它的具体名称
• Peer reviewers
  • You may suggest potential peer reviewers for your manuscript. If you wish to do so, please provide institutional email addresses where possible, or information which will help the Editor to verify the identity of the reviewer (for example an ORCID or Scopus ID)
• Excluding peer reviewers
  • 不希望某人评审