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RSS订阅原创 DADA2+Kraken2分析16s之细菌
DADA2+Kraken2分析16s之细菌 DADA2在QIIME2中是以命令行形式呈现，有时候我们不想装QIIME2，但又想用命令行来运行DADA2。那可咋搞？我们可自己封装R代码为命令行，这个方式对于不熟悉代码的人来说效率比较低，我们可以从QIIME2里面把对应的DADA2运行的代码抠出来，点击我即可链接到地址；我们可以看到有run_dada_paired.R和run_dada_single.R两个文件，根据自己需要下载即可，这里以run_dada_paired.R为例。下载后，我们需要修改命令行传
2021-03-18 19:50:47
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原创 QIIME2-傻瓜式安装
傻瓜式安装QIIME2安装平台：WSL+Ubuntu 20.04 LTS+Minicondayml文件下载”q2“插件下载安装”q2“类型插件总结安装平台：WSL+Ubuntu 20.04 LTS+MinicondaQIIME2的安装网上已有许多优秀教程，本教程基于win10下的Linux（Ubuntu 20.04 LTS）平台、miniconda环境下完成，WSL好处优于虚拟机（大佬们可自己...
2020-04-25 00:52:43
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原创 相对重要性分析
在生态环境领域中，有时候我们要分析多个解释变量对响应变量的影响，当含有多个响应变量时，为了方便展示，我们可以bar图对结果展示。R的relaimpo程序包有多种模式计算解释变量的重要性，这里以“lmg”模式为例。library(relaimpo)library(vegan)fc=read.csv("D:\\wykt\\factor.csv",header = T,row.names = 1...
2019-02-04 17:36:24
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原创 Python&R LEfSe 分析
软件安装与路径添加 在涉及到物种或基因组间差异分析的方法中，LEfSe是目前常见的方法。LEfSe实现的方式主要有在线分析和本地分析，在线分析会受到网络及其他因素影响，因而速度可能极慢。本地分析可基于Windows或Linux系统，调参更加灵活。本文以Windows系统为例，向大家展示如何在自己的本本上运行LEfSe，再也不用去求公司了…… 首先，我们要安装好Pyhthon（2.7版本）和R（...
2019-02-04 16:57:41
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原创 R、主成分分析（PCA）、ggplot2
R、主坐标分析（PCA）、ggplot2 在生态环境领域中，作为非约束排序的方法之一，主成分析（PCA）是我们常用的分析方法。本文以R语言vegan包rda函数演示主坐标排序及基于ggplot2绘图。a=read.csv("D:/wykt/sp.csv",header = T,row.names = 1)library(vegan)library(ggplot2)library(ggre...
2019-01-01 18:32:32
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原创 R、冗余分析（RDA）、ggplot2、置信椭圆
R、冗余分析（RDA）、ggplot2 在生态环境领域中，冗余分析（RDA）是我们常用的分析方法，分析目的为“解释变量”对“响应变量”的影响情况。类似RDA的方法，还有CCA。这里以RDA为例→数据处理、分析过后，我们需要对结果进行可视化，R语言ggplt2程序包无疑是可视化神器，然而，怎样利用ggplot2对RDA结果进行可视化，需要我们对RDA结果进行了解，提取需要展示的元素。 libra...
2018-10-12 11:28:47
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空空如也
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