- 博客(8)
- 收藏
- 关注
原创 DADA2+Kraken2分析16s之细菌
DADA2+Kraken2分析16s之细菌 DADA2在QIIME2中是以命令行形式呈现,有时候我们不想装QIIME2,但又想用命令行来运行DADA2。那可咋搞?我们可自己封装R代码为命令行,这个方式对于不熟悉代码的人来说效率比较低,我们可以从QIIME2里面把对应的DADA2运行的代码抠出来,点击我即可链接到地址;我们可以看到有run_dada_paired.R和run_dada_single.R两个文件,根据自己需要下载即可,这里以run_dada_paired.R为例。下载后,我们需要修改命令行传
2021-03-18 19:50:47
2434
原创 QIIME2-傻瓜式安装
傻瓜式安装QIIME2安装平台:WSL+Ubuntu 20.04 LTS+Minicondayml文件下载”q2“插件下载安装”q2“类型插件总结安装平台:WSL+Ubuntu 20.04 LTS+MinicondaQIIME2的安装网上已有许多优秀教程,本教程基于win10下的Linux(Ubuntu 20.04 LTS)平台、miniconda环境下完成,WSL好处优于虚拟机(大佬们可自己...
2020-04-25 00:52:43
6741
1
原创 相对重要性分析
在生态环境领域中,有时候我们要分析多个解释变量对响应变量的影响,当含有多个响应变量时,为了方便展示,我们可以bar图对结果展示。R的relaimpo程序包有多种模式计算解释变量的重要性,这里以“lmg”模式为例。library(relaimpo)library(vegan)fc=read.csv("D:\\wykt\\factor.csv",header = T,row.names = 1...
2019-02-04 17:36:24
17263
15
原创 Python&R LEfSe 分析
软件安装与路径添加 在涉及到物种或基因组间差异分析的方法中,LEfSe是目前常见的方法。LEfSe实现的方式主要有在线分析和本地分析,在线分析会受到网络及其他因素影响,因而速度可能极慢。本地分析可基于Windows或Linux系统,调参更加灵活。本文以Windows系统为例,向大家展示如何在自己的本本上运行LEfSe,再也不用去求公司了…… 首先,我们要安装好Pyhthon(2.7版本)和R(...
2019-02-04 16:57:41
14278
10
原创 R、主成分分析(PCA)、ggplot2
R、主坐标分析(PCA)、ggplot2 在生态环境领域中,作为非约束排序的方法之一,主成分析(PCA)是我们常用的分析方法。本文以R语言vegan包rda函数演示主坐标排序及基于ggplot2绘图。a=read.csv("D:/wykt/sp.csv",header = T,row.names = 1)library(vegan)library(ggplot2)library(ggre...
2019-01-01 18:32:32
19645
13
原创 R、冗余分析(RDA)、ggplot2、置信椭圆
R、冗余分析(RDA)、ggplot2 在生态环境领域中,冗余分析(RDA)是我们常用的分析方法,分析目的为“解释变量”对“响应变量”的影响情况。类似RDA的方法,还有CCA。这里以RDA为例→数据处理、分析过后,我们需要对结果进行可视化,R语言ggplt2程序包无疑是可视化神器,然而,怎样利用ggplot2对RDA结果进行可视化,需要我们对RDA结果进行了解,提取需要展示的元素。 libra...
2018-10-12 11:28:47
61622
14
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人