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吴苏
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micrntwk包-快速获得网络分析结果
micrntwk包-快速获得网络分析结果原创 2022-10-06 21:38:59 · 941 阅读 · 0 评论 -
DADA2+Kraken2分析16s之细菌
DADA2+Kraken2分析16s之细菌 DADA2在QIIME2中是以命令行形式呈现,有时候我们不想装QIIME2,但又想用命令行来运行DADA2。那可咋搞?我们可自己封装R代码为命令行,这个方式对于不熟悉代码的人来说效率比较低,我们可以从QIIME2里面把对应的DADA2运行的代码抠出来,点击我即可链接到地址;我们可以看到有run_dada_paired.R和run_dada_single.R两个文件,根据自己需要下载即可,这里以run_dada_paired.R为例。下载后,我们需要修改命令行传原创 2021-03-18 19:50:47 · 2374 阅读 · 0 评论 -
R、冗余分析(RDA)、ggplot2、置信椭圆
R、冗余分析(RDA)、ggplot2 在生态环境领域中,冗余分析(RDA)是我们常用的分析方法,分析目的为“解释变量”对“响应变量”的影响情况。类似RDA的方法,还有CCA。这里以RDA为例→数据处理、分析过后,我们需要对结果进行可视化,R语言ggplt2程序包无疑是可视化神器,然而,怎样利用ggplot2对RDA结果进行可视化,需要我们对RDA结果进行了解,提取需要展示的元素。 libra...原创 2018-10-12 11:28:47 · 61054 阅读 · 14 评论 -
R、主成分分析(PCA)、ggplot2
R、主坐标分析(PCA)、ggplot2 在生态环境领域中,作为非约束排序的方法之一,主成分析(PCA)是我们常用的分析方法。本文以R语言vegan包rda函数演示主坐标排序及基于ggplot2绘图。a=read.csv("D:/wykt/sp.csv",header = T,row.names = 1)library(vegan)library(ggplot2)library(ggre...原创 2019-01-01 18:32:32 · 19599 阅读 · 13 评论 -
Python&R LEfSe 分析
软件安装与路径添加 在涉及到物种或基因组间差异分析的方法中,LEfSe是目前常见的方法。LEfSe实现的方式主要有在线分析和本地分析,在线分析会受到网络及其他因素影响,因而速度可能极慢。本地分析可基于Windows或Linux系统,调参更加灵活。本文以Windows系统为例,向大家展示如何在自己的本本上运行LEfSe,再也不用去求公司了…… 首先,我们要安装好Pyhthon(2.7版本)和R(...原创 2019-02-04 16:57:41 · 14177 阅读 · 10 评论 -
相对重要性分析
在生态环境领域中,有时候我们要分析多个解释变量对响应变量的影响,当含有多个响应变量时,为了方便展示,我们可以bar图对结果展示。R的relaimpo程序包有多种模式计算解释变量的重要性,这里以“lmg”模式为例。library(relaimpo)library(vegan)fc=read.csv("D:\\wykt\\factor.csv",header = T,row.names = 1...原创 2019-02-04 17:36:24 · 17102 阅读 · 15 评论