QIIME2-傻瓜式安装

安装平台：WSL+Ubuntu 20.04 LTS+Miniconda

QIIME2的安装网上已有许多优秀教程，本教程基于win10下的Linux（Ubuntu 20.04 LTS）平台、miniconda环境下完成，WSL好处优于虚拟机（大佬们可自己去比较一把）。

yml文件下载

首先，从QIIME2官网找到yml文件，然后下载

内容如下：

channels:
  - qiime2/label/r2021.2
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults
dependencies:
  - _libgcc_mutex=0.1
  - _openmp_mutex=4.5
  - _r-mutex=1.0.1
  - alsa-lib=1.2.3
..........................
..........................
- q2-alignment=2021.2.0
  - q2-composition=2021.2.0
  - q2-cutadapt=2021.2.0
  - q2-dada2=2021.2.0
  - q2-deblur=2021.2.0
  - q2-demux=2021.2.0
  - q2-diversity=2021.2.0
  - q2-diversity-lib=2021.2.0
  - q2-emperor=2021.2.0
  - q2-feature-classifier=2021.2.0
  - q2-feature-table=2021.2.0
  - q2-fragment-insertion=2021.2.0
  - q2-gneiss=2021.2.0
  - q2-longitudinal=2021.2.0
  - q2-metadata=2021.2.0
  - q2-phylogeny=2021.2.0
  - q2-quality-control=2021.2.0
  - q2-quality-filter=2021.2.0
  - q2-sample-classifier=2021.2.0
  - q2-taxa=2021.2.0
  - q2-types=2021.2.0
  - q2-vsearch=2021.2.0
  - q2cli=2021.2.0
  - q2templates=2021.2.0
  - qiime2=2021.2.0
  - r-assertthat=0.2.1
  - r-backports=1.2.1
  - r-base=4.0.2
  - r-bh=1.75.0_0
  - r-bitops=1.0_6
  - r-brio=1.1.1
  - r-callr=3.5.1
  - r-cli=2.3.1
  - r-cluster=2.1.0
  - r-colorspace=2.0_0
  - r-crayon=1.4.1
  - r-desc=1.2.0
  - r-diffobj=0.3.3
  - r-digest=0.6.27
  - r-ellipsis=0.3.1
  - r-evaluate=0.14
  - r-fansi=0.4.2
  - r-farver=2.0.3
  - r-formatr=1.7
  - r-futile.logger=1.4.3
.............................
............................

从yml中可看出文件内容主要为含“q2”和不含“q2”，接下来对yml文件进行增删(修改前面7行的内容就行)：1）切换channels ，这里我们切换为清华大学的镜像：

channels:
  - qiime2/label/r2021.2
  - qiime2
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
  - defaults
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
  - biocore
dependencies:
...............
...............

2) 把yml中含有”q2“的行删掉。conda运行：

conda源

可通过vim ~/.condarc查看:

channels:
  - defaults
  - bioconda
  - conda-forge
  - ursky
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

安装非”q2“插件

conda env create -n qiime2-2021.2 --file qiime2-2021.2-py36-linux-conda.yml

这一步在安装openjdk-11.0.8时不出意外的话，基本会报错，因为文件太大了（173.3M），等待它报错或预先安装openjdk-11.0.8。安装方式为:先下载到本地，点击我或点击我即可跳转。
然后本地安装:

conda install --use-local openjdk-11.0.8-hacce0ff_0.tar.bz2

接着在anaconda3/pkgs/urls.txt添加openjdk的地址,如下第二行:

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/noarch/networkx-2.5-py_0.tar.bz2
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/linux-64/openjdk-11.0.8-hacce0ff_0.tar.bz2

然后接着运行:

conda env create -n qiime2-2021.2 --file qiime2-2021.2-py36-linux-conda.yml

即可构建好不含“q2”类型插件的环境。

”q2“类型插件下载

”q2“插件可在线下载，点击我，将此页面的25个插件下载到本地。当QIIME2版本更新时，更改链接里的版本信息即可跳转到新版本插件的链接。

”q2“类型插件安装

等待非”q2“插件安装完后，激活qiime2环境：

conda activate qiime2-2021.2

将路径切换到“q2"类型插件所在路径，使用conda批量安装”q2“类型插件：

## 把含有后缀名的插件放在同一目录下，
conda install --use-local *.bz2

总结

上述的yml文件下载可能需要科学上网。经过以上折腾，QIIME2安装完毕，怎么跑数据、分析，请移步QIIME2官网。此方法虽然相对繁琐，但可以解决直接硬装QIIME2因国内网络原因而装不了的问题。另外，我们创建了学术交流QQ群：335774366。欢迎有兴趣的朋友加入→指导
参考：
微生物组分析软件 QIIME 2 安装小记