DNA 比对

最新推荐文章于 2022-05-25 20:33:26 发布

唐梓航-求职中

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题目描述

脱氧核糖核酸即常说的DNA，是一类带有遗传信息的生物大分子。它由4种主要的脱氧核苷酸(dAMP、dGMP、dCMT和dTMP)通过磷酸二酯键连接而成。这4种核苷酸可以分别记为：A、G、C、T。

DNA携带的遗传信息可以用形如：AGGTCGACTCCA.... 的串来表示。DNA在转录复制的过程中可能会发生随机的偏差，这才最终造就了生物的多样性。

为了简化问题，我们假设，DNA在复制的时候可能出现的偏差是（理论上，对每个碱基被复制时，都可能出现偏差）：

　1. 漏掉某个脱氧核苷酸。例如把 AGGT 复制成为：AGT

2. 错码，例如把 AGGT 复制成了：AGCT

3. 重码，例如把 AGGT 复制成了：AAGGT

如果某DNA串a，最少要经过 n 次出错，才能变为DNA串b，则称这两个DNA串的距离为 n。

例如：AGGTCATATTCC 与 CGGTCATATTC 的距离为 2

你的任务是：编写程序，找到两个DNA串的距离。

【输入、输出格式要求】

用户先输入整数n(n<100)，表示接下来有2n行数据。

接下来输入的2n行每2行表示一组要比对的DNA。（每行数据长度<10000）

程序则输出n行，表示这n组DNA的距离。

例如：用户输入：

AGCTAAGGCCTT

AGCTAAGGCCT

AGCTAAGGCCTT

AGGCTAAGGCCTT

AGCTAAGGCCTT

AGCTTAAGGCTT

则程序应输出：

思路分析

看了好几篇动态规划的文章，终于明白这个题是怎么做的了，后天就是决赛了，只能水一把了~

编写代码

show you code:

[cpp]view plain copy
#include<iostream>  
#include<string.h>   
using namespace std;  
int dp[10000][10000];  
  
int min(int a,int b,int c)  
{  
    int min = (a<b)? a:b;  
    return (min<c)? min:c;   
}   
  
int dp_fun(string &str1,string &str2)  
{  
    int len1 = str1.length();  
    int len2 = str2.length();  
    int i,j;  
    for(i=0;i<len1;i++)  
    {  
        dp[i][0] = i ;  
    }  
    for(j=0;j<len2;j++)  
    {  
        dp[0][j] = j ;  
    }  
      
    for(i=1;i<=len1;i++)  
    {  
        for(j=1;j<=len2;j++)  
        {  
            if(str1[i-1] == str2[j-1])  
            {  
                dp[i][j] = dp[i-1][j-1];    //对应字母相等，dp值不增加   
            }     
            else  
            {  
                //三个形参分别对应str2在str1的基础上增加，减少和修改的情况   
                dp[i][j] = min( dp[i][j-1]+1 , dp[i-1][j]+1 , dp[i-1][j-1]+1 );  
            }   
        }  
    }  
    return dp[len1][len2];  
}  
  
int main()  
{  
    int n;  
    string str1,str2;  
    cin>>n;  
    while(n--)  
    {  
        cin>>str1;  
        cin>>str2;  
        cout<<dp_fun(str1,str2)<<endl;  
    }  
    return 0;  
}  