解决方法:
删除相应目录
根据系统进入相应文件夹,删除所有文件。
WinXP C:\Documents and Settings\[Your User Name]\Application Data\Scooter Software\Beyond Compare 3\
Win7/10 C:\Users\[Your User Name]\AppData\Roaming\Scooter Software\Beyond Compare 3\
重新安装
重新打开 Beyond Compare,提示需要安装,重新安装,输入秘钥,问题解决。
PS:(我的删掉对应目录下的文件,就可以直接使用了,并没有重新安装)