[论文笔记]神经元追踪算法——APP2

APP2:
Xiao, H., & Peng, H.
automatic tracing of 3D neuron morphology based on hierarchical pruning of a gray-weighted
image distance-tree. Bioinformatics, 29, 1448–1454. 2013
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APP2算法介绍

All-path pruning 2.0（APP2）是一种基于图结构的3D神经元快速自动重建算法。是目前速度最快的算法，能可靠地生成神经元重构的树状结构。
APP2具有以下特点：第一，对灰度图像进行距离变换，而无需二值化处理；第二，追踪过程基于Fast Marching算法，计算代价小；第三，剪枝过程采用“长段优先分层”处理方式。

APP2算法流程

APP2算法包括三个步骤：距离变换GWDT(gray-weighted distance transform)、采用FM算法进行追踪、分层剪枝。
1.距离变换GWDT
   距离变换的目的在于增强靠近中心线上的图像强度，减小靠近边缘的图像强度。某点的GWDT的距离值定义为该点到背景的最短路径上的像素强度之和。（the distance value for each pixel is defined as the sum of image pixels’ intensity along the shortest path to background）
  首先选取一个较小的阈值区分前景、背景。选取所有背景点为seeds并标记为ALIVEÿ