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原创 博弈论(Game Theory)入门——完全信息静态博弈

博弈论入门——完全信息静态博弈

2022-11-25 11:31:10 3301 1

原创 博弈论(Game Theory)入门——基础知识

博弈论基础知识

2022-11-18 15:32:52 7636

原创 Python numpy数据类型转换注意事项

numpy数据类型转换使用 dtype 或者 astype 可以将numpy数组从类型X(如float)转换为类型Y(如uint8) >>> A=np.array([ 1.2, 3., 5 ]) >>> A.dtype dtype('float64') #设置dtype >>> A=np.array(A,dtype='uint8') >>> A array([1, 3, 5],

2020-09-10 11:31:56 676

原创 Pytorch搭建工程参考资料

Pytorch搭建工程参考资料pytorch搭建完整的工程一般包括:数据加载、网络模型、训练、测试、损失函数等。以下列出我所参考的资料。数据加载使用Dataset https://blog.csdn.net/sinat_42239797/article/details/90641659?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-2.nonecase&depth_1-

2020-08-24 11:50:57 282

原创 [论文笔记]神经元追踪算法——ENT

ENT:Wang C W, Lee Y C, Pradana H, et al.Ensemble neuron tracer for 3D neuron reconstruction, Neuroinformatics,2017, 15: 185–198*大类:医学 3区;小类:计算机:跨学科应用 2区、神经科学 3区...

2020-05-12 10:38:53 511

原创 v3d编程——SWC

这篇博客主要介绍V3d编程中的SWC文件NeuronSWC——储存SWC中单个节点信息的单元NeuronSWC point() //定义一个节点变量point.type //节点的类型point.x point.y point.z //访问节点的坐标point.r//节点的半径point.parent//节点的父节点索引,注意:返回的是point indexNeuronTree——储存SWC结构信息的单元 NeuronTree filetree //定义一个NeuronTr

2020-05-12 10:37:36 859

原创 [论文笔记]神经元重建——DL Segmentation Improves Reconstruction

Li R, Zeng T, Peng H, et al.Deep Learning Segmentation of Optical Microscopy Images Improves 3-D Neuron Reconstruction[J]. IEEE Transactions on Medical Imaging, 2017, 36(7): 1533-1541.概述:本文的主要思想是...

2020-02-08 16:27:22 495

原创 [论文笔记]神经元追踪算法——Deeptracing

APP2:Xiao, H., & Peng, H.automatic tracing of 3D neuron morphology based on hierarchical pruning of a gray-weightedimage distance-tree. Bioinformatics, 29, 1448–1454.   2013大类:生物 2区;...

2019-11-25 10:54:25 773

原创 神经元结构及评价标准

SWC——重建结果   “神经突起追踪的最终输出结果是基于ASCII编码的文本数据。标准文件格式为Southampton Neurosciences Set开发的SWC文件。其由如下几个组成部分构成:节点的编号id,表示节点在当前文件中的顺序位置;节点的类型Type,表示节点归属的神经突起追踪信号类型,常用的有2表示轴突,3表示树突,5表示分叉点,6表示端点等等;节点坐标x;节点坐标y;节点坐标...

2019-11-04 17:52:00 597

原创 [论文笔记]神经元追踪算法——Smart tracing

创新点:1.提出了追踪区域的可信度指标,可信度高的区域作为训练样本。2.基于小波变换和最大相关性-最小冗余度方法,进行特征选取。3.采用机器学习方法,可信度高的区域作为样本进行训练,生成的分类器对前景进行预测(可迭代预测,跨越gap)。4.预测的结果再次采用传统算法追踪,提高准确度优点:1.全自动2.不依赖于模型缺点:1.依赖现有算法的效果2.耗时...

2019-10-30 21:10:32 370

原创 [论文笔记]神经元追踪算法——APP2

APP2算法介绍APP2算法流程总结

2019-10-16 19:52:10 837

原创 [论文笔记]神经元追踪算法——APP

APP算法介绍All-path pruning(APP)是一种基于图结构的3D神经元自动重建算法。该方法对由成像技术造成的低信噪比、模糊残缺的图像具有较强的鲁棒性。APP算法流程APP算法分为两个步骤:采用最短路径算法生成ICR(initial over-complete reconstruction )选取soma或者图中强度最高的点作为seed种子点。并且选取整张图片的平均强度ta...

2019-10-14 21:32:37 555

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