[论文笔记]神经元追踪算法——Deeptracing

Zhi Zhou, Hsien‑Chi Kuo, Hanchuan Peng and Fuhui Long
DeepNeuron: an open deep learning toolbox for neuron tracing[J]. Brain Informatics, 2018, 5(2):3-.

论文介绍了DeeNeuron的toolbox，分为五个部分。

1. Neurite signal detection：检测前景部分
     采用CNN网络区分前景和背景，无需预处理。为了加快速度和降低GPU内存占用，使用2D的CNN模型（5个卷积层加上的AlexNet）。先将3D图像栈做2D的MIP投影，检测2D图像的前景部分，并用mean shift算法优化提取结果，接着将2D的结果投影回3D上，最后再用一次CNN网络对结果进行修正。

2. Neurite connection 连接前景部分
    采用修正的Siamese networks（孪生网络），通过从人类注释的大型数据集（空间上标注为连续的两个点作为positive sample，空间位置上标注为分离的点作为negative sample）学习神经突的连通性。本方法可以成功地连接具有较大间隙的神经突片段。
     思路是通过计算两个点特征向量间的欧氏距离，来将最近的两个点连接起来。

3. smart pruning 剪枝
     用不同方法生成多个（过度追踪的）重建结果，接着用CNN的网络过滤掉每个重建结果中被错误追踪的点。然后，将所有过滤后的重建结果融合在一起形成最终结果。

4. Manual reconstruction evaluation
     该模块用于评估不同标注者之间或同一标注者在不同时间进行手动重建的一致性。将手工重建结果与原图输入到网络中，形成初始预测结果；根据方向，尖端位置和距离，自动连接初始预测中的片段以生成精确的预测；评价手工重建与精确预测结果的一致性，用consistency score表示。

5. Classification of dendrites and axons
      在手工标注时，能够对树突和轴突、背景部分进行实时分类。采用的网络与Neurite signal detection类似。

论文提供开源代码：
https://githu b.com/Vaa3D /vaa3d tools /tree/maste r/hacka thon/MK/DeepN euron
vaa3d插件，需要在linux系统下运行：
https://githu b.com/Vaa3D/Vaa3D Data/relea ses/tag/1.0.