DBSCAN聚类学习-matlab代码撰写-2022-08-10

对于dbscan的学习，来自于以下的博主，非常的感谢

DBSCAN详解_皮卡丘的情绪的博客-CSDN博客_dbscan

所以，博主再这里不阐述dbscan的原理了，直接上代码，所有注释都有，可以直接吃和改进：

1 dbscan在matlab中的实现

% dbscan学习
% 模拟数据
clc
clear
rng('default') % For reproducibility

% Parameters for data generation
N = 300;  % Size of each cluster
r1 = 0.5; % Radius of first circle
r2 = 5;   % Radius of second circle
theta = linspace(0,2*pi,N)';

X1 = r1*[cos(theta),sin(theta)]+ rand(N,1); 
X2 = r2*[cos(theta),sin(theta)]+ rand(N,1);
data = [X1;X2]; % Noisy 2-D circular data set
scatter(data(:,1),data(:,2))
title('聚类之前')

% 设置参数，esp为领域大小，minpt为最小数量点
esp = 1;
minpt = 5;

% 计算点与点之间的距离,三维点同样适用
% pdist2(a,b)，计算a中的点到b中的点的距离
% 第一行为a中第一个点到b中所有点的距离
% d = pdist2(data,data);
% Rgion = find(d(1,:)<=esp);
% rangesearch功能为搜索esp内的所有点
d = rangesearch(data,data,esp);

% 计算数据的大小
[n,m] = size(data);
% 设置访问标记
vist = zeros(n,1);

% 设置聚类组
idx = zeros(n,1);
% 设置聚类标签
lab = 0;

% 循环整个点组
for i = 1:n
    % 是否第i个点已经被访问过，如果被访问过，就下一个点
    % 如果没有被访问过，则继续处理
    if vist(i,:) == 0
        % 访问设置为1，没被访问为0
        vist(i,:) = 1;
        
        % 提取集合
        neig = d{i};
        % 判断是否满足阈值条件，即是否可以聚类
        if numel(neig)>=minpt
            % 如果密度可以聚类，创建类的标签
            lab = lab+1;
            % 为当前点归类
            idx(i,:) = lab;
            % 设置循环指针
            k = 1;
            
            % 进行密度可达寻找
            while neig
                % 寻找d集合中第i个点的esp邻域的第k个点
                j = neig(k);
                
                % 判断当前点是否被访问过
                if  vist(j,:) == 0
                    % 如果没被访问，则设置为1，即访问过
                    vist(j,:) = 1;
                    % 提取新的集合
                    neig2 = d{j};
                    
                    % 判断当前点的领域点数量是否满足条件
                    if numel(neig2)>=minpt
                        % 满足条件，即将当前点的所有邻域点纳入第i点集合
                        neig = [neig,neig2];
                        neig = unique(neig);
                    end
                else
                    neig(k) =[];
                end
                
                % 如果第j个点没有从属类，则归类
                if idx(j,:) == 0
                    idx(j) = lab;
                end
                
                % 指针往前，如果指针的值大于neig集合的点的个数
                % 说明没有密度可达的点，则结束循环
                % k = k+1;
                % if k > numel(neig)
                %   break
                % end
            end
            
        end

    end
end

gscatter(data(:,1),data(:,2),idx);
title('聚类之后')

结果如下：

 自写得dbscan运行很慢，比起matlab自带得功能，慢上十倍，2w数量的点云分割，需要1分钟。

不知道问题出在哪里，已经看了很多博主写的代码了，仍然没有解决，痛苦。

2 matlab自带dbscan的功能

matlab2019b自带dbscan函数，应用如下：

idx = dbscan(X,epsilon,minpts)

idx = dbscan(X,epsilon,minpts,Name,Value)

idx = dbscan(D,epsilon,minpts,'Distance','precomputed')

[idx,corepts] = dbscan(___)

clc
clear
rng('default') % For reproducibility

% Parameters for data generation
N = 300;  % Size of each cluster
r1 = 0.5; % Radius of first circle
r2 = 5;   % Radius of second circle
theta = linspace(0,2*pi,N)';

X1 = r1*[cos(theta),sin(theta)]+ rand(N,1); 
X2 = r2*[cos(theta),sin(theta)]+ rand(N,1);
data = [X1;X2]; % Noisy 2-D circular data set
scatter(data(:,1),data(:,2))
title('聚类之前')
axis on

idx = dbscan(data,1,5);
gscatter(data(:,1),data(:,2),idx);
title('聚类之后')

 结果如下：

效果的差异不明显 

此外博主写的k均值和欧式距离聚类如下：

Kmean（k均值聚类）学习-2022-08-09_~追风筝的猫的博客-CSDN博客

Matlab点云欧式距离聚类-2021-12-06_~追风筝的猫的博客-CSDN博客_matlab 欧式聚类

点云-均值漂移-均适用_点云均值漂移-数据集文档类资源-CSDN下载

3、 8月11更新，dbscan代码小优化，运行速度提升

借鉴于以下博主：

DBSCAN的理解和matlab实现_尼古拉斯.贝叶斯基的博客-CSDN博客_dbscan matlab

 修改了密度可达的集合合并，比之前的运行速度快了十倍，但是比起matlab自带的函数还是慢着很多很多，不过已经很好了，感觉基本得到了解决。不列结果了，基本一样

clc
clear
rng('default') % For reproducibility
 
% Parameters for data generation
N = 300;  % Size of each cluster
r1 = 0.5; % Radius of first circle
r2 = 5;   % Radius of second circle
theta = linspace(0,2*pi,N)';
 
X1 = r1*[cos(theta),sin(theta)]+ rand(N,1); 
X2 = r2*[cos(theta),sin(theta)]+ rand(N,1);
data = [X1;X2]; % Noisy 2-D circular data set
scatter(data(:,1),data(:,2))

% clear
% clc
% % 模拟数据
% [X,Y,Z] = sphere(100);
% loc1 = [X(:),Y(:),Z(:)];
% loc2 = 2*loc1;
% ptCloud = pointCloud([loc1;loc2]);
% pcshow(ptCloud)
% title('Point Cloud')
% data = ptCloud.Location;

tic
% 设置参数，esp为领域大小，minpt为最小数量点
esp = 1;
minpt = 5;
 
% 计算点与点之间的距离,三维点同样适用
% pdist2(a,b)，计算a中的点到b中的点的距离
% 第一行为a中第一个点到b中所有点的距离
% d = pdist2(data,data);
% Rgion = find(d(1,:)<=esp);
% rangesearch功能为搜索esp内的所有点
d = rangesearch(data,data,esp);
 
% 计算数据的大小
[n,m] = size(data);
% 设置访问标记
vist = zeros(n,1);
 
% 设置聚类组
idx = zeros(n,1);
% 设置聚类标签
lab = 0;
 
% 循环整个点组
for i = 1:n
    % 是否第i个点已经被访问过，如果被访问过，就下一个点
    % 如果没有被访问过，则继续处理
    if vist(i,:) == 0
        % 访问设置为1，没被访问为0
        vist(i,:) = 1;
        
        % 提取集合
        neig = d{i};
        % 判断是否满足阈值条件，即是否可以聚类
        if numel(neig)>=minpt
            % 如果密度可以聚类，创建类的标签
            lab = lab+1;
            % 为当前点归类
            idx(i,:) = lab;
            % 设置循环指针
            k = 1;
            
            % 进行密度可达寻找
            while true
                % 寻找d集合中第i个点的esp邻域的第k个点
                j = neig(k);
                
                % 判断当前点是否被访问过
                if  vist(j,:) == 0
                    % 如果没被访问，则设置为1，即访问过
                    vist(j,:) = 1;
                    % 提取新的集合
                    neig2 = d{j};
                    
                    % 判断当前点的领域点数量是否满足条件
                    if numel(neig2)>=minpt
                        % 满足条件，即将当前点的所有邻域点纳入第i点集合
                        neig2 = setdiff(neig2,neig);
                        neig = [neig,neig2];
                    end
              % else
                   % neig(k) =[];
                end
                
                % 如果第j个点没有从属类，则归类
                if idx(j,:) == 0
                    idx(j) = lab;
                end
                
                % 指针往前，如果指针的值大于neig集合的点的个数
                % 说明没有密度可达的点，则结束循环
                k = k+1;
                if k > numel(neig)
                  break
                end
            end
            
        end
 
    end
end

toc

% pcshow(data,idx)
gscatter(data(:,1),data(:,2),idx);