markdown-01

2018-9-13

紧张的生物信息学习第四天，学习了markdown写作，今天开始把每天的生活记录下来。

• 今天晚上任务：
• 看一篇WES文献
• 练习GEO操作
• 学习lunix基础
  

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代码块

代码块语法遵循标准markdown代码，例如：

@requires_authorization
def somefunc(param1='', param2=0):
    '''A docstring'''
    if param1 > param2: # interesting
        print 'Greater'
    return (param2 - param1 + 1) or None
class SomeClass:
    pass
>>> message = '''interpreter
... prompt'''

目录

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28716121

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文献抄读

Title : Identification of trunk mutations in gastric carcinoma: a case study.

背景：肿瘤内异质性（ITH）对癌症精准医学提出了一个迫切的挑战可以对癌症靶向治疗和免疫治疗产生耐药性。因此，寻找癌细胞中存在的trunk突变对于每个患者都是至关重要的。在这项研究中，我们的目的是评估多区域测序的效率作为案例研究，鉴定存在于肿瘤的所有区域中的trunk突变。我们应用了全外显子测序（WES）研究胃癌病例的遗传异质性和同质性。约83％的常见错义突变存在于两个样本中，大约89％的常见错义突变存在三个样本中，值得注意的是，trunk突变似乎有比non-turnk突变更高的等位基因变异频率（VAF）。