Palabos V2.1更新Deformable RBC体验

前几天听说Palabos更新到2.1版本，问了一下果然出了RBC相关的模拟，令人意外的是这次更新还添加了GPU加速的部分。因期待许久迫不及待，便抽出时间，抢先体验一下该算例的效果。

本次算例体验运行于Ubuntu 18.04系统，未使用gpu运算。

程序目录

showcase/bloodFlowDefoBodies

总体的运行步骤

Step1: cmake编译
Step2: 生成CPs文件夹，或者提供initialPlacing.pos文件
Step3: 运行对应的血液流体程序（即判断是shear还是poiseuille的xml文件）

CPs文件夹的作用

CPU版本下，配置好cellPacking_params.xml，随后输入mpirun -n X ./bloodFlowDefoBodies cellPacking_params.xml，会生成CPs文件夹。

根据readme的信息，cellPacking会随机在流域内生成红细胞和血小板，并且在一定迭代后自己处理好碰撞和相互穿透，随后这些细胞的位置都会储存在CPs文件夹。

这个xml文件里可以设置各种参数，如尺寸，血细胞比容等。

initialPlacing.pos文件的作用

打开自带的initialPlacing文件，会发现仅有一行，第一个数字代表了细胞种类，1为血小板，0表示红细胞，随后三个数字为坐标，再随后三个数字表示角度。

以CPs_poiseuille.tar.gz为例

这个算例用于演示如何利用CPs文件夹来运行程序，此处的CPs文件夹直接通过解压获得。

解压该压缩包，得到CPs文件夹，又因为这是poiseuille流，所以cmake编译后，输入mpirun -n 4 ./bloodFlowDefoBodies poiseuille_params.xml。

我发现这个算例存在374个红细胞，74个血小板。所以4核运算时间预计过长，终止运算。

以case study为例

这个算例用于演示如何使用initialPlacing.pos来运行程序。个人来说我更倾向于这个方法，因为它似乎更方便自定义红细胞的位置。

该算例涉及到1个红细胞和一个障碍物，可以通过paraview看到红细胞遇到障碍物后的变形。

cmake编译之后，输入mpirun -n 4 ./bloodFlowDefoBodies obstacle_params.xml，随后程序运行，tmp文件夹便会储存这个红细胞的数据。