基因碱基序列研究

基因序列的研究让我感到这几年的重视性，无论是在nature，还是science，以及各种的论文所有的影响因子都是最高系列，能有这么大的提升，主要是对数据有了突破，提取的精度，存储的高效，公开库的研究，可视化的研究，人工智能的发展，这次承担的任务还是以数据分析的角色来看待，淘金发文。

基因序列的研究让我感受到不仅仅是ATGC奇幻的排列顺序，以及他们针对这种数据存储的思考，利用，发觉，可视化，种种，还是讲些有意义的东西给大家科普。

 

 

RNA-seq 数据分析

1.检测测序数据的质量，如果需要，对数据进行预处理，去掉接头，去掉质量差的数据等等

2.将所有数据回帖到genome，根据结果，进行新基因或转录本的鉴定，然后对转录数据进行定量，并进行差异表达分析。也可跳过对3.新基因和新转录本的分析，只对已知的基因和转录本进行定量。如果没有参考genome数据，可以供transcriptome数据代替。如果参考转录组数据也没有，可以直接对RNA-seq数据进行从头组装，注释，作为参考转录组。

基因组常用的软件

Bowtie，Bowtie2，tophat2，BWA，HISAT2， STAR等

数据网站

NCBI （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）

UCSC (http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html)

Ensemble （http://asia.ensembl.org/index.html?redirect=no）

注释文件

注释文件就是基因组的说明书，告诉我们哪些序列是编码蛋白的基因，哪些是非编码基因，外显子、内含子、UTR等的位置等等。

IGV软件

高效的查看基因组数据的可视化软件

这些专业的东西我都操作了一番，发现金子确实要交给数据挖掘工作者，淘金也很累，

使用IGV看序列比对情况  这个链接也能让你对数据工作者的一种其他见解

 

DNA数据特征

曲目、覆盖范围、下采样、对齐轨道、检测结构变体、个别基础的颜色和透明度、映射读取的透明度、插入、缺失、着色和排序对齐、配对末端对齐、查看作为对、映射配对读取的着色、染色体间重排、反演、倒置复制、串联复制、同一染色体上的易位、用亚硫酸氢盐模式解释颜色、拼接连接点

 

 

原本计划写很多的，但是内容不方便随意透漏，涉及我们的成果，你们就看最基础的就行了，

这些东西确实令人思考，尤其这方面再破解生命密码，我觉得可以做到，不过还是且切体会到，不同专业之间的交叉，以及综合学科的利用，真的能研究出大东西来，好好干吧，这个暑假争取多弄几个专利。