实践版基因测序构建本地NT库（NCBI）（多个压缩包）

最新推荐文章于 2024-12-20 19:52:25 发布

超萌养乐多

最新推荐文章于 2024-12-20 19:52:25 发布

阅读量4.7k

点赞数 1

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_40870091/article/details/120009372

版权

本文详细介绍了如何通过下载NCBI nt库，校验、合并并构建本地blast数据库，以提高基因测序数据BLAST搜索效率。步骤包括自动下载、包验证、软件安装与配置，旨在帮助科研人员提升工作效率。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

基因测序进行大量数据blast，为了节省时间，可以构建本地nt库，避免再到网页一步步检索。

1、下载nt库

#查看可下载的NCBI资源库

update_blastdb.pl --showall

#自动下载所需nt库（如用Perl工具，即:perl update_blastdb.pl nt）

update_blastdb.pl nt

#Aspera下载（速度快）

ascp -l -k 1 -T -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh  anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nt.gz ./

2、校验检查包是否缺损

#统计数据压缩包

md5sum nt.00.tar.gz

#查看校验包

 cat nt.00.tar.gz.md5

3、校验后，进行合并和解压

#文件合并
cat nt.*.tar.gz > nt.tar.gz
#解压
tar -zxvf nt.tar.gz

4、构建索引

makeblastdb -in  nt -dbtype nucl -parse_seqids -out ntout

5、利用nt库进行blast

blastn -query query.fna -db ntout  -out blastn.out -outfmt 0 -num_threads 40 -evalue 1e-5

备注：本文自动下载使用blast工具，下载方法。

#下载blast软件包选择2.7.1版本
 wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.12.0+-x64-linux.tar.gz
#解压到当前blast文件夹
tar –zxvf ncbi-blast-2.12.0+-x64-linux.tar.gz –C /datd/appseq/blast/
#将软件配置环境变量
echo "PATH=$PATH:/data/appseq/blast/ncbi-blast-2.12.0+/bin" >> ~/.bashrc
#刷新环境变量
source ~/.bashrc
#检查软件安装
which blastn
blastn -version