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RSS订阅原创 Nature Genetics (IF 29.0) 胶质母细胞瘤生态系统的多层转录结构
本研究通过整合单细胞RNA测序、全外显子测序和拷贝数变异分析，系统解析了IDH野生型胶质母细胞瘤(GBM)的多层转录结构。研究发现了10类恶性细胞状态元程序，包括新鉴定的神经元样、胶质祖细胞样和纤毛样状态，揭示了GBM细胞状态的动态转换网络。通过通路分析拓展了7种功能元程序，发现约20%细胞呈现混合状态特征，提示细胞状态间存在转化。研究还开发了基于细胞状态控制的对照分析法，识别出影响多个恶性状态的肿瘤间异质性特征。这些发现为理解GBM异质性提供了新视角，并为靶向治疗和预后分层奠定了理论基础。
2025-12-18 10:24:30
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原创 Briefings in Bioinformatics (IF: 7.7) | DSGAT：利用图注意力网络预测药物副作用的频率
在本文中，我们提出了一种药物副作用频率预测方法，DSGAT，基于编码器-解码器框架。首先，我们用药物的自然分子图来表示药物，并应用三层 GAT 网络来获得药物的嵌入。其次，使用药物间副作用频率分布之间的余弦相似性，我们获得副作用相似性，然后使用每个副作用的前 k 个邻居来构建副作用图。随后，通过在副作用图上使用三层 GAT 网络来获得副作用嵌入。最后，我们将药物和副作用的嵌入通过两层全连接网络投影到一个共享空间中，并采用矩阵分解作为解码器。
2025-06-27 09:00:00
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原创 GUT (IF: 23.0) | 单细胞揭示胃癌腹膜转移免疫治疗耐药机制：C3-C3AR1轴
1、在该研究中以单细胞测序研究了 GCPM 独特而动态的生态系统，解读了支配 GCPM TME 的细胞和分子改变，并探索了与 GCPM 免疫治疗反应相关的潜在机制。2、GCPM 独特的 TME 由基质-髓细胞微环境组成，协调广泛的原生质和免疫抑制功能。3、THBS2+ mCAFs 可释放补体 C3，通过 C3-C3AR1 轴与 TRM 衍生的 SPP1+TAMs 相互作用，最终触发基质-肿瘤微环境的形成。
2025-06-25 16:25:31
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原创 GUT (IF: 23.0) | 单细胞+空间转录组破译结直肠癌异质肿瘤干细胞器官特异性转移机制
对CRC和lCRC/oCRC进行了scRNA+ST分析，鉴定到了一个具有PTPRO+ASCL2+特征的肿瘤干样细胞是导致CRC转移的驱动者。该细胞群由不同的异质性亚群组成，并显示出不同的肝脏或卵巢转移偏好性。此外，其中一亚群会通过DLL4-NOTCH信号通路与癌症相关成纤维细胞（CAF）和内皮细胞相互作用，从而促进原发性CRC向卵巢器官转移。该研究为CRC转移到卵巢和肝脏提供了新的理论基础，发现了驱动CRC向其他器官进行转移的关键异质肿瘤细胞亚型，为未来结直肠癌治疗和诊断提供了新方向。
2025-06-23 09:00:00
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原创 Velocyto-RNA Velocity--bam文件转换loom
从UCSC Table Browser中下载http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables。这个是单一样本，推荐使用并行运行提升运算速度，需要代码私信，免费。输入velocyto验证是否安装成功，出现以下内容则安装成功。将得到的gtf上传到自己的服务器中。
2025-06-21 09:07:53
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原创 Cellranger-单细胞测序数据表达定量
可以选择GEO或者NGDC的GSA for Human下载原始数据，此处以GSA为例HRA003293，数据需要申请，可以选择open开放数据。至此已完成上游分析流程，seurat分析filtered_feature_bc_matrir该文件夹下的标准输出文件。每个HRR样本对应两个文件，一个是f1.fastq.gz，一个是r2.fastq.gz，确保自己的储存空间够用。这个是对于单一样本的处理，建议使用并行运算提高运行速度，需要并行运算代码的同学私信我，免费。将bam文件转化为loom文件！
2025-06-20 15:20:19
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原创 一、TCGA数据分析流程，从数据下载到差异可视化！-- UCSC xena
癌症基因组图谱 (TCGA) 是一项具有里程碑意义的癌症基因组学计划，它对 20,000 多个原发性癌症和 33 种癌症类型的正常样本进行了分子表征。NCI 和美国国家人类基因组研究所的这项合作始于 2006 年，汇集了来自不同学科和多个机构的研究人员。在接下来的十几年里，TCGA 生成了超过 2.5PB 的基因组、表观基因组、转录组和蛋白质组数据。这些数据已经提高了我们诊断、治疗和预防癌症的能力，并将一直向供研究界的任何人使用。其中TCGA选择研究的。
2024-09-07 19:40:10
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空空如也
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