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【读文献】DynamicBind生成式模型预测蛋白配体复合物
尽管在预测静态蛋白质结构方面取得了重大进展,但蛋白质的内在动态性,受到配体调节,对于理解蛋白质功能和促进药物发现至关重要。传统的对接方法,常用于研究蛋白质-配体相互作用,通常将蛋白质视为刚性体。虽然分子动力学模拟可以提出适当的蛋白质构象,但由于生物学相关平衡状态之间罕见的转换,它们在计算上要求很高。(现实中以5xco为例,可以发现与配体结合的KRAS和单体KRAS有着很不一样的构象)本文提出了DynamicBind,一种深度学习方法,采用等变几何扩散网络。原创 2024-02-25 21:51:41 · 1917 阅读 · 2 评论 -
【读文献】Generative models for graph-based protein design 蛋白质设计
基于图和Transformer的生成式模型,用于蛋白质设计原创 2022-10-26 12:59:37 · 1278 阅读 · 0 评论 -
【读文献】Graphormer - Transformer在图表示是否很差
微软 Graphormer,Transformer真的在图表征中表现很差吗原创 2022-10-18 09:08:47 · 622 阅读 · 0 评论 -
【读文献】可解读的深度学习抗体结构预测
抗体结构预测,深度学习,DeepAb原创 2022-09-01 21:59:36 · 2171 阅读 · 0 评论 -
【读文献】3D Infomax 小分子预训练模型
小分子预训练模型原创 2022-09-01 21:31:03 · 1747 阅读 · 0 评论 -
【读文献】Attention is all your need - Transformer
Transformer文献原创 2022-08-07 10:47:05 · 1160 阅读 · 0 评论