草鸟的博客

原创 【读文献】DynamicBind生成式模型预测蛋白配体复合物

尽管在预测静态蛋白质结构方面取得了重大进展，但蛋白质的内在动态性，受到配体调节，对于理解蛋白质功能和促进药物发现至关重要。传统的对接方法，常用于研究蛋白质-配体相互作用，通常将蛋白质视为刚性体。虽然分子动力学模拟可以提出适当的蛋白质构象，但由于生物学相关平衡状态之间罕见的转换，它们在计算上要求很高。（现实中以5xco为例，可以发现与配体结合的KRAS和单体KRAS有着很不一样的构象）本文提出了DynamicBind，一种深度学习方法，采用等变几何扩散网络。

原创 pytorch单机多卡的简单原理与使用

pytorch 单机多卡的使用

原创 【读文献】Generative models for graph-based protein design 蛋白质设计

基于图和Transformer的生成式模型，用于蛋白质设计

原创 【读文献】Graphormer - Transformer在图表示是否很差

微软 Graphormer，Transformer真的在图表征中表现很差吗

原创 pytorch 将模型作为特征提取器（提取中间层特征）

提取模型中间层特征

原创 【读文献】可解读的深度学习抗体结构预测

抗体结构预测，深度学习，DeepAb

原创 【读文献】3D Infomax 小分子预训练模型

小分子预训练模型

原创 【读文献】Attention is all your need - Transformer

Transformer文献

翻译 条件随机场（CRF）概述

转自：原文链接条件随机场是一种判别模型，用于预测序列。他们使用来自先前标签的上下文信息，从而增加了模型做出良好预测所需的信息量。在这篇文章中，我将讨论一些将介绍 CRF 的主题。我会过去：机器学习模型有两个常见的分类，生成式和判别式。条件随机场是一种判别分类器，因此，它们对不同类之间的决策边界进行建模. 另一方面，生成模型对数据的生成方式进行建模，在学习之后，可用于进行分类任务。举个简单的例子，朴素贝叶斯是一种非常简单且流行的概率分类器，是一种生成算法，而逻辑回归是一种基于最大似然估计的分类器，是一种判别模

原创 【NLP基础理论】10 上下文表示（Contextual Representation）

NLP基础理论 10 上下文表示

原创 RNN的梯度消失与可以看懂的解决方法

RNN的梯度消失及解决办法有详细的LSTM的BPTT过程，一步步链式求导！

原创 【NLP基础理论】 09 分布语义学（Distributional Semantics)）

NLP基础理论 09 分布语义

原创 【NLP基础理论】 08 词汇语义学 Lexical Semantics

NLP基础理论 08 词汇语义学

原创 神经网络中一个epoch里发生了什么

batch size 和 epoch的关系和讲解可参考链接。epoch里面到底发生了什么整个训练过程中，我们只有一个损失函数（loss function）。一个epoch代表模型已经见过所有的训练数据，也就是被拆分成多个batch的训练集都会被输入模型。在训练一个batch中的数据时，网络只会有前向传播，并且记录batch中每条数据的预测误差，然后对batch size的误差做平均。当一个batch的数据训练结束，通过均值误差再进行反向传播，以此进行参数的迭代。所以一个epoch会进行batc

原创 【NLP基础理论】07 RNN 循环网络 Recurrent Networks

NLP 基础理论 07 循环网络

原创 【NLP基础理论】06 前馈网络（Feedforward Network）

NLP基础理论 06 前馈神经网络 FFNN

原创 【NLP基础理论】05 HMM 隐马尔可夫模型（含Viterbi算法代码）

NLP基础理论 05 隐马尔可夫模型

原创 彻底搞懂BPE（Byte Pair Encode）原理（附代码实现）

Byte pair encode原理解析及代码实现

原创 【NLP基础理论】04 词性标注

NLP自然语言处理基础 - 04 词性标注

原创 【NLP基础理论】03 文本分类

NLP自然语言处理基础 - 03 文本分类

原创 【NLP基础理论】02 N-grams语言模型和Smoothing

NLP自然语言处理基础理论 - 02 N-grams和Smoothing

原创 【NLP基础理论】01 数据预处理

NLP自然语言处理基础理论 - 01 预处理

原创 【NLP/机器学习】数学基础复习（线代/高数/概率论）

线代、高数、概率论要点、例题整理，主要用于机器学习基础复习。

原创 基于剑指Offer整理总结Python知识点

为了熟练python和算法，此次使用Python3刷题。由于过往Python多半直接使用，基础了解极少，刷题同时会记录一些Python有关的知识点。

原创 （CV）Convolution与Cross-correlation的计算区别

原创 （转载整理）三步在Ubuntu上安装微信QQ

目录安装主要问题1 字体问题2 无法发送图片主要是通过网络搜索找到比较快速便捷的方法，以及遇到的问题，在这里归纳总结展示。引用的地方会标出出处。安装添加仓库首次使用时，你需要运行如下一条命令将移植仓库添加到系统中。wget -O- https://deepin-wine.i-m.dev/setup.sh | sh应用安装自此以后，你可以像对待普通的软件包一样，使用apt-get系列命令进行各种应用安装、更新和卸载清理了。将com.qq.weixin.deepin替换为下列包名，可以继

原创 文档数据库(document database)和键值数据库(key-value database)的区别（NoSQL）

文档数据库(document database)和键值数据库(key-value database)的区别（NoSQL）相同点： 都是key-value结构不同点： 在键值数据库中，我们只能通过key查找到整个value，数据库并不知道value里面存的内容到底是什么，而是通过应用程序将value里面的东西进行翻译解析；在文档数据库中，我们不仅可以通过key查找value，也可以通过document中对应的key找到具体内容，value对数据库来说是透明的。举例： 比如用两个数据库来存储同一个JSON

原创 XML声明式事务控制

AccountController：package com.itheima.controller;import com.itheima.domain.Account;import com.itheima.service.AccountService;import org.springframework.context.ApplicationContext;import org.springframework.context.support.ClassPathXmlApplicationConte.

原创 mysql(druid)+servlet+jsp实现用户登录和名单的crud

主要用于下载资源的页面展示：下载链接：首页登录界面：可实现在不登录情况下无法查看名单信息，并自动跳转到登录页面。登录过后在不关闭浏览器的前提下可以查看名单信息。用户查询页面可实现单条件、多条件查询，单删除、批量删除，增加联系人，修改联系人，分页显示：按钮：添加联系人按钮：修改实现自动填充内容代码分类：dao数据库管理层管理员、分页类、用户类：service服务层：web层：druid工具类以及配置文件所用jar包即页面：...

原创 git的介绍与使用

文章目录概述下载安装架构仓库（版本库）远程仓库分支（未完结）概述Git是什么：Git是一款版本控制软件。为什么要使用Git：在单人与多人开发中，都需要进行版本管理，同时多人开发还需要进行多人协同控制，而使用git来操作就是一个不错的选择。那版本管理是什么，举个例子，就是当一个项目应用写好之后，发现需要新增内容或先前的要求有所改动时，我们需要把原本写好的代码（也就是版本1）做个备份保存起来，以免在后期改动的时候出现了问题，导致无法恢复到先前版本。版本管理非常适合大型项目和长期开发的维护。下载安装

原创 Spring下注入配置druid连接池（maven项目）

分为四个部分：jdbc.properties；applicationContext.xml ；pom.xml ；DataSourceTest.java作用分别为：连接池配置文件，spring配置文件，maven配置文件，测试连接是否成功。(主要为测试，所以内容都放在了test目录下)四个文件所在位置：jdbc.properties：jdbc.driver=com.mysql.jdbc.Driver --classDriverNamejdbc.url=jdbc:mysql:///test

原创 设置了maven坐标但编译时没法找到类

刚学maven和spring遇到一个很蠢的问题，就是pom.xml中配置了spring-context坐标，可是编写时怎么也找不到ApplicationContext类还是因为在pom.xml里面写了scope标签，看了别人写的runtime，但实际上像spring-core，spring-context这类，scope都应该是compile，也就是默认的scope。这个时候还是要搬出这张表：类型编译时测试时运行时例如compile√√√spring-coret

原创 Maven是什么+servlet跳转的极简Demo

文章结构（本文使用win10）Maven是什么；如何将原始web项目搭建在maven工程中；对Maven的理解（本文基于对maven主要功能的理解，并不全面）在我们写一些基础的web项目的时候，我们需要导入tomcat包、mysql-connector-java包、serverlet包、beanutils包等等等各种jar包，而这可能只是实现了一个简单的用户登录界面。那真的到实际应用的时候，每建新的一个项目，很多重复的jar包又要手动导一遍，还导成百上千个这也太过分了。这个时候！Maven出

原创 Nginx是什么+在linux下安装以及功能示例

文章结构：Nginx是什么；如何在linux上下载与部署；Nginx的功能。对Nginx的理解以下是基于Nginx的主要应用上的理解当我们网上冲浪的时候，实际上会访问服务器上的tomcat中部署的项目。此时有很多人一起和你网上冲浪，而tomcat能同时接收来自客户端的请求量（并发量）非常小，那可能有人就冲到404去了。那么多弄点tomcat，这样并发量不就大了吗？但是我们网上冲浪所输入的网址（域名）都是一样的，那如何做到输入同一个域名访问到的是不一样的tomcat？这个时候我们就需要一款反向

原创 VMWare CentOS8配置jdk+mysql+tomcat+redis

1、 虚拟机与CentOS的下载VMWare pro下载链接：链接：https://pan.baidu.com/s/1kEgMhz1cbxzCGZxxl3xsNQ 提取码：ypdh注册秘钥：CC398-2YE9H-M8EQZ-ZQXEC-NURU2本文使用的是CentOS8，但由于网盘没有会员没法上传超过4g的，所以大家就在这个链接里面寻找自己想要的版本：http://mirror.centos.org/centos/如何在虚拟中使用iso可参考：https://www.cnblogs.com/zk

原创 笨办法学python——自动化测试（笔记）

无法导入ex47.game解决方法由于项目都建立在自己电脑上，没有考虑怎么能让别人也简单的导入自己写的模块，本文主要用于自己记录与学习。两种导入方法1、第一种就是临时的导入路径，在关闭shell之后就会复原，每次使用模块都需要重新导入。具体操作如下图所示：这样就可以把包含所想要导入的模块的路径放入sys.path中。2、第二种是永久导入路径的方法之一，更改环境变量，在PYTHONPAT...

原创 《笨办法学python3》习题0-36与部分笔记

《笨办法学python3》习题0-36与部分笔记笔记目的习题0习题5习题7习题8习题9习题10习题11-13习题15习题16习题17习题18、19习题20习题21习题23习题24习题25习题26习题29、31习题32习题33习题35习题36笔记目的最近刚开始从python最基础的学起来，本文内容主要是为了记录一些书上遇到的问题，但主要注释在了代码中，以供自己学习，目录大部分是会按照书上目录来记...