Windows 下安装MIMIC-IV

一、安装PostgreSQL

1、postgresql 安装:http://www.postgresql.org/download/windows/
运行整个安装过程。保留默认设置就行,但是请记下您的postgres密码,因为稍后我们将需要它来登录数据库系统。为了方便起见,推荐选择是保留默认的用户名“ postgres”,并使用密码“ postgres”。

二、安装7-zip

1、7-zip安装地址:https://www.7-zip.org/
我们选择直接从压缩文件加载数据。
注意:如果更改了安装路径,请记下它。否则,您的可执行文件路径将是C:\Program Files\7-zip
您可能会问“什么是可执行路径?”。本质上,尽管我们现在在计算机上有该程序,但Windows不知道在哪里寻找它。通常这并不重要,因为我们通过双击文件来运行该程序。但是,对于加载过程,我们需要Windows知道要查找的位置。我们可以通过将文件夹添加到环境PATH变量中来做到这一点。对于7-zip和gzip,此过程相同,尽管如上所述,我们添加的可执行文件路径会有所不同。将7-zip的安装路径添加到环境变量
2、安装好7-zip之后在终端测试安装是否成功
在这里插入图片描述

三、运行SQL Shell(psql)

启动程序“ SQL shell”。您应该可以在开始菜单中找到它。
在这里插入图片描述
将在SQL Shell上收到许多输入提示:您只需键入“ enter”,无需输入任何内容即可。用户postgres口令:输入之前安装过程中设定的密码,推荐是设定的是postgres
在这里插入图片描述
1、创建数据库以保存数据

DROP DATABASE IF EXISTS mimiciv; 
CREATE DATABASE mimiciv OWNER postgres;
如果是首次安装MIMIC,则“ DROP DATABASE”命令将警告不存在数据库,这是正常的。
而第二句,这将创建mimic用户拥有的数据库postgres。当然,如果您愿意,也可以更改这些值,**但是请注意,此处所做的任何更改都需要在后续步骤中进行进一步的更改。**所以不推荐更改。

在这里插入图片描述
2、连接到mimic数据库。

\c mimiciv;

在这里插入图片描述

四、在数据库中创建表

1、默认情况下postgres使用public架构。虽然这是个人喜好,但建议创建一个独立的架构来托管数据。为此,创建mimiciv模式:

CREATE SCHEMA mimiciv;

2、通知postgres默认情况下应使用该mimiciv架构。每次启动psql时都需要执行此操作。

set search_path to mimiciv;

3、现在运行创建表脚本(注意:创建表脚本的路径,脚本在下载的mimic-iv代码中)。路径一定要正确,注意路径的分隔符是左下划线‘/’,直接复制的windows路径是右下划线。

\i F:/MIMIC/mimic-ivr/buildmimic/postgres/create.sql
如果看到很多“注意:表不存在”,请放心,这很正常。因为该脚本会在创建表之前尝试删除该表。

五、准备将数据加载到表中

1、首先,让我们通过运行一些命令来准备加载数据

\set ON_ERROR_STOP 1
该命令告诉脚本在发生任何错误时停止执行:我们宁愿在发生错误时停止执行,因此我们知道数据库尚未完全加载,即使执行完毕也无法使用。

2、指定存放mimic数据的目录

\set mimic_data_dir 'F:/MIMIC/MIMIC_IV/MIMIC_IV'
此命令指定包含数据的文件夹。就我而言,我指定了’F:/MIMIC/MIMIC_IV/MIMIC_IV’。此文件夹包含构成MIMIC的所有CSV文件(压缩或未压缩)。

3、将数据加载到表中

如果您使用压缩数据文件并安装了7-zip,请运行7-zip加载脚本: \i load_7z.sql
\i F:/MIMIC/mimic-iv/buildmimic/postgres/load_7z.sql
现在,可以看到行复制过程已经开始。

4、建立索引

加载完成后,建议安装索引以提高对数据库的查询速度。这些可以通过运行以下命令进行安装(同样是需要较长的时间):
\i F:/MIMIC/mimic-iv/buildmimic/postgres/indexes.sql

尽管可以选择使用构建约束,但postgres_add_constraints.sql这些约束主要用于在创建数据期间检查数据完整性-所以无需在本地安装上运行此文件。
5、测试

select icustay_id, intime, outtime
from icustays 
limit 10;

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